PENGATURAN PENGELOLAAN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
atau unggas118. Beberapa contoh dari kedua of Poultry Producers). Kamerun menyebutkan
bentuk insitutsi ini dilaporkan Sebagai contoh, Société du Développement et de l’Exploitation
des Productions Animales121. Nicaragua
Mozambique menetapkan AVICOLA, institusi
melaporkan gabungan berbagai macam produksi
nasional pembibitan unggas dibawah – agroindustri sapi perah122, unggas123,
Departemen Pertanian119. Mesir memiliki daging124.
Gabungan Peternak Unggas120 (General Union
118 Punjab Livestock, Dairy and Poultry Development Board (Laporan 121 Decree No. 81/395 of 9 September 1981, modifying and completing
negara Pakistan, 2003). Decree No. 75 of 8 March 1976 (Laporan Negara Cameroon, 2003).
119 Decree No. 5/78 creating the National Institution of Poultry Breeding 122 Decree 364. Law of the Corporación Nicaragüense de la Agroindustria
(AVICOLA), 1978 (Legal Questionnaire, 2003). Láctea, 31/05/88; Decree No. 82. Creating a Development Fund for the
120 Ministerial Resolution No. 97 implementing Law No. 96 of 1998 Dairy Industry, 23/07/66 (Laporan negara Nicaragua, 2004).
regarding the creation of the General Union of Poultry Producers 123 Deaee 357, Law creating the Corporación Avícola Nicaragüense,
(FAOLEX). 31/05/88 (Laporan negara Nikaragua, 2004).
124 Decree 360, Law creating the Corporación Nicaragüense de la Carne,
31/05/88 (Laporan Negara Nicaragua, 2004).
TABEL 93
Perangkat untuk promosi perdagangan produk ternak
Perangkat Afrika Timur Tengah Pasifik Eropa dan Asia Amerika Latin Amerika
dan sekitarnya Baratdaya Kaukasus
dan Karibia Utara
Legislasi untuk 2[1] 2[1] [2] 1
perdagangan produk SDGT 1[1]
[2] 3[1] 1
Pemasaran umum 3[1]
Produk khusus 3[3] 1 1
Organik 2 2
Insititusi 1 33
42 7
Pengukuran perlindungan 1 21
dan subsidi
Jumlah Laporan Negara 11 39 25 22
[n] = Kebijakan atau dasar hukum tidak jelas.
Catatan institusi dapat mempromosikan produk sepesifik atau memasarkan produk umum. Hal inimenunjukkan dibawah keduanya, “institusi” dan “hukum
perdagangan”.
TABEL 94
Perangkat yang mengatur impor dan ekspor materi genetik
Peraturan yang Afrika Timur Tengah Pasifik Eropa dan Asia Amerika Latin Amerika
berkaitan dengan dan sekitarnya Baratdaya Kaukasus dan Karbia Utara
6
Impor 7 3 3 26 1 5 2
Ekspor 4 2 0 23 1 0
Penerapan CBO 1 25 1
Jumlah Laporan Negara 42 7 11 39 22
315
PENGATURAN PENGELOLAAN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 63 mendapatkan prioritas pemerintah yang
Persyaratan veteriner dan sanitari Federasi memberikan perhatian pada ekspor sumber daya
Rusia No. 13-8-01/1-8(1999) genetik.
Agar semen pejantan ternak babi diterima di wilayah Di Eropa khususnya, ada peraturan yang
Federasi Rusia, harus terlebih dahulu dikoleksi di pusat mengatur impor/ekspor materi genetik. Kotak 63
IB yang dijaga permanen dibawah pengawasan Dinas yang menjelaskan peraturan yang mengawasi
Kesehatan Hewan negara pengekspor. Ternak harus impor semen ke Russian Federation,
dipelihara dan semen dikoleksi melewati persyaratan memberikan suatu contoh gambaran.
veteriner dan sanitari khusus. Pejantan penghasil
semen untuk ekspor tidak boleh divaksin melawan flu Beberapa Laporan Negara menyebutkan
babi kalsik. Pejantan harus dipelihara di pusat IB peluang pencegahan impor semen bagi alasan
selama enam bulan sebelum dikoleksi sepermanya, dan ekologi. Laporan Negara Algeria (2003)
tidak boleh digunakan sebagai pejantan kawin alam menunjukan bahwa dalam kasus tertentu,
selama periode ini. Pejantan tidak boleh diberi makan pemerintah melatih kekuatan peraturannya untuk
bahan pakan mengandung transgenik atau produk hasil memastikan bahwa semen eksotik yang tidak
rekayasa genetik. Semen harus bebas dari penyakit sesuai tidak diimpor dan dipromosikan ke breed
patogen dan racun mikroorganisme. Persyaratan ternak lokal yang telah beradaptasi baik
sanitari dan veteriner harus disertifikasi melalui terhadap kondisi lokal dan tujuan produksi
pemberian sertifikat yang ditandatangani oleh inspektur peternak kecil. Laporan Negara Ecuador (2003)
veteriner pemerintah negara pengekspor, dan ditulis menyebutkan bahwa bibit unggul, ternak,
dalam bahasa negara asal dan Rusia. Sertifikat teknologi dan peralatan dapat bebas diimpor bila
veteriner harus memiliki tanggal dan hasil pemeriksaan mereka tidak berbahaya bagi ekologi lokal125.
diagnostik. Semen tertentu untuk eskpor harus dikemas Colombia memiliki peraturan126 hukum yang
dan ditransportasi melalui kontainer khusus penuh berisi menyatakan bahwa “ Negara mengatur masuk
nitrogen cair. Pengiriman semen ke Federasi Rusia keluar sumberdaya genetik dari negara dan
akan mungkin dilakukan setelah ada otorisasi yang pemanfaatannya, sesuai dengan kepentingan
dibuat oleh importir melalui Veterinary Department of nasional”.
the Ministry of Agriculture and Food.
______ Laporan Negara Burkina Faso (2003)
menyebutkan partisipasi negara dalam sejumlah
Sumber : Legal Questionnaire (2003). perjanjian regional berkaitan dengan
pengelolaan, pemanfaatan dan pertukaran
Impor dan ekspor materi genetik materi genetik, tetapi menujukan bahwa hal ini
Dibawah judul ini, legislasi impor dan ekspor belum diimplementasikan.
materi genetik dalam arti sempit (semen dan Impor dan ekspor ternak hidup
embrio) disajikan. Impor dan ekspor ternak hidup Pengawasan pertukaran ternak internasional
didiskusikan dibawah ini di dalam perdagangan merupakan masalah penting dalam mengontrol
dan perpindahan ternak. Dalam beberapa kasus, penyakit hewan. Masuknya penyakit lintas batas
tidak jelas dari informasi yang tersedia apakah negara memiliki konsekuensi besar dalam sektor
impor/ekspor semen/embrio termasuk dalam peternakan. Laporan Negara Kenya (2004)
peraturan yang mencakup perdagangan ternak, sebagai contoh, menyebutkan bahwa
atau impor/ekspor produk peternakan. Peraturan perpindahan lintas batas ternak menyebabkan
terhadap impor dan ekspor materi genetik introduksi kembali beberapa penyakit yang
didorong oleh berbagai macam tujuan yang
beragam dari satu negara ke negara lainnya. 125 Law of Agricultural Development, pengkodean yang diterbitkan dalam
Pencegahan masuknya penyakit ternak Official Register No. 55 of 30 April 1997.
merupakan hal yang paling penting. Tujuan 126 Political Constitution of Colombia, 1991, Article 81 (Laporan negara
lainnya termasuk kepastian materi genetik yang Colombia, 2003).
diimpor beradaptasi dengan ekosistem lokal,
atau menginkatkan output produksi peternakan
nasional. Ada legislasi implementasi
pengawasan CBD berkaitan dengan kebutuhan
316
PENGATURAN PENGELOLAAN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 64 hanya pada impor ternak hidup129. Lihat bab E:
Peraturan transportasi di India 3.2 untuk diskusi hukum UE mencakup larangan
terkait kesehatan terhadap perdagangan ternak
Peraturan bagi transportasi unggas dan ternak babi dan produk peternakan.
melalui kereta api, jalan raya dan pesawat. Container
harus sesuai dan tepat untuk transportasi- memiliki Tindakan karantina disebutkan oleh beberapa
naungan dari panas, sinar matahari, hujan dan dingin negara. Pengawasan tindakan karantina untuk
dan memberikan ternak unggas dan babi kenyamanan diterapkan dalam kasus penyebaran penyakit
selama perjalanan. Tabel terinci mengenai peraturan juga disebutkan (lihat dibawah). Beberapa
terkaitan kontainer dan waktu perjalanan menurut negara memiliki perangkat untuk mengimpor
ukuran dan umur ternak. Vaksinasi dan persyaratan ternak dari Negara yang terinfeksi oleh masalah
kesehatan lainnya tercatat dalam daftar tersebut. kesehatan hewan. Botswana’s, Diseases of
_______ Animals Act 1977, sebagai contoh, mengelurkan
pelarangan impor ternak dari daerah yang
Sumber : FAOLEX. diketahui terinfeksi penyakit (Laporan Botswana,
2003). Contoh lainnya termasuk legislasi El
Kotak 65 Salvador yang melarang impor ternak dari
Penggembalaan lintas batas di Afrika Barat negara yang terinfeksi FMD130 dan legislasi
Cape Verde melarang impor sapi dari daerah
Keputusan A/DEC.5/10/98, yang dibuat di Abuja tahun yang terinfeksi BSE131.
1998 oleh kepala pemerintahan dan komunitas ekonomi
Afrika Barat (Economic Community of West African Ada negara yang memiliki peraturan terkait
States=ECOWAS) berhubungan dengan pemanfaatan impor dan ekspor ternak bibit. Chad, contohnya,
sertifikat oleh pemilik padang penggembalaan yang melarang ekspor ternak potong betina
merupakan anggota pemerintahan. Di Nigeria, upaya produktif132. Laporan Negara China (2003)
telah dilakukan untuk mendapatkan kondisi pergerakan mencatat bahwa Departemen Pertanian
ternak nomaden, misalnya datang dan perginya ke memformulasikan peraturan administrasi
Nigeria. terhadap ternak bibit selama tahun 1980 yang
______ diperbaharui dan dimodifikasi pada tahun 1993.
Contoh dari Negara Eropa termasuk Hongaria,
Sumber: E-mail Consultation Nigeria (2005). yang melaporkan peraturan mencakup ekrpor
dan impor (E-mail Consultation Hungary, 2005),
mengakibatkan hilangnya wilayah bebas dan German133 yang melaporkan legislasi
penyakit dalam negara dan hilangnya pasar luar importasi ternak bibit. Hukum di Ecuador
negeri. Akan tetapi, peraturan kehewanan mengenai Pengembangan Pertanian (1997)
merupakan penghalang pertukaran internasional dapat mengimpor bibit ternak yang sesuai
SDGT. Perangkat menyebutkan dalam Laporan dengan ekosistem lokal dan tidak
Negara memasukan definisi standar kesehatan membahayakan (Laporan Ecuador, 2003).
bagi impor ternak hidup, persyaratan terkait
status kesehatan ternak negara pengekspor, dan 130 Accord No. 54 – 2001. Pelarangan impor ruminansia besar dan kecil,
persyaratan karantina bagi ternak yang diimpor. babi dan jenis ternak berkuku genap lainnya dari negara yang terinfeksi
penyakit mulut dan kuku (FAOLEX).
Beberapa negara menunjukan peraturan 131 Order No. 10/2001 (FAOLEX).
kehewanan baik bagi ternak hidup ekspor 132 Decree No. 138 bis /PR/MEHP/88 pengaturan ekspor tak terbatas
maupun impor – sebagi contoh Mali127, atau produk ternak dengan pengecualian betina produktif (Laporan negara
untuk jenis ternak – contohnya Myanmar128 (babi, Chad, 2003).
kuda, kambing, domba, sapi dan kerbau). 133 Animal Breeding Import Ordinance (Legal Questionnaire, 2003).
Sebaliknya, beberapa negara menunjukkan
persyaratan kesehatan hewan dan pengawasan
127 Decree 372/P-RM pengaturan pengawasan sanitari ternak pada
wilayah di Republic of Mali (Legal Questionnaire, 2003).
128 Untuk ternak babi: peraturan importasi dan ekspor bibit babi ke
Myanmar, 2003; sama seperti hukum bagi ternak lain disahkan pada
tahun 2002 (FAOLEX).
129 Kiribati’s Importation of Animals Regulation, 1965 (FAOLEX);
Palau’s Plant and Animal Control – Chapter 20 of Title 25 of the
Palau National Code, 1966 (FAOLEX).
317
PENGATURAN PENGELOLAAN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
TABEL 95
Perangkat yang mengatur pergerakan ternak dan impor serta ekspor ternak hidup dan produk ternak
Hukum perdagangan Afrika Timur Tengah Pasifik Eropa dan Asia Amerika Latin Amerika
dan sekitarnya Baratdaya Kaukasus 5 dan Karibia Utara
3 6[4] [1]
Impor (standar kesehatan) 2 2[1] 4[3] 8[5]
3 25 1 2
Ekspor 31 11 2 22
39
produk 4
Jumlah Laporan Negara 42 7
[n] = Kebijakan atau dasar hukum tidak jelas.
Perpindahan ternak internal dan regional Negara Afrika dimana system produksi pastora
Perpindahan ternak merupakan salah satu isu tersebar telah teradopsi pemanfaatannya pada
yang dicakup oleh legislasi terkait kesehatan tingkat regional dan nasional.
hewan. Di negara yang memiliki resiko
penyebaran penyakt yang tinggi, hukum terpisah Perangkat berkaitan dengan kesehatan
cenderung diadopsi pembuatan peraturan yang ternak
cukup keras terhadap perpindahan ternak di Beberapa negara yang mengembangkan dan
dalam negara dan tindakan untuk mendorong mengimplemntasikan legislasi berkaitan dengan
pengawasan (FAO, 2005). kesehatan hewan lebih besar dibandingkan
bidang lainnya (lihat sub-bagian terdahulu untuk
Beberapa negara menunjukan persyaratan diskusi tindakan berkaitan dengan pergerakan
khusus berkaitan dengan pameran ternak. ternak dan perdagangan ternak). Status
Laporan Negara Mozambique (2005), sebagai kesehatan ternak, memiliki dampak yang besar
contoh melaporkan pengawasan berkaitan terhadap output dan efisiensi produksi sektor
dengan transportasi dari dan ke pameran ternak. peternakan, dan terhadap perdagangan produk
Hal serupa, di Inggris, Animal Gatherings ternak asli. Kebanyakan negara melaporkan
(England) Order 2003 menspesifikasi tindakan beberapa peraturan (atau paling tidak institusi
kesehatan hewan yang termasuk acara atau program) berkaitan dengan kesehatan
organisasi seperti pertunjukan atau pasar (Legal ternak. Akan tetapi, beberapa negara
Questionnaire, 2003). Di Jepang, sertifikat menyatakan secara eksplisit bahwa mereka tidak
kesehatan diperlukan bagi ternak yang melintasi memiliki cukup peraturan. Beberapa negara ini
batas propinsi (E-mail Consultation Japan, menyebutkan kesulitan yang mereka hadapi
2005). Dalam kejadian penyebaran penyakit, dalam membentuk hukum politis untuk
peraturan diterapkan. Beberapa negara memiliki memastikan peraturan tersebut cukup. Referensi
peraturan berkaitan dengan kesejahteraan spesifik untuk pengelolaan SDGT didalam
pengakutan ternak hidup. Salah satu contohnya legislasi kesehatan ternak di tingkat nasional
adalah India (Kotak 64). sangat jarang di hampir seluruh negara di dunia.
TABEL 96
Peraturan dalam bidang kesehatan hewan
Bentuk pengukuran Afrika Timur Tengah Pasifik Eropa dan Asia Amerika Latin Amerika
dan sekitarnya Baratdaya Kaukasus dan Karibia Utara
Penempatan Hukum 23[2] 18[4] 1
atau kebijakan 4[2] 10 32[1] 13[1]
Pelayanan keswan 8[4] 7[6] 2
Epidemik umum 0 2 0 10[9] 3 0
Epidemik khusus 5 1 3 5 5 1
Jumlah Laporan Negara 42 0 1 9 25 7
7 11 38 22
[n] = kebijakan
318
PENGATURAN PENGELOLAAN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Legislasi dalam bidang ini mungkin tertuju Act134 (Legal Questionnaire, 2003). Bentuk
pada pengamatan penyakit dan laporan legaslasi ini menspesifikasi daftar sejumlah
vaksinasi atau program pengawasan vektor penyakit. Respon epidemik termasuk deklarasi
penyakit, tindakan emergensi diambil khususnya dan pemilihan daerah bebas epidemik dan
terkait penyebaran penyakit hewan, higiensi penetapan – Negara yang melaporkan legislasi
pangan dan produk peternakan, pemeriksaan semacam ini termasuk Vietnam135 dan
penampungan ternak dan penetapan Zambia136. Penekanan dan pengawasan zona
pengolahan makanan, produksi pakan ternak dideklarasikan – Negara yang melaporkan
dan produk veteriner, dan peraturan kualifikasi, semacam legislasi ini adalah El Salvador137,
kompetensi dan tugas profesi dokter hewan. Australia138 dan Inggris139. Uruguay, dalam
Suatu negara mungkin memiliki dewan hukum usahanya melawan scabies pada domba
yang mengatur banyak aspek kesehatan hewan meminta peternak menyatakan kewaspadaan
(kotak 66), atau adanya legislasi spesifik terhadap merebaknya penyakit ini atau kontribusi
berkaitan dengan penyakit tertentu. mengawasi penyakit140 ini.
Hampir semua negara dapat dipastikan Tindakan termasuk karantina – contohnya
memiliki beberapa peraturan hukum kesehatan Akta Penyakit Ternak di Zambia (Zambia’s
hewan. Perbedaan terjadi berhubungan dengan Livestock Diseases Act) (Legal Questionnaire,
pengawasan hukum dan apakah isu ditangani di 2003). Ada juga peraturan berhubungan dengan
dalam framework tingkat regional. pengeluaran ternak yang terinfeksi – Negara
yang melaporkan tindakan serupa itu Malawi141,
Implementasi tindakan dalam kejadian Zambia142, Belanda143, dan Chile144. Adanya
penyakit epidemis pembayaran kompensasi kerugian – dilaporkan
Sejumlah Laporan Negara melaporkan garis sebagai contoh oleh Estonia145 dan
besar respon tindakan legislasi secara umum
yang diambil dalam mengatasi kejadian epidemic 134 Lainnya melaporkan beberapa contoh termasuk Australia, China,
penyakit. Salah satu contohnya adalah Akta Costa Rica,Ecuador, El Salvador, Estonia, Fiji, Germany, Guatemala,
Pengwasan Infeksi penyakit hewan di Denmark Honduras, Iraq, Ireland, Jamaica,the Philippines, the Republic of Korea,
/Denmark’s Infectious Animal Diseases Control Serbia and Montenegro, Switzerland, the United Kingdom and Vanuatu.
135 Peratuan zona ternak bebas epidemik dan penetapan zona 2002
Kotak 66 (FAOLEX
Peraturan sistem veteriner nasional di Republik 136 Cattle Cleansing Act of 1930 amended 1994 (Legal Questionnaire,
Islam Iran (1971) 2003).
137 Accord 194, menyatakan wilayah geografis departemen Usulután, San
Peraturan mengarahkan peraturan sanitary dan Miguel, Morazán and La Unión sebagai control zona TBC sapi dan
mengatur karantina dan perpindahan ternak melintas brucellosis (Laporan negara El Salvador, 2003).
bantas. Peraturan mencakup seperti dibawah: 138 Animal Health Act, 1995 (Legal Questionnaire, 2003).
139 Diseases of Poultry (England) Order, 2003 (S.I. No. 1078 of
• pencegahan dan pengawasan penyakti hewan; 2003); Disease Control (England) Order, 2003 (S.I. No. 1729 of
• sertifikat higienis ternak dan produk ternak untuk 2003) (Legal Questionnaire, 2003).
140 Law No. 16.339 –declaring sheep scab a plague and making
ekspor efforts to erradicate it compulsory (FAOLEX).
141 Control and Diseases of Animals Act 2000 (Legal
• pengawasan higienis pada pastura, tempat Questionnaire, 2003).
142 Stock Diseases Act 1963 (amended 1994) (Legal
penyiraman, kandang dan fasilitas perkawinan Questionnaire, 2003).
143 Decree No. 403 of 2001 to amend the Decree implementing
• monitoring pabrik pakan, rumah potong dan unit provisions of the Animal Destruction Act, 16 July 2001 (Legal
Questionnaire, 2003).
pengolahan; 144 Law No. 18.617 – norma untuk kommpensasi bagi pemotongan ternak
dalam pengawasan penyakit mulut dan kuku (Legal
• pengawasan produksi, impor, ekspor dan Questionnaire, 2003).
145 Infectious Animal Disease Control Act, 16 June 1999 (Legal
pemasaran berbagai materi biologi (obat, vaksinasi, Questionnaire, 2003).
dan serum)
_______
Sumber: Laporan Republik Islami Iran (2004).
319
PENGATURAN PENGELOLAAN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Switzerland146. Strategi penyelamatan SDGT Laporan Negara India (2004) melaporkan
yang bernilai tinggi dalam kasus ini sangat keberadaan lembaga veteriner yang ditetapkan
jarang, tetapi telah dimulai di Eropa bagi upaya oleh Akta Veternier Perwakilan; tindakan serupa
penekanan beberapa penyakit (lihat bagian E: dilaporkan dari Nepal155.
3.2).
Sejumlah negara melaporkan legislasi yang
Kerjasama Regional mendefiniskan Akta Sistem Veteriner yang
Ada kecenderungan kerjasama yang lebih besar disebutkan dalam Laporan Iran (2004), dan
antara negara secara regional atau bilateral Russian Federation’s Federal Law on Veterinary
dalam bidang kesehatan hewan dibandingkan Service, yang melibatkan skema pemeriksaan
aspek lain berkatian legislasi SDGT. Beberapa veteriner peternakan kolektif, perusahaan
contoh dilaporkan adalah perjanjian kerjasama pertanian negara, dan komplek perusahaan
diantara negara tetangga termasuk yang telah peternakan besar (Legal Questionnaire, 2003).
ada yaitu antara Mesir dan Algeria147, Turki dan Beberapa negara mendesentralisasikan insititusi
Kazakhstan148, anggota persemakmuran149, dan – Peru contohnya, melaporkan komite lokal
Negara Lusophone Afrika150. Ada beberapa untuk kesehatan hewan (Laporan Peru, 2004).
contoh perjanjian bilateral internasional Brazil melaporkan Pemeriksaan Kesehatan
kerjasama diantara negara yang lebih berjauhan Hewan regional (Animal Health Inspectorates156)
jaraknya – sebagai contoh diantara Argentina dibawah Departemen Pertanian untuk
dan Hungary151. melaksanakan pengawasan kesehatan hewan
tingkat regional.
Institusi dan pelayanan kesehatan hewan 4.5 Kesimpulan
Analisa yang disajikan diatas jelas menunjukan
Sejumlah negara melaporkan legislasi bahwa pengelolaan SDGT merupakan masalah
komplek, terdiri dari praktek teknis, kebijakan,
berkaitan dengan aspek institusional pelayanan dan logistik. Banyak area kebijakan dilibatkan –
termasuk pengembangan pertanian dan
veteriner. Tindakan ini termasuk lisensi pedesaan, kesehatan hewan, konservasi
lingkungan dan tata guna lahan, budaya,
persyaratan bagi praktek veteriner – sebagai perdagangan, penelitian dan pendidikan.
contoh dilaporkan oleh Kazakhstan152, atau Kerjasama antara berbagai pengguna
mendefinisikan tugas dan kekuasaan153 dan diperlukan.
obligasi dokter hewan154.
Penurunan ssstem produksi peternakan
146 Law on Epizootics, 1966 (amended 2002) (Legal tradisional terancam bagi banyak breed ternak.
Questionnaire, 2003). Tindakan legislatif dan kebijakan perlu dicari
147 Algeria: Official Gazette No. 14, 5 April 2001 (FAOLEX). untuk mendukung bentuk produksi ini yang
148 Agreement between the Government of Kazakhstan and the sangat penting untuk menjaga keragaman
Government of Turkey on cooperation in the sphere of animal health, SDGT. Negara industri memberikan perhatian
1995 (FAOLEX). khusus pada konservasi lingkungan pedesaan
149 Armenia, Belarus, Kazakhstan, Kyrgyzstan, Moldova, Russian dan penataan lahan. Ada kecenderungan
Federation, Tajikistan, Turkmenistan, Ukraine, Uzbekistan; Agreement on terhadap pengenalan peraturan dan kebijakan
cooperation of CIS member-states in the veterinary sphere (FAOLEX). yang bertujuan untuk mempromosikan praktek
150 Angola, Cape Verde, Guinea-Bissau, Mozambique, Sao Tome and
Principe; Guinea-Bissau’s Decree No 351/73, Boletin Official No. 89 155 Nepal’s Veterinary Council Act, 2055 (1999) (FAOLEX).
(FAOLEX). 156 Law No. 1.052 creating the Animal Health Inspectorate within the
151 Governmental Decree No. 4 of 2002 ratifying and publishing the Ministry of Agriculture (1950) (Legal Questionnaire, 2003).
Agreement stipulated on 10 December 1999 in Budapest between
Hungary and Argentina on animal health (FAOLEX).
152 Ministerial Decree No. 1972 of 1997berkaitan validasi bagi regulasi
perijinan praktek kesehatan hewan 20 August 1997 (Legal Questionnaire,
2003).
153 Georgia’s Veterinary Act (Laporan negara Georgia, 2004).
154 Estonia’s Veterinary Activities Organization Act, 1999 (Legal
Questionnaire, 2003).
320
PENGATURAN PENGELOLAAN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
peternakan ekstensif – yang cenderung tindakan yang bertujuan meningkatkan
keamanan pangan seringkali berfokus pada
memerlukan breed ternak yang telah beradaptasi pemeliharaan breed ternak yang berproduksi
tinggi, tanpa kajian yang cukup potensi breed
baik pada kondisi lokal. Sebaliknya, negara ternak lokal dan tanpa strategi mengkonservasi
ternak lokal. Contoh lainnya adalah dalam
berkembang, keamanan pangan dan penurunan bidang kesehatan hewan yang merupakan aspek
yang sangat diatur dalam pengelolaan ternak
kemiskinan merupakan tujuan utama. Meskipun pada skala global. Sementara pengawasan
efektif penyakit merupakan masalah penting
fokus terbesar pada promosi produksi secara untuk pemanfaatan dan pengembangan SDGT,
larangan perpindahan dan perdagangan dapat
intensif, sejumlah negara, terutama di Afrika, merupakan maslaah bagi pengelolaan SDGT.
Kebijakan pemotongan yang diimplementasikan
melaporkan tindakan untuk mengatur dan pada saat penyebaran penyakit epidemis
merupakan ancaman bagi populasi breed ternak
mendukung keberlanjutan sistem langka. Perhatian dunia terhadap ancaman ini
sangat kecil dalam pengembangan framework
penggembalaan ekstensif. Breed ternak di legal dan kebijakan bagi pengawasan penyakit.
banyak daerah kering memiliki sifat adaptasi unik Pengembangan bagi framework legal untuk
pengelolaan SDGT yang ditempatkan pada
meskipun dipelihara dalam sistem produksi yang tingkat nasional sangat beragam. Banyak negara
di Eropa memiliki legislasi. Sebaliknya di wilayah
tradisional, kebijakan dan legislasi efektif dalam lain khususnya di Afrika, negara umumnya
bersandar pada tindakan kebijakan, yang
bidang ini sangat penting. Akan tetapi, tindakan didukung mandate legal bagi implementasi
institusi. Keadaan ini menimbulkan pertanyaan
yang sesuai kebutuhan kelompok pastoral yang apakah penetapan elaborasi perangkat legislasi
yang mengatur pengelolaan SDGT merupakan
seringkali termarginalkan secara politis, tetap tujuan yang paling cocok di negara berkembang.
Dalam beberapa kasus, negara-negara jelas
merupakan tantangan besar. Lainnya menunjukan bahwa perbaikan legislasi sangat
diperlukan. Laporan Negara Kenya (2004),
melaporkan tindakan legislasi yang telah diambil sebagai contoh, menyatakan bahwa:
untuk mendukung produksi peternak skala kecil “Framework legal yang cocok dibutuhkan bagi
operasionalisasi kebijakan (yang telah ada).
termasuk yang berkaitan dengan penyaluran Sekali kebijakan dan legislasi benar
diformulasikan, adalah penting untuk
kredit dan penetapan organisasi produsen dan mereview dan merevisinya secara teratur
untuk membuatnya respon terhadap
kelompok koperasi. perubahan yang terjadi sesuai dengan waktu”
Beberapa negara bersandar pada mekanisme
Implementsi tindakan spesifik yang bertujuan pasar atau insitusi swasta pada aspek spesifik
penelolaan SDGT, tetapi hanya memiliki legislasi
untuk konservasi SDGT sangat tergantung pada terbatas untuk mengatur bidang ini.
Kemungkinan hal ini menimbulkan masalah
nilai ekonomi dari negara tersebut, dan ini
tercermin pada besarnya bobot legislasi dan
kebijakan dalam negara maju di dunia. Akan
tetapi, sangat jelas bahwa pentingnya
keberlanjutan pemanfaatan dan konservasi
SDGT dalam banyak kasus tidak cukup
terakomodasi dalam perkembangan framework
hukum dan kebijakan tingkat nasional. Sistem
registrasi dan inventarisasi, sebagai contoh,
sangat penting untuk merencanakan dan
mengimplementasi tindakan konservasi, tetapi
banyak negara melaporkan bahwa kebijakan dan
legislasi dalam bidang ini masih tetap lemah.
Langkah lanjut yang dapat memfasilitasi
administrasi skema konservasi adalah definisi
legal mengenai kriteria bagi pemasukan breed
ternak dalam program semacam itu, tetapi
tindakan bentuk ini masih tetap jarang.
Dimana peraturan berkaitan dengan
konservasi ada, mereka seringkasi terisolasi,
dan tidak terintegrasi kedalam strategi yang
memperhitungkan isu yang ada. Sebagai contoh,
321
PENGATURAN PENGELOLAAN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
berkaitan dengan aspek barang umum Daftar Pustaka
pengelolaan SDGT, dan evaluasi tertutup
mengenai kebutuhan bagi perbaikan peraturan CR (Country name). year. Country report on the state
nampaknya sangat dibutuhkan. Keputusan, yang of animal genetic resources. (available in DAD-IS
sesuai dengan solusi bagi situasi yang library at http://www.fao.org/dad-is/).
ditentukan akan tergantung pada politik, budaya
hukum negara tersebut, dan ketersediaan E-mail Consultation (Country name). 2005. E-mail
struktur untuk impementasi. Di beberapa consultation with National Coordinators during the
keadaan, keputusan kebijakan dan strategi, yang preparation of this chapter. (unpublished).
saling melengkapi melalui definisi legal yang
jelas dari kompentensi dan tugas institusi, dan FAO. 2005, The legal framework for the management
pemantauan yang terorganisasi secara baik dan of animal genetic resources, by A. Ingrassia, D.
sistem evaluasi, dapat lebih efektif dibandingkan Manzella & E. Martynuik, for the Development Law
elaborasi framework legal. Service, FAO Legal Office. FAO Legislative study No
89. Rome.
FAOLEX. (available at http://faolex.fao.org/faolex/
index.htm).
Legal Questionnaire. 2003. Questionnaire survey
conducted by FAO in 2003, (see FAO, 2005 for
details).
322
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
BAGIAN 4
STAUS MANAJEMEN
SUMBERDAYA GENETIK
TERNAK
323
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
324
BAGIAN 4
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Pendahuluan
Bagian catatan ini memberikan pandangan dari bagian seni metodologi dan teknik manajemen
sumberdaya genetik ternak untuk pangan dan pertanian (SDGT). Manajemen SDGT bukan
merupakan pengembangan disiplin ilmu. Bab A menjelaskan konsep berdasarkan batas pemahaman
dari FAO. Konsep-konsep ini merupakan hasil serangkaian pertemuan para ahli. Penekanan
diberikan pada pengembangan metodologi dari bidang penelitian relevan, kemudian temuan-temuan
penting diilustrasikan melalui studi-studi kasus. Terakhir, diidentifikasi gap dari ilmu pengetahuan saat
ini, dan diajukan prioritas-prioritas untuk penelitian kedepan.
325
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
326
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
BAB A
Konsep-konsep Dasar
1 Sumberdaya genetik ternak dan perkumpulan breed pertama dikembangkan di
breed Inggris selama abad ke-19. Dibawah bantuan
organisasi-organisasi seperti ini, satu breed
Sumberdaya Genetik Ternak (SDGT) disini menjadi dibedakan sebagai suatu populasi
didefinisikan sebagai spesies-spesies hewan dengan pemilikan moyang bersama, yang
yang digunakan, atau bisa dipergunakan, untuk dikenakan terhadap tujuan-tujuan seleksi yang
memproduksi pangan dan pertanian1, beserta sama, sehingga berkembang membentuk suatu
populasi yang ada didalamnya. Populasi- “standar breed”.
populasi berbeda dalam spesies umumnya
dinyatakan sebagai breed-breed. Definisi luas Breed-breed dalam batasan genetik umumnya
dari batasan “breed” yang dipakai FAO (Kotak tidak terisolasi secara sempurna. Breed secara
67) merefleksikan kesulitan dalam terus-menerus perlu berubah untuk merespon
mengembangkan suatu definisi secara jelas. perubahan permintaan pasar, dan akan setiap
waktu ditambah dengan garis darah dari breed-
Pada negara-negara maju, breed relatif jelas breed lain (FAO, 2003). Lebih jauh, meskipun
digambarkan. Peran dari perkumpulan breed, keberadaan himpunan seolah-olah dikaitkan
biasanya berupa organisasi sukarela, yang dengan breed-breed spesifik, aturan-aturan yang
mengawasi standar perkawinan, melibatkan diikuti saat pengembangan kriteria untuk
registrasi hewan, dan promosi penggunaan mendefinisikan suatu breed menjadi kabur.
breed, pada kondisi ini menjadi penting. Suatu Definisi breed dalam konteks negara maju
pola pengembangan breed mendasarkan pada melibatkan “hewan yang memberi pola umum
perkawinan terdata yang dipakai bersama pemanfaatan dalam pertanian, satu tingkat
dengan silsilah keturunan muncul di Eropa Barat kesamaan fenotipe, dan satu pool gen bersama”
selama akhir abad ke-18, dengan perkumpulan- (FAO, 1995) dan “grup-grup dengan intraspesifik
berbeda, anggota-anggota dengan kesamaan
Kotak 67 kharakteristik tertentu yang membedakan
Definisi breed yang diadopsi FAO mereka dari grup lainnya” (FAO, 2003). Diskusi
pada situasi di Amerika Serikat (AS), Hammak
Baik suatu grup subspesifik dari ternak domestik (2003) mencatat bahwa hal yang diperlukan
dengan kharakteristik eksternal terdefinisi dan untuk memulai registri breed adalah “untuk
teridentifikasi yang, melalui tampilan visual, bisa mengadospi keperluan spesifik memenuhi
dipisahkan dari grup-grup terdefinisi secara sama persyaratan yang ditetapkan dan mulai mencatat
dalam spesies yang sama atau suatu grup pada kondisi asal keturunan”. Hal yang sama, dibawah
mana pemisahan geographi dan/atau kultural dari grup- Legislasi Uni Eropa (European Union/EU), tidak
grup berfenotipe sama sampai pada penerimaan ada definisi dari satu “breed” melebihi
pemisahanan identitasnya. persyaratan dalam upaya untuk diregistrasi
sebagai satu breed murni, maka silsilah hewan
_______ perlu di amati dari “tetua dan kakek… yang
dimasukkan atau diregistrasi dalam buku dari
Sumber: FAO (1999). breed yang sama [dan hewan-hewan tersebut
seyogyanya] baik dimasukkan atau diregistrasi
1 Ikan dikeluarkan dari batasan sini disebabkan persyaratan managemen dan layak untuk masuk dalam buku seperti itu”
dan teknik pemuliaan yang sangat berbeda. Batasan “ Sumberdaya
genetik ternak” yang dipakai FAO dalam kaitannya dengan Strategi
Global untuk Managemen Sumberdaya Genetik Ternak, telah dikritisasi
disebabkan batasan ini mengeluarkan hewan yang dipelihara di
peternakan, tetapi dengan sistem berpindah.
327
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
(kutipan, dari Dewan Pemerintah 77/504/EEC, hewan-hewan tersebut memenuhi kriteria: (i)
terkait dengan ternak sapi, tetapi aturan yang
sama diterapkan pada spesies lainnya). bisa ditujukan pada satu pola pemanfaatan
Terdapat mungkin, sedikit keuntungan untuk bersama, (ii) menyebar pada satu area
mencari suatu definisi sempurna. Dalam
ungkapan Jay Lush, suatu gambaran penting habitat/distribusi bersama, (iii) menghadirkan
dari wilayah pemuliaan hewan dan genetik,
secara besar satu pool gen tertentuu, dan (iv)
“Suatu breed adalah satu grup dari hewan
dipertimbangkan berbeda terhadap breed-
domestik, dibatasi oleh kepentingan umum
breed mereka” (Köhler-Rollefson, 1997).
para pemulia, …satu batasan yang muncul Dengan demikian, dalam ketiadaan catatan
dari perkumpulan breed atau studi molekular,
antara pemulia-pemulia ternak, dibuat pandangan dari peternak sendiri mungkin
menjadi indikasi terbaik bagi identitas breed. Ini
seseorang mungkin berkata, untuk keperluan menjadi mungkin untuk mengidentifikasi grup-
grup petani yang mengklaim memelihara suatu
mereka sendiri, dan tak seorangpun dijamin hewan atau tipe berbeda; dapat dengan nyata
mengenal tipe; pertukaran plasma nutfah hanya
dalam menetapkan kata ini sebagai satu dengan pemulia-pemulia lain yang didedikasikan
terhadap tipe yang sama; dan mengindikasikan
definisi ilmiah dan di dalam menyatakan bahwa pelaksanaan pemuliaan seperti itu akan
berjalan pada banyak generasi (FAO, 2003).
pemulia salah ketika mereka menyimpangkan Dalam suatu breed mungkin terdapat “stock-
stock”, “strain-strain”, “varietas-varietas”, atau
definisi yang dirumuskan. Itu adalah kata-kata “line-line”; batasan-batasan ini yang sering
digunakan secara bertukar menjelaskan populasi
mereka sendiri dan pemakaian bersama oleh dalam breed-breed yang berbeda secara
fenotipik sebagai hasil dari seleksi manusia.
pemulia harus kita terima sebagai definisi yang Batasan “ecotype” menunjukkan suatu populasi
dalam breed yang secara genetik teradaptasi
benar” (Lush, 1945). terhadap suatu habitat spesifik.
Pada wilayah dunia berkembang, situasinya
menjadi semakin kompleks, dan batasan “breed” 2 Manajemen Sumberdaya genetik
sering memiliki arti yang kecil. Populasi-populasi ternak (SDGT)
yang terisolasi dari lainnya, baik secara
geografis, ekologis atau kultural, cenderung Manajemen SDGT memfokuskan pada
menjadi berbeda sebagai hasil dari seleksi alam pemeliharaan keragaman genetik. Walaupun
dan buatan, dan hanyutan genetik (FAO, 2003). demikian, banyak metode dan teknik ilmiah
Meskipun demikian, nama yang dipakai untuk dalam ilmu hewan (misal peternakan, pemuliaan
membedakan populasi-populasi ternak tidak dan genetika hewan) tidak dikembangkan
memerlukan pendasaran keragaman genetik. berdasar pandangan ini. Dengan demikian, tidak
Pada beberapa kasus, hewan-hewan tidak tersedia sejumlah definisi yang baik dari
sesuai dengan sejumlah breed yang dikenal, metodologi yang diungkap dari prase
meskipun terdapat batasan lokal yang “manajemen SDGT”. Pandangan yang
menunjukkan populasi-populasi berbeda. disampaikan disini, oleh karenanya, memilih
Pada kondisi pembedaan secara genetik dari metodologi yang sangat relevan terhadap topik,
populasi-populasi berbeda menjadi sulit, studi sebagai dipandu oleh definisi FAO:
molekular bisa berkontribusi dalam menjelaskan
breed-breed dan grup-grup breed berbeda. Studi “Manajemen SDGT meliputi semua operasi
terhadap aspek budaya dan ekologi dari
pemeliharaan ternak juga dapat menjadi cara teknik, kebijakan dan logistik yang terlibat
identifikasi populasi yang memberi keuntungan
untuk diperlakukan sebagai breed berbeda.
Definisi berikut merupakan satu contoh dari
pendekatan tersebut:
“Suatu populasi hewan domestik mungkin
dipertimbangkan sebagai suatu breed, jika
328
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
dalam pemahaman (karakterisasi), baik dan diputuskan untuk keberhasilan, dan
pemanfaatan dan pengembangan (utilisasi), dipadukan sepanjang waktu.
pemeliharaan (konservasi), pengkajian dan Oleh karenanya, satu elemen penting dari
pembagian keuntungan dari sumderdaya penggunaan (berkelanjutan) dari SDGT adalah
genetik hewan” (FAO, 2001). menjamin bahwa breed-breed yang teradaptasi
Dengan demikian, catatan dari bagian ini
melibatkan deskripsi dari metodologi untuk pada kondisi lokal terjaga sebagai satu bagian
karakterisasi dan konservasi (Bab B dan F);
disebabkan kepentingannya yang meningkat, fungsional dari sistem-sistem produksi. Sifat-sifat
metode karakterisasi secara molekuler disajikan
terpisah dari aspek-aspek lain karakterisasi (Bab ketegaran adaptasi, beberapa diantaranya
C). Meskipun demikian, ketika teknik ini
diperlukan – pemanfaatan dan pengembangan mungkin belum ditemukan, menjadi bagian
SDGT untuk pertanian dan pangan – tidak
muncul konsepnya secara jelas. Oleh penting, disebabkan mereka kompleks secara
karenanya, menjadi tidak mungkin untuk
menghadirkan secara menyeluruh uraian dari genetik dan tidak mudah diperoleh melalui
bagian seni pemanfaatan. Meskipun demikian,
FAO mulai mengidentifkasi berbagai elemen seleksi dalam jangka waktu singkat.
kunci dari konsep ini, sebagai titik awal dari
definisi penggunaan berkelanjutan seperti Pemanfaatan SDGT tidak terelakkan melibatkan
diusulkan oleh Konvensi Keragaman Hayati
(Convention on Biological Diversity/ CBD): pengembangan – SDGT adalah sumber-sumber
“Penggunaan berkelanjutan adalah dinamis, perubahan dalam tiap generasi
penggunaan dari komponen-komponen berinteraksi dengan lingkungan fisik dan
keragaman hayati pada suatu cara dan tingkat bersesuaian dengan kriteria seleksi dari
yang tidak membawa pada penurunan pemeliharanya. Pendekatan-pendekatan yang
keragaman hayati dalam jangka panjang, oleh diusulkan untuk perbaikan genetik adalah
karenanya mempertahankan potensinya untuk mendasarkan pada upaya-upaya pemuliaan
memenuhi kebutuhan-kebutuhan dan aspirasi- terhadap sumberdaya genetik yang teradaptasi
aspirasi generasi saat ini dan akan datang” secara lokal. Hal ini akan membantu
(Artikel 2 dari CBD). pencegahan hilangnya breed-breed dengan
Untuk memenuhi tujuan ini FAO mengusulkan
bahwasanya: sumbangan-sumbangan unik. Keragaman
• Penggunaan arif SDGT adalah mungkin
genetik yang ada dalam kemampuan hewan
tanpa memusnahkan keragaman hayati
hewan domestik; untuk memanfaatkan sumberdaya lokal yang
• SDGT dengan tingkat adaptabilitas tinggi
terhadap lingkungan yang dipertimbangkan tersedia, bertahan, produksi dan reproduksi pada
sepatutnya digunakan dan bersesuaian
dengan prinsip-prinsip genetik yang kondisi pertanian dengan input medium
disebarkan; dan
• Pengembangan SDGT melibatkan seyogyanya dieksploitasi dengan program-
perpaduan luas dari aktivitas-aktivitas
berjalan yang perlu direncanakan dengan program pemuliaan yang baik. Ukuran-ukuran
kelengkapan seperti perbaikan dalam
persyaratan pakan dan air, pengobatan penyakit
dan parasit, dan manajemen reproduksi juga
perlu dipertimbangkan dalam strategi
memperbaiki performans dari breed-breed ini.
Dengan demikian, metoda-metode
pengembangan genetik adalah sentral dalam
pengembangan breed-breed. Metode-metode
ilmiah untuk program-program perkawinan,
bagaimanapun, dikembangkan terutama dalam
sistem produksi input tinggi, dan pada kondisi
infrastruktur menyenangkan. Program-program
perkawinan biasanya tidak melibatkan
pemeliharaan keragaman sumberdaya hayati
baik di dalam maupun antara breed sebagai
suatu tujuan jelas. Bagian pengetahuan pada
329
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
wilayah pengembangan genetik diuraikan dalam jelas dari konservasi in vivo. Masalah ini muncul
Bab D. disebabkan fakta bahwa penggunaan
Idealnya, program-program pemuliaan berkelanjutan dipertimbangkan sebagai metode
seyogyanya merupakan bagian dari suatu disukai dalam pemeliharaan SDGT. Oleh
strategi holistik dengan tujuan sistem produksi karenanya, ketika konservasi didefinisikan dalam
intensif berkelanjutan untuk meningkatkan pengertian luas untuk menjamin pemeliharaan
kesejahteraan produser. Intensifikasi semua SDGT yang relevan, ia melibatkan
berkelanjutan meletakkan cara ideal bagi penggunaan berkelanjutan. Bagaimanapun,
perbaikan sistem produksi, dan didefiniskan suatu definisi lebih operasional, yang
sebagai berikut: memungkinkan penggambaran lebih jelas dari
“Intensifikasi berkelanjutan dari sistem subjek, dan sebagaimana digunakan dalam Bab
produksi adalah manipulasi dari input-input ke, F untuk metode-metode konservasi, maka
dan output-ouput dari, sistem produksi konservasi perlu menghimpun aksi-aksi yang
peternakan yang ditujukan untuk diperlukan dikarenakan penggunaan selanjutnya
meningkatkan produksi dan/atau produktivitas dari sumberdaya genetik tertentu menjadi
dan/atau perubahan kualitas produksi, terancam. Peranan konservasi adalah untuk
sementara pemeliharaan integritas jangka menjamin bahwa sumberdaya genetik unik
panjang dari sistem dan lingkungan tersedia bagi petani dan pemulia di masa depan,
sekitarnya, untuk memenuhi kebutuhan- dan konsekuensinya, konservasi dapat
kebutuhan generasi manusia baik sekarang dipertimbangkan sebagai bagian dari strategi
dan di masa depan. Intensifikasi pertanian menyeluruh untuk menggunakan SDGT dengan
berkelanjutan menghargai kebutuhan dan cara berkelanjutan untuk memenuhi kebutuhan-
aspirasi masyarakat indegenious dan lokal, kebutuhan manusia saat ini dan mendatang.
memperhitungkan peran dan nilai dari Dalam menginformasikan keputusan-keputusan
sumberdaya genetik teradaptasi kondisi lokal, pertimbangan strategi konservasi, menjadi
dan mempertimbangkan keperluan-keperluan penting untuk mengestimasi status resiko saat ini
untuk mencapai keberlanjutan lingkungan (lihat di bawah), dan juga mengidentifikasi
jangka panjang dan menjangkau ancamana-ancaman yang mungkin
agroekosistem” (FAO, 2001).
Mengalamatkan prinsip-prinsip umum ini bagi mempengaruhi breed-breed pada masa
penggunaan dan pengembangan SDGT adalah
tidak semata masalah dari metodologi ilmiah, mendatang. Yang belakangan memungkinkan
tetapi memerlukan kombinasi efektip dari
berbagai metodologi dan teknik dengan intervensi-intervensi, seperti keperluan
pengembangan kebijakan yang sesuai. Dalam
mendukung pengembangan kebijakan, analisis- pengembangan sejumlah breed untuk
analisis ekonomi diperlukan untuk menjelaskan
kepentingan ekonomi dari breed-breed mempertahankan breed, untuk mengambil posisi
teradaptasi lokal, khususnya pada perspektif
peternak kecil; untuk mendefinisikan nilai dari tahap awal secara memadai.
sumberdaya genetik ternak, dan untuk
membandingkan strategi-strategi manajemen Pengkajian dan pembagian keuntungan dari
berbeda. Satu tinjauan luas dari metode-metode
penilaian ekonomi disajikan pada Bab E. SDGT (juga komponen-komponen dari definisi
Kesulitan lain dikaitkan dengan konsep
pemanfaatan, adalah pembedaannya secara FAO tentang manajemen SDGT) adalah bagian
kunci dari kebijakan pengembangan.
Ketergantungan antara wilayah dalam batasan
akses pada SDGT, dan pola perubahan saat ini
dan mendatang diuraikan pada Bagian 1 – Bab
C. Pengembangan bioteknologi (sebagai
diuraikan dalam Bab C dan F) memfasilitasi
perubahan dan penggunaan sumberdaya
genetik, memulai deteksi gen-gen pengatur sifat-
sifat fungsional, dan menghadirkan peluang-
330
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
peluang baru dalam penggunaan material yang diharapkan dari frekuensi gen pada
genetik. Oleh karenanya, mereka memegang populasi dikarenakan hanyutan genetik (genetic
peran penting dari pola akses dan pembagian drift) (Woolliams, 2004). Laju inbreeding sering
keuntungan (access and benefit sharing/ABS) di dilihat dari ukuran populasi efektip (Ne). Dengan
masa mendatang. Kontribusi dari metodologi- Ne meningkat ∆F menurun, diformulasikan
metodologi yang dikembangkan dalam ilmu sebagai, Ne = 1/(2 ∆F).
sosial dan politik yang bisa memformulasi
kebijakan-kebijakan memadai untuk ABS, Nilai Ne dalam suatu populasi sering didekati
bagaimanapun diluar cakupan diskusi ini. dari persamaan dasar Ne = 4MF/(M+F) dimana
M dan F adalah jumlah dari jantan dan betina
3 Klasifikasi status resiko bibit. Metode mendasarkan pada asumsi bahwa
perkawinan antara hewan dalam kelompok ini
Suatu kajian dari satus resiko breed atau dilakukan secara acak. Meskipun demikian,
asumsi ini jarang diterapkan pada populasi
populasi merupakan elemen penting dalam ternak, disebabkan beberapa individu memberi
sumbangan keturunan dalam jumlah tidak
perencanaan manajemen SDGT. Status resiko proporsional pada generasi berikutnya. Pada
kondisi perkawinan yang diatur, sebagai contoh
dari suatu breed menginformasikan pengguna pelaksanaan program perkawinan selektif,
mempengaruhi ukuran populasi efektip.
apakah, dan berapa penting, aksi perlu Sejumlah teknik untuk mengkoreksi perhitungan
dari berbagai faktor ini sudah dikembangkan,
dilakukan. Gandini et al. (2004) mendefinisikan tetapi lebih jauh memerlukan input data (Gandini
et al., 2004). Pengkoleksian data demografi yang
”tingkat bahaya” sebagai ”suatu ukuran dari diperlukan untuk menghitung Ne sering menjadi
masalah, mungkin terdapat inkosistensi dalam
kesejahteraan sehingga, dibawah kondisi dan sensus data dan registrasi betina dan keturunan,
beberapa betina mungkin digunakan dalam
harapan saat ini, breed-breed bisa menjadi program persilangan, dan tidak semua betina
bisa dikawinkan setiap tahun (Alderson, 2003).
langka”. Estimasi secara akurat tingkat resiko Elemen lain yang dapat mempengaruhi keluaran
dari estimasi status resiko adalah interval waktu
menjadi suatu pemahaman sulit dan tidak pada kondisi mana resiko diperhitungkan.
Disebabkan interval generasi pada spesies
menyatu antara faktor demografi dan genetik. ternak berbeda, penghitungan yang dilakukan
atas dasar jumlah generasi akan memberi
Jelaslah, ukuran populasi saat ini menjadi faktor prioritas berbeda dari yang dihitung berdasarkan
tahun (ibid.).
penting dalam menentukan status resiko. Suatu
Beberapa implikasi dari perubahan pada
populasi kecil akan beresiko lebih besar untuk ukuran populasi efektip penting untuk dicatat.
Pada tingkat Ne yang rendah, khususnya
hilang dikarenakan bencana alam, penyakit dibawah 100, laju kehilangan keragaman genetik
meningkat cepat (FAO, 1992a). Sebagai contoh,
ataupun manajemen yang tidak sesuai. mendekati, 10, 4, 1.6 dan 0.8% keragaman
genetik hilang dalam 10 generasi, ketika Ne
Bagaimanapun, menghitung jumlah ternak masing-masing sama dengan 25, 50, 125, 250
dan 500 (ibid.). Lebih jauh, dapat dilihat dari
semata, atau bahkan hewan bibit, tidak memberi
gambaran menyeluruh dalam
mempertimbangkan status resiko.
Perkawinan antara individu dengan tetua
bersama cenderung menurunkan laju variasi
alelik pada generasi selanjutnya. Keragaman
genetik populasi, oleh karenanya, menurun.
Akumulasi alel-alel resesif yang merugikan dapat
mengancam ketegaran populasi yang
mempengaruhi secara negatif laju reproduksi,
dan oleh karenanya meningkatkan resiko
kepunahan (Gandini et al., 2004; Woolliams,
2004). Tingkat resiko sangat umum dinyatakan
dalam batasan laju inbreeding (∆F) dalam
populasi, yang menjadi suatu ukuran perubahan
331
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
persamaan di atas bahwa nilai Ne yang tinggi ancaman seperti penyakit endemik; dan oleh
dipengaruhi oleh perubahan-perubahan yang
mempengaruhi populasi karena perkawinan faktor-faktor sosial lainnya seperti umur peternak
jantan (lebih kecil) daripada betina. Hal ini
menggaris bawahi perlunya mempertimbangkan pemelihara breed (Woolliams, 2004).
jumlah jantan bibit dalam mengkaji status resiko.
Dalam tahun 1992, FAO mengadakan rapat
Tambahan terhadap ukuran populasi efektip,
tingkat resiko dikaitkan dengan tren Konsultasi Ahli untuk mengembangkan
pertumbuhan populasi. Sebagai dicatat di atas,
pada kondisi populasi kecil, tedapat kemungkian rekomendasi dalam pengkajian status resiko.
lebih besar kejadian atau tren merugikan yang
mempercepat kepunahan. Suatu ukuran Preferensi terhadap klasifikasi status resiko
populasi tertentu di atas resiko dari keluaran ini
dapat dipertimbangkan sebagai tidaklah besar breed didasarkan pada konsep Ne, dikoreksi
(lihat diskusi dari ambang yang digunakan dalam
berbagai klasifikasi status resiko). Semakin terhadap tren ukuran populasi, tingkat
cepat suatu populasi dibentuk untuk mencapai
ukuran kritis, semakin kurang diekspose perkawinan silang, tingkat kriopreservasi, dan
terhadap resiko kelangkaan. Jelaslah, jika
gambaran populasi adalah rendah dan tren variabilitas ukuran famili. Disarankan sepatutnya
pertumbuhan negatif, prospek breed menjadi
tidak baik. Suatu faktor komplikasi bahwa laju dilibatkan pula jumlah peternakan dan tren dari
pertumbuhan populasi breed sering
menunjukkan fluktuasi yang besar terhadap jumlah peternakan (FAO, 1992a).
waktu, khususnya dimana kondisi produksi tidak
bisa dikontrol secara ketat (Gandini et al., 2004). Bagaimanapun, keterbatasan data dan
Faktor-faktor yang mempengaruhi keragaman
laju pertumbuhan populasi melibatkan keperluan pendekatan konsisten terhadap skala
variabilitas permintaan pasar, pola-pola penyakit,
keberadaan program-program untuk dan global memberi makna perlu diadapatsi suatu
kepedulian terhadap konservasi SDGT, stabilitas
ekonomi secara umum dari sektor pertanian, dan pendekatan lebih sederhana, didasarkan pada
sebaran tempat dan kepadatan populasi (ibid.).
Hitungan peluang bahwa ukuran populasi jumlah betina dan jantan bibit, dan tren ukuran
terletak pada suatu kisaran tertentu pada waktu
tertentu di masa datang, oleh karenanya penuh populasi (lihat rincian di bawah). Pada masa
dengan teori-teori dan kesulitan terkait dengan
data. Meskipun menghadapi masalah tersebut, mendatang, selaras dengan ketersediaan data
tendensi-tendensi populasi saat ini secara jelas
menjadi satu faktor yang dipertimbangkan dalam yang semakin lengkap, memungkinkan untuk
mengkaji status resiko. Tambahan terhadap
ukuran populasi keseluruhan dan laju memperhalus metode kalkulasi untuk
pertumbuhan, status resiko dari suatu populasi
dipengaruhi faktor-faktor lain seperti jumlah memperhitungkan faktor-faktor tersebut di atas,
peternakan, dan konsentrasi geografis populasi,
yang mempengaruhi keberadaan terhadap juga untuk menyesuaikan terhadap perhitungan
interval generasi berbeda dari spesies berbeda.
Untuk tujuan perencanaan dan prioritasi, akan
berguna mengklasifikasikan breed kedalam
kategori status resiko. Batasan-batasan numerik
antara kategori status resiko berbeda sebagai
digunakan FAO dimaksudkan menjadi indikator
pelaksanaan aksi. Satu paper yang dihadirkan
pada Konsultasi Ahli tahun 1992 berpendapat
bahwa suatu populasi berukuran antara 100 dan
1.000 betina bibit ”menunjukkan bahwa populasi
tersebut dalam kondisi bahaya atau punah.
Tanpa aksi maka ukuran populasi efektip
tersebut dalam banyak kasus tidak memadai
dalam mencegah kehilangan genetik secara
terus-menerus bagi generasi selanjutnya. Suatu
peningkatan derajat inbreeding tidak
terhindarkan dan mengancam vitalitas hewan.
Terdapat bahaya nyata baik kehilangan secara
spontan sebagai contoh akibat kejadian penyakit
secara tiba-tiba, atau disebabkan kelalaian
manusia” (FAO 1992b). Lebih jauh, suatu ukuran
populasi kurang dari 100 betina bibit
332
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
menunjukkan bahwa “populasi tersebut dekat mendekati 100%, dan keseluruhan ukuran
dengan kepunahan. Langkah pertama perlu populasi meningkat.
dilakukan untuk meningkatkan ukuran populasi. Penekanan sitem FAO seperti di atas tidak
Pada tingkat ancaman ini, variabilitas genetik hanya tentang klasifikasi keberadaan status
seringkali sudah menurun sehingga populasi resiko. Klasifikasi lain dikembangkan untuk
tidak dapat dipertimbangkan seperti breed Asosisasi Eropa dari Data Bank Genetik Hewan
purba” (ibid.). Produksi (the European Association of Animal
Production–Animal Genetic Data Bank / EAAP–
Disebabkan demikian, klasifikasi berikut AGDB), dan sekarang digunakan oleh Sistem
dipakai oleh FAO dalam menguraikan derajat Informasi Keragaman Hayati Hewan Ternak
resiko yang dihadapi breed ternak: Eropa (the European Farm Animal Biodiversity
Information System / EFABIS)
• Breed punah: pada kondisi tidak (http://efabis.tzv.fal.de/). Hal ini mencakup breed
memungkinkan dalam jangka lama untuk kerbau, sapi, kambing, domba, kuda, keledai,
menciptakan kembali suatu populasi breed. babi dan kelinci dalam 46 negara Eropa.
Punah menjadi mutlak ketika tidak terdapat Mendasarkan pada resiko genetik, sebagai
jantan bibit (semen), betina bibit (oosit), dihadirkan dengan ekspektasi laju kumulatif
ataupun embrio. inbreeding dalam 50 tahun (∆F–50). Kalkulasi
berdasarkan persamaan Ne = 4MF/(M+F) (lihat
• Breed kritis: satu breed dimana jumlah total diatas) dengan asumsi awalnya (EAAP–AGDB,
dari betina bibit kurang dari 100 atau jumlah 2005). Breed-breed diklasifikasikan kedalam
total dari jantan bibit kurang dari atau sama satu atau lima kategori sesuai dengan ∆F–50:
dengan 5; atau ukuran populasi keseluruhan tidak berbahaya <5%; potensial berbahaya, 5-
adalah mendekati tetapi sedikit diatas 100 15%; berbahaya minimal, 16-25%; berbahaya
dan menurun, dan persentase betina breed 26-40%; dan berbahaya secara, >40%. Breed-
murni dibawah 80%. breed dapat masuk kepada klas dengan resiko
lebih tinggi berdasarkan pada satu perangkat
• Breed berbahaya: suatu breed dimana faktor resiko tambahan: suatu tingkat
jumlah total dari betina bibit antara 100 dan persilangan intensif dengan breed-breed lain;
1.000 atau jumlah total dari jantan bibit tren menurun dalam jumlah betina bibit; atau
kurang dari atau sama dengan 20 dan lebih jumlah peternakan yang rendah (ibid.).
besar daripada 5; atau ukuran populasi Dibawah Regulasi Komisi Uni Eropa No.
keseluruhan sangat dekat, tetapi sedikit 817/2004, menetapkan ambang batas status
diatas 100 dan meningkat dan persentase resiko untuk tujuan-tujuan terkait pembayaran
betina breed murni diatas 80%; atau ukuran insentif pada peternak pemelihara breed-breed
populasi keseluruhan sangat dekat, tetapi terancam. Kalkulasi berdasarkan jumlah betina
sedikit diatas 1.000 dan menurun dan bibit yang dijumlahkan sepanjang negara-negara
persentase dari betina breed murni dibawah di Uni Eropa. Ambang batas terpisah
80%. dikembangkan untuk setiap spesies: sapi –
7.500, domba – 1.000, kambing – 10.000, kuda –
• Breed menuju kritis dan breed menuju 5.000, babi – 15.000 dan spesies burung –
berbahaya: breed kritis atau berbahaya 25.000. Sejumlah argumen dapat dipakai untuk
dipelihara oleh suatu program konservasi mendukung ambang batas yang agak tinggi.
masyarakat aktif atau dalam satu fasilitas Gandini et al. (2004) mencatat di Eropa konteks
komersial atau penelitian. suatu breed dengan 1.000 atau lebih betina bibit
secara umum dengan sendirinya bisa
• Breed tidak berisiko: satu breed dimana
jumlah total dari betina atau bibit kawin
masing-masing lebih besar dari 1.000 dan
20; atau ukuran populasi mendekati 1.000
dan persentase betina breed murni
333
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
berkelanjutan, ini tidak selalu masalah, dan FAO. 1999. The global strategy for the management of
menjadi lebih mudah untuk mencegah suatu farm animal genetic resources. Executive Brief.
populasi dari kehilangan keberlanjutannya Rome.
dibandingkan penyimpanannya.
FAO. 2001. Preparation of the first report on the state
Breed Langka Internasional dari Organisasi of the world’s animal genetic resources. Guidelines
Non Pemerintah (NGO) juga mengembangkan for the development of country reports. Rome.
suatu sistem berdasarkan pada jumlah betina
breed murni teregistrasi, yang mengklasifikasi FAO. 2003. Defining livestock breeds in the context of
breed prioritas kedalam empat karegori: kritis, community-based management of farm animal
berbahaya, terancam dan beresiko (Alderson, genetic resources, by J.E.O. Rege. In Community-
2003). Faktor-faktor lain (jumlah dari unit based management of farm animal genetic
perkawinan, jumlah galur jantan yang tidak resources. Proceedings of the workshop held in
berhubungan, tren populasi, jarak antara unit Mbabane, Swaziland, 7–11 May 2001. Rome.
perkawinan yang besar), yang idealnya
dilibatkan dalam suatu estimasi status resiko, Gandini, G.C., Ollivier, L., Danell, B., Distl, O.,
tidak dipertimbangkan dalam kaitan Georgoudis, A., Groeneveld, E., Martyniuk, E., van
menghindarkan kerumitan kalkulasi secara Arendonk, J.A.M. & Woolliams, J.A. 2004. Criteria to
berlebihan (ibid.). assess the degree of endangerment of livestock
breeds in Europe. Livestock Production Science,
Daftar Pustaka 91(1-2): 173–182.
Alderson, L. 2003. Criteria for the recognition and Hammak, S.P. 2003. Creating cattle breeds and
prioritisation of breeds of special genetic importance. composites. College Station Texas. Texas
Animal Genetic Resources Information, 33: 1–9. Cooperative Extension, Texas A & M University.
Convention on Biological Diversity (CBD). Convention Köhler-Rollefson, I. 1997. Indigenous practices of
Text. Article 2. Use of Terms. Concluded at Rio de animal genetic resource management and their
Janeiro, 5 June 1992. (available at www.biodiv relevance for the conservation of domestic animal
org/convention/convention.shtml). diversity in developing countries. Journal of Animal
Breeding and Genetics, 114: 231–238.
EAAP–AGDB. 2005. Factors used for assessing the
status of endangerment of a breed. European Lush, J.L. 1994. The genetics of populations. Iowa
Association of Animal Production – Animal Genetic Agriculture and Home Economics Experiment
Data Bank. (available at www.tiho-hannover. Station. Special Report 94. Ames, Iowa, USA. Iowa
de/einricht/zucht/eaap/). State University.
FAO. 1992a. Monitoring animal genetic resources and Woolliams, J.A. 2004. Managing populations at risk. In
criteria for prioritization of breeds, by K. Maijala. In J. G. Simm, B. Villanueva, K.D. Sinclair & S.
Hodges, ed. The management of global animal Townsend, eds. Farm animal genetic resources, pp.
genetic resources, Proceedings of an FAO Expert 85–106. British Society for Animal Science,
Consultation, Rome, Italy, April 1992, Animal Publication 30. Nottingham, UK. Nottingham
Production and Health Paper No. 104. Rome. University Press.
FAO. 1992b. The minimum number of preserved Perundang-undangan Eropa
populations, by I. Bodó, In J. Hodges, ed. The
management of global animal genetic resources. COMMISSION REGULATION (EC) No 817/2004 of 29
Proceedings of an FAO Expert Consultation, Rome, April 2004 laying down detailed rules for the
Italy, April 1992, Animal Production and Health application of Council Regulation (EC) No
Paper No. 104. Rome. 1257/1999 on support for rural development from
the European Agricultural Guidance and Guarantee
FAO. 1995. Global impact domain – animal genetic Fund (EAGGF). http://europa.eu.int/eurlex/pri/en/oj/
resources, by E.P. Cunningham. Rome. dat/2004/l_153/l_15320040430en00300081.pdf
COUNCIL DIRECTIVE 77/504/EEC of 25 July 1977 on
pure- bred breeding animals of the bovine species.
http://europa.eu.int/smartapi/cgi/sga_doc?smartapi!
celexapi!prod!CELEXnumdoc&lg=EN&numdoc=319
77L0504&model=guichett
334
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Bab B
Metoda Karakterisasi
1 Pendahuluan 2 Karakterisasi sebagai dasar
pembuatan keputusan
Karakterisasi sumberdaya genetik ternak
(SDGT) menekankan pada berbagai aktivitas Suatu pertimbangan kunci bagi manajemen
terkait dengan identifikasi, deskripsi kuantitatif SDGT di tingkat nasional adalah apakah, pada
dan kualitatif, dan dokumentasi dari populasi- suatu waktu tertentu, suatu populasi dari breed
populasi breed dan habitat alami serta sistem tertentu dengan sendirinya akan berkelanjutan
produksi dimana mereka beradaptasi atau tidak atau pada kondisi beresiko. Pengkajian pertama
beradaptasi. Tujuannya adalah untuk ini (survey baseline2) dari status breed/populasi
mendapatkan pengetahuan lebih baik tentang didasarkan pada informasi:
SDGT, potensinya saat ini dan mendatang untuk
keperluan pangan dan pertanian dalam • ukuran dan struktur populasi;
lingkungan terdefinisi, serta statusnya saat ini • distribusi geografi;
sebagai populasi dari breed berbeda (FAO, • keragaman genetik dalam breed; dan
1984; Rege, 1992). Karakterisasi pada tingkat • keterkaitan genetik antara breed-breed
nasional meliputi identifikasi SDGT negara
berikut survei sumberdaya genetiknya. Proses ketika populasi ditemukan di lebih satu
melibatkan juga dokumentasi sistematis dari negara (sebagai misal domba Djallonke di
informasi-informasi yang dikumpulkan sehingga Barat Afrika
memungkinkan untuk kemudahan akses. Jika suatu breed/populasi tidak pada status
Kegiatan karakterisasi sepatutnya berkontribusi beresiko, maka tidak diperlukan segera
pada tujuan dan prediksi nyata performa hewan pelaksanaan aksi konservasi. Meskipun
dalam lingkungan terdefinisi, sehingga demikian, sebagai bagian dari rencana
memungkinkan pembandingan performa pengembangan ternak nasional, keputusan perlu
potensial dalam berbagai sistem produksi yang diambil pada apakah suatu program perbaikan
luas. Berdasarkan pertimbangan ini, dengan genetik diperlukan – untuk merespon, sebagai
demikian, tidak hanya mengakumulasikan misal, terhadap perubahan kondisi pasar.
catatan-catatan yang ada saja. Keputusan yang mempertimbangkan program
perbaikan seperti ini terutama dipandu oleh
Informasi yang dilibatkan sepanjang proses informasi manfaat dan keuntungan bagi peternak
karakterisasi mencakupan kisaran elemen dan perhimpunan-perhimpunan dalam jangka
terkait, melibatkan peternak, pemerintah baik panjang.
nasional dan regional, demikian pula badan Ketika suatu breed/populasi ditemukan pada
internasional untuk sampai pada pembuatan kondisi beresiko, strategi konservasi aktif harus
keputusan informatif bagi prioritas kepentingan diimplementasikan atau akan berakibat
manajemen SDGT (FAO, 1992; FAO/UNEP,
1998). Keputusan dari kebijakan semacam ini 2 Informasi baseline dikaitkan terhadap populasi hewan dengan target
bertujuan mempromosikan pengembangan lebih tertentu pada suatu periode tertentu dan dalam lingkungan produksi yang
lanjut SDGT yang menjamin bahwa sumberdaya diberikan. Tergantung tingkat perubahan, deskripsi ini bisa memerlukan
genetik dikonservasi untuk kepentingan generasi pembaharuan sekitar satu generasi. Studi baseline sepatutnya
kini dan mendatang. mengkarakterisasi tampilan fenotipik dan molekuler dari betina dan jantan
bibit dalam populasi. Sekitar 100 betina dewasa dan sekitar 30 jantan
dewasa diperlukan untuk karakterisasi fenotipe, tetapi sekitar sepertiga
ukuran ini mencukupi untuk estimasi keragaman molekuler.
335
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
kehilangan breed potensial. Dalam terbaik. Jika breed yang akan dikonservasi
mengalokasikan sumberdaya yang tersedia ditemukan lebih di satu negara, keputusan
secara terbatas untuk program konservasi, perlu sepatutnya diambil pada tingkat regional.
prioritas breed. Keputusan bisa mendasarkan Dengan demikian, Institusi/organisasi dengan
pada variasi genetik, sifat adaptasi, nilai relatif koordinasi regional, dan kebijakan-kebijakan
bagi pangan dan pertanian, atau nilai-nilai nasional pendukung, diperlukan dalam
historis dan kultural dari breed-breed yang memfasilitasi keputusan-keputusan semacam ini
dipertanyakan. Informasi ini juga diperlukan dan untuk mengimplementasikan aksi. Sampai
untuk memutuskan, apakah strategi in vivo atau saat ini, tercatat hanya beberapa contoh aksi
in vitro atau suatu kombinasi keduanya akan dari banyak negara dalam manajemen SDGT.
dimunculkan guna memperoleh pendekatan
GAMBAR 47
Informasi yang diperlukan untuk merancang strategi manajemen
336
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Untuk keputusan strategi konservasi dan genetik antara breed-breed yang
program pengembangan breed berkelanjutan, dipertimbangkan (dalam upaya
diperlukan informasi komprehensif dan memaksimasi keragaman yang dikonservasi
sepatutnya melibatkan: untuk keuntungan generasi manusia di
masa mendatang);
• deskripsi karakteristik fenotipe tipikal dari • asal dan pengembangan breed-breed; dan
populasi breed, melibatkan gambaran fisik • karakteristik-karakteristik genetik unik (atau
dan penampakan, sifat-sifat ekonomi fenotipik jika sifat-sifat genetik tidak
(misalnya pertumbuhan, reproduksi dan diketahui) dan signifikansinya terhadap
produksi/kualitas) dan sejumlah ukuran penentuan produksi saat ini atau yang
(misalnya kisaran) dari variasi sifat ini – diantisipasi
fokus umumnya pada produktivitas dan Para pengambil keputusan nasional
sumbangan adaptasi dari breed-breed; memerlukan identifikasi breed-breed pada hal
mana program-program perbaikan genetik akan
• deskripsi lingkungan produksi (Kotak 68), menjadi sangat menguntungkan. Program-
baik habitat asal dan sistem produksi pada program tersebut dapat melibatkan breed-breed
kondisi populasi dipelihara – beberapa breed yang diklasifikasikan berdasarkan resiko, dan
dipelihara lebih dari satu sistem produksi, bagian bentuk dari suatu program konservasi.
dalam sejumlah negara, dan sering diluar Investasi untuk pengembangan breed
area geografinya; sepatutnya diperkuat dengan pengembalian
investasi secara memadai. Hal ini ditentukan
• dokumentasi berbagai karakteristik khusus berdasarkan tingkat performans, kharakteristik
(gambaran unik) dari populasi dalam adaptasi khusus dan/atau manfaat dan nilai
batasan adaptasi dan produksi – melibatkan spesifik dari breed-breed dalam suatu
respon terhadap stres lingkungan lingkungan produksi yang diberikan atau dalam
(kemungkinan penyakit dan parasit, iklim kaitan antisipasi perubahan lingkungan produksi
ekstrim, kualitas pakan rendah, dan (melibatkan kondisi pasar). Dengan demikian,
sebagainya); data performans, deskripsi sifat-sifat dan nilai-
nilai dengan manfaat tertentu, dan deskripsi rinci
• gambaran jantan dan betina tipikal dalam lingkungan produksi umum menjadi esensial
lingkungan produksi tipikal mereka; dalam menuntun keputusan program
pengembangan breed.
• pengetahuan indigenious yang relevan Seperangkat informasi yang diperlukan bagi
(melibatkan tetapi tidak dibatasi pengembangan program pemuliaan bersesuaian
pengetahuan spesifik gender) dari strategi- juga memberikan pilihan breed untuk
strategi manajemen tradisional yang dipertimbangkan karena perubahan lingkungan
digunakan masyarakat dalam pemanfaatan produksi, apakah melalui perubahan faktor-faktor
keragaman genetik dari ternak mereka; budidaya, kondisi pasar, preferensi budaya, atau
biofisikal (misal stres iklim atau kemungkinan
• deskripsi manajemen berjalan (utilisasi dan penyakit). Demikian pula, informasi ini diperlukan
konservasi) dari aksi dan pengguna yang dalam merancang skema pemulihan SDGT
terlibat; dan disebabkan adanya kejadian bencana alam,
outbreak penyakit atau kerusuhan di
• deskripsi berbagai hubungan genetik yang masyarakat. Pemulihan dapat
diketahui antara breed-breed dalam atau
diluar negara.
Untuk menambah informasi terdata bagi kedua
cara (konservasi dan pengembangan), informasi
tambahan berikut berguna dalam menuntun
pilihan prioritas breed dan area geografi dari
program konservasi:
• perbedaan genetik dari breed-breed dan
signifikansinya terhadap total keragaman
337
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 68
Penggambaran lingkungan produksi bagi sumberdaya genetik ternak
Gambaran menyeluruh dari lingkungan produksi adalah berkembang memiliki kapasitas sangat kecil untuk
esensial dalam pembuatan data performans dan untuk mengumpulkan dan menganalisis variabel-vatiabel
memahami adaptasi khusus dari breed/populasi. lingkungan produksi, dan bahwa, suatu sistem diskripsi
Ketegaran adaptasi dari breed-breed merupakan hal yang kurang kompleks mungkin, oleh karenanya, lebih
yang kompleks dan sulit untuk diukur secara langsung, disukai sehingga akan lebih banyak digunakan.
tetapi dapat dikarakterisasi secara langsung dengan cara Disamping pertimbangan ini, sistem yang diajukan
menggambarkan variabel-variabel utama (kriteria) yang memerlukan informasi sangat terperinci. Suatu
mempengaruhi suatu gen pool hewan (breed) sepanjang pendekatan yang kurang rinci dan lebih pragmatis dalam
waktu, dan mungkin memaksimasi ketegaran menggambarkan sistem produksi kemungkinkan dapat
adaptasinya pada lingkungan tersebut. Oleh karenanya, memfasilitasi upaya-upaya untuk menjembatani gap besar
suatu deskripsi (yang dikembangkan) dari lingkungan yang ada dalam dokumentasi breed. Bagaimanapun,
produksi secara ekstrem akan sangat berharga, dalam suatu pendekatan terperinci sepatutnya didorong setiap
upaya memahami lebih baik ketegaran adaptif komparatif saat agar menjadi mungkin.
dari SDGT spesifik.
Sistem yang didapatkan pada pertemuan di Armidale
Pada Januari 1998, satu kelompok ahli bertemu di nampaknya menjadi upaya pertama untuk
Armidale, Australia, dan menyampaikan pendekatan mengembangkan seperangkat gambaran lingkungan
sangat terperinci dan terstruktur baik, menggunakan lima produksi (production environmant descriptors / PEDs)
kriteria utama untuk mengkarakterisasi kebanyakan, jika untuk penggunaan karakterisasi dari breed-breed ternak.
tidak semua, lingkungan-lingkungan produksi, untuk Data dasar dari Sistem Informasi Sumberdaya genetik
semua spesies hewan yang digunakan bagi pangan dan ternak Domestik (the Domestic Animal Genetic Resources
pertanian. Lima kriteria tersebut adalah: iklim; batasan Information System / DAGRIS), yang dikembangkan oleh
wilayah, penyakit, kekompleksan penyakit dan parasit, Institusi Penelitian Ternak Nasional (the International
ketersediaan sumberdaya; dan intervensi manajemen Livestock Research Institure / ILRI) melibatkan satu
(FAO, 1998). Pada tingkatan hirarki kedua, tiga sampai wilayah yang disediakan sebagai ”habitat” dari setiap
tujuh indikator dari setiap kriteria diformulasikan untuk breed, tetapi tidak ada seperangkat struktur pada
mengkarakterisasi (misal menguraikan dan mengukur pemasukkan, dan informasi yang dilibatkan sampai kini
variabel-variabel dalam) lingkungan produksi. Untuk sangat terbatas. Data dasar dari ”Breed-breed Ternak”
setiap indikator dua atau lebih pembuktian diidentifikasi dari Universitas Negara Bagian Oklahoma melibatkan
untuk menspesifikasi atau mengukur setiap indikator. sejumlah informasi lingkungan produksi, tetapi sekali lagi
Workshop mencatat bahwa banyak negara-negara disini tidak berdasarkan pada seperangkat penggambaran
yang jelas.
berdasarkan pada ketersediaan SDGT dalam satu breed lokal spesifik, tetapi suatu organisasi
negara, dari negara-negara lain dalam region, regional atau internasional memutuskan bahwa
atau dari region lain di dunia. Dalam semua breed tersebut adalah sumberdaya genetik yang
kasus, skema pemulihan sepatutnya unik, dan hal ini menjadi perhatian dunia untuk
mendapatkan hewan dengan adaptasi terbaik mengkonservasinya.
terhadap lingkungan produksi pada kondisi mana
mereka akan diintrodusikan. 3 Alat-alat untuk karakterisasi
Keputusan-keputusan manajemen bisa 3.1 Survei
berbeda dalam tipe dan jangkauan untuk taraf Survei dilakukan sebagai upaya mengumpulkan
subnasional, nasional, regional dan data sistematis untuk mengidentifikasi populasi
internasional. Disini, oleh karenanya, menjadi breed dan menjelaskan karakterisasi teramati,
penting bahwa informasi relevan terhadap sebaran geografi, serta lingkungan produksinya.
karakteristik breed dapat diakses oleh pembuat Survei baseline cukup dilakukan sekali,
keputusan pada semua tingkatan. Sebagai sedangkan beberapa elemen dari survei
contoh, dapat terjadi bahwasanya satu negara
memutuskan tidak menginvestasi konservasi dari
338
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
mungkin bisa diulangi saat teramati perubahan- dari spesies mamalia dan burung (lihat ringkasan
perubahan nyata dari sektor peternakan item-item data pada Tabel 97 dan 98). Ini
mendasarkan pada pengalaman EAAP, yang
Sebagai bagian dari upaya pengembangan memulai koleksi data pada tahun 1980-an dan
bank data dunia untuk manajemen SDGT, FAO kemudian membangun sistem informasi data
telah mengembangkan daftar menyeluruh dari terkomputerisasi pertama sebagai EAAP-AGDB.
gambaran hewan dan lingkungan untuk dipakai ILRI, dalam kerjasama dengan FAO (Rowlands
sebagai suatu panduan karakterisasi terstandar et al., 2003) telah mengembangkan dan menguji
dari kegiatan karakterisasi di berbagai tingkatan suatu pendekatan pengumpulan dan koleksi
(FAO, 1986a,b,c). Bagaimanapun, gambaran- informasi pada taraf breed secara on farm di
gambaran tersebut terlalu kompleks untuk Zimbabwe. Pendekatan yang sama diterapkan di
diaplikasikan secara universal. Dalam Ethiophia. Suatu pelajaran kunci dari kerja ini
memahami fakta ini, FAO telah mengembangkan adalah dibutuhkan persyaratan logistik dan
format yang disederhanakan untuk koleksi data
TABEL 97
Informasi tercatat pada spesies mamalia dalam bank data dunia untuk sumberdaya genetik ternak
• INFORMASI UMUM • KUALITAS KHUSUS
Spesies Kualitas khusus produk
Nama breed (kebanyakan nama umum dan nama Karakteristik kesehatan khusus
lokal lainnya) Adaptabilitas pada lingkungan spesifik
Distribusi Karakteristik reproduksi khusus
Kualitas khusus lainnya
• DATA POPULASI
• KONDISI MANAJEMEN
Informasi populasi dasar:
Tahun koleksi data Sistem manajemen
Total ukuran populasi (kisaran atau jumlah pasti) Mobilitas
Reliabilitas data populasi Pemberian pakan dewasa
Tren populasi (meningkat, stabil, menurun) Periode Pengandangan
Gambaran populasi berdasarkan (sensus/survei pada Kondisi Manajemen Khusus
taraf spesies/breed atau estimasi)
• KONSERVASI IN SITU
Informasi Perkembangan Populasi
Gambaran program konservasi in situ
Jumlah dari betina dan jantan bibit
Persentase betina dikawinkan terhadap jantan pada • KONSERVASI EX SITU
breed yang sama persentase jantan yang dipakai
dalam perkawinan Semen tersimpan dan jumlah jantan yang
Jumlah betina teregistrasi dalam buku dihadirkan
peternakan/registrasi Embrio tersimpan dan jumlah induk dan interval
Penggunaan inseminasi buatan dan penyimpanan kelahiran
semen dan embrio Deskripsi program konservasi ex situ
Jumlah peternakan dan rataan ukuran peternakan
• PERFORMANS
• MANFAAT UTAMA
Berat lahir
Terdaftar berdasarkan urutan kepentingan Umur saat dewasa kelamin
Rataan umur mengawinkan jantan
• ORIGIN DAN PENGEMBANGAN Umur melahirkan pertama dan interval kelahiran
Lama hidup produktif
Status domestikasi saat ini (domestikasi/liar/feral ) Produksi susu dan lama laktasi (mamalia)
Klasifikasi taksonomi (breed/varietas/strain/line) Lemak susu
Origin (deskripsi & tahun) Daging halus
Impor Pertumbuhan harian
Tahun pengembangan buku peternakan Berat karkas
Organisasi pemonitoring breed (alamat) Dressing percentage
Kondisi manajemen pada kondisi performans
• MORPHOLOGI diukur
Tinggi dan berat dewasa Sumber : FAO/UNEP (2000)
Jumlah dan bentuk/ukuran tanduk
Warna
Sifat yang terlihat spesifik
Rambut dan/atau tipe wol
339
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
TABEL 98
Informasi tercatat untuk spesies burung dalam bank data dunia untuk sumberdaya genetik ternak
• INFORMASI UMUM • KUALITAS KHUSUS
Spesies Kualitas khusus produk
Nama breed (kebanyakan nama umum dan nama Karakteristik kesehatan khusus
lokal lainnya) Adaptabilitas pada lingkungan spesifik
Distribusi Karakteristik reproduksi khusus
Kualitas khusus lainnya
• DATA POPULASI
• KONDISI MANAJEMEN
Informasi populasi dasar:
Tahun koleksi data Sistem manajemen
Total ukuran populasi (kisaran dan gambaran pasti) Mobilitas
Reliabilitas data populasi Pemberian pakan dewasa
Tren populasi (meningkat, stabil, menurun) Periode Pengandangan
Gambaran populasi berdasarkan (sensus/survei pada Kondisi Manajemen Khusus
taraf spesies/breed atau estimasi)
• KONSERVASI IN SITU
Informasi Perkembangan Populasi
Jumlah dari betina dan jantan bibit Gambaran program konservasi in situ
Persentase betina dikawinkan terhadap jantan pada
breed yang sama persentase jantan yang dipakai • KONSERVASI EX SITU
dalam perkawinan
Jumlah betina teregistrasi dalam buku Semen tersimpan dan jumlah jantan yang
peternakan/registrasi dihadirkan
Penggunaan inseminasi buatan dan penyimpanan Deskripsi program konservasi ex situ
semen dan embrio
Jumlah peternakan dan rataan ukuran peternakan • PERFORMAN
• MANFATAN UTAMA Umur saat dewasa kelamin
Umur saat bertelur pertama dan interval bertelur
Terdaftar berdasarkan urutan kepentingan Lama hidup produktif
Jumlah telur per tahun
• ORIGIN DAN PENGEMBANGAN Pertumbuhan harian
Berat karkas
Status domestikasi saat ini (domestikasi/liar/feral ) Dressing percentage
Klasifikasi taksonomi (breed/varietas/strain/line) Kondisi manajemen pada kondisi performans
Origin (deskripsi dan tahun) diukur
Impor
Tahun pengembangan buku peternakan Sumber : FAO/UNEP (2000)
Organisasi pemonitoring breed (alamat)
• MORPHOLOGI
Bobot hidup dewasa
Pola warna bulu
Pola bulu
Warna kulit
Warna shank dan kaki
Tipe jengger
Warna sel telur
Sifat yang terlihat spesifik
waktu secara ekstensif untuk survei ternak, dan pengembangan/evolusi dari breed,
manajemen dan analisis data, secara kasar gambaran morfologi tipikal, rataan performans,
dapat diestimasi. Juga ditemukan bahwa karakteristik khusus, dan aktivitas konservasi
keluaran dari teknik-teknik survei multivariate berjalan.
perlu diuji dengan kelengkapan studi genetik
molekuler (Ayalew et al., 2004). 3.2 Monitoring
Perubahan-perubahan pada ukuran dan struktur
Mendasarkan pada strategi global untuk populasi perlu didokumentasi secara teratur
manajemen SDGT, tercakup sepuluh kategori untuk semua breed. Hal ini sepatutnya dilakukan
variabel dalam survei SDGT, melibatkan secara tahunan atau dua tahunan, dikarenakan
informasi populasi breed dasar dan yang aplikasi teknologi reproduksi modern,
dikembangkan, manfaat utama dari breed, asal
340
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
perdagangan dunia, permintaan pasar, dan sumberdaya yang ada, akan mengefektipkan
kebijakan yang menyukai breed tertentu, dapat biaya. Untuk memanajemen sumberdaya genetik
membawa perubahan cepat pada ukuran dan dengan status resiko tinggi, diperlukan data
struktur populasi-populasi breed. ukuran populasi dan lokasi geografi saat ini.
Pada populasi tersebut, penghitungan teratur
Monitoring dari spesies dilakukan paling dan sederhana dan pencatatan ukuran-ukuran
sedikit sekali per generasi, khususnya pada populasi aktual mungkin akan memadai dan
breed yang diklasifikasikan dalam status diperoleh dari pihak-pihak yang langsung terlibat.
beresiko atau potensial menjadi beresiko. Hal ini Populasi yang besar dan terdistribusi luas dapat
memerlukan survei-survei dengan interval sekitar dilakukan pengembangan stratifikasi sampel,
delapan tahun untuk kuda dan keledai, lima dimana suatu bagian dari populasi dalam setiap
tahun untuk sapi, kerbau, domba dan kambing, region geografi yang besar dari negara
tiga tahun untuk babi dan dua tahun untuk dimonitor. Kurangnya cara yang mudah dan
spesies unggas. aplikatif dalam pengumpulan data, kekurangan
tenaga pelatih untuk melakukan kajian, dan
Saat ini, sangat banyak konsensus ternak di kurangnya kepedulian pada bagian pengambil
tingkat nasional tidak berisi data pada tingkat keputusan dan pelaksana terkait
breed, dan tidak dilakukan pencatatan teratur mempertimbangkan pentingnya informasi
dari jumlah populasi breed-breed. Spesies dan tersebut, memunculkan kendala-kendala
breed yang diklasifikasikan berstatus resiko penting.
sepatutnya dimonitor secara teratur. Monitoring
ini sepatutnya bisa dipakai sebagai dasar untuk Pada setiap negara mungkin terdapat
peringatan dini di tingkat nasional. kesempatan untuk memonitor SDGT untuk
mengambil manfaat dari kegiatan-kegiatan yang
Informasi yang dikumpulkan selama kegiatan ada, dan oleh karenanya secara nyata
monitoring memungkinkan dilakukan koreksi menghindarkan tambahan biaya. Sensus-sensus
pada rencana manajemen SDGT. Program- ternak nasional menawarkan kesempatan yang
program monitoring perlu dirancang dengan hati- baik. Juga mungkin untuk membangun stasiun-
hati sehingga dapat menjadi umpan balik bagi stasiun monitoring yang efektip pada lokasi-
petani, manajer dan penguna lainnya. lokasi dimana ternak dijual atau diperdagangkan,
Pendekatan monitoring perlu fleksibel; dan seperti tempat lelang dan pasar lokal.
kegiatan-kegiatan oleh pelaku berbeda perlu Pendekatan ini dapat secara signifikan
dikoordinasi dengan baik, sebagaimana grup- mengurangi biaya dalam upaya monitoring
grup berbeda akan memonitor parameter- ternak. Bagaimanapun, fokus pada ternak-ternak
parameter berbeda. Sebagai contoh, petani yang diperdagangkan mungkin tidak secara
mungkin berharap memonitor parameter akurat mencerminkan struktur dari populasi-
produksi; manajer sumberdaya mungkin populasi target yang ada di peternakan. Di
berharap memonitor kelengkapan inventarisasi negara-negara dimana grup-grup petani,
breed; dan administratur mungkin berharap perhimpunan-perhimpunan breed, atau
memonitor efektivitas biaya dari berbagai kumpulan peternakan dan studi berada,
program. Monitoring juga diperlukan dalam pelibatan registrasi dapat menjadi cara sangat
evaluasi kemajuan pelaksanaan dari rencana efektip untuk memonitor breed tertentu. Mugkin
aksi, dan untuk mengidentifikasi prioritas- diperoleh pula kesempatan-kesempatan untuk
prioritas baru, isu-isu dan kesempatan- mengkombinasikan aktivitas monitoring dengan
kesempatan. tugas-tugas dari petugas pemerintah yang ada.
Sebagai misal, para biologis hewan-hewan liar,
Monitoring dapat menjadi aspek sangat mahal bisa membantu memonitoring populasi ternak
dari manajemen SDGT. Bagaimanapun, jika
negara-negara melakukan pendekatan strategis
dalam monitoring, dan mengambil manfaat dari
341
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
sebagai bagian dari survei hewan liar. Petugas- Karakterisasi pada tingkat genetika molekular
petugas kesehatan dapat mencatat jumlah dilakukan terutama untuk mengeksplorasi
populasi ternak dengan breed saat melakukan keragaman genetik dalam dan antara populasi
pemeriksaan pangan olahan atau melakukan hewan, dan untuk menentukan hubungan
pelayanan veteriner. Semua pilihan ini, genetik antara populasi-populasi tersebut. Lebih
bagaimanapun harus diperlakukan dengan spesifik, hasil dari kerja laboratorium dipakai
pertimbangan kehati-hatian dari potensial bias. untuk:
Nilai informasi yang diperoleh berdasarkan
kegiatan-kegiatan yang ada perlu diboboti • menentukan parameter keragaman dalam
dengan informasi-informasi tambahan, tetapi dan antara breed;
biaya juga lebih besar, dikaitkan dengan survei-
survei yang secara khusus dirancang dan • identifikasi lokasi geografis dari populasi
diadakan untuk memonitor SDGT. tertentu dari asal usul genetik berbeda;
Ketika terdapat langkah maju pelibatan data • melibatkan informasi hubungan evolusi
pada tingkat breed dalam sensus ternak (pohon filogenetik) dan klarifikasi pusat dari
nasional, program global berikutnya untuk lintas asal usul dan migrasi;
sensus pertanian (diproduksi FAO setiap
sepuluh tahun untuk memandu negara-negara • implementasi kegiatan pemetaan gen
melakukan sensus pertanian mereka) (FAO, melibatkan identifikasi dari gen-gen karier
2006) mendorong negara-negara mengkoleksi yang tidak diketahui;
dan mencatat data ternak pada taraf breed.
• identifikasi tetua dan hubungan genetik
3.3 Karakterisasi molekular genetik (misal sidik jari DNA) dalam populasi,
Karakterisasi genetik pada tingkat molekular
mengekplorasi polimorfisme molekul-molekul • mendukung pengembangan genetika
protein terpilih dan penciri-penciri DNA dalam pembantu marka dari populasi hewan; dan
hubungannya mengukur variasi genetik di tingkat
populasi. Disebabkan rendahnya tingkat • mengembangkan repositori DNA untuk
polimorfisme di tingkat protein yang diamati, dan penelitian dan pengembangan (FAO, 2005).
karena penerapan terbatas pada studi
keragaman genetik, polimorfisme di tingkat DNA • dalam populasi dengan keterbatasan atau
menjadi marka pilihan untuk karakterisasi ketiadaan informasi silsilah dan struktur
genetik molekular (Lihat Bab C). populasi, marka molekular dapat juga
dipakai untuk mengestimasi ukuran populasi
Proses dari karakteriasi genetik molekular efektip (Ne).
meliputi sampling lapangan dari material genetik
(sering sampel darah atau akar rambut), Pada ketiadaan data karakterisasi breed
ekstraksi laboratorium DNA sampel, secara menyeluruh dan dokumentasi dari asal
penyimpanan DNA, pengujian laboratorium usul populasi pemuliaan, informasi marka
(misal genotyping atau sekuensing), analisis molekuler bisa memberi cara termudah untuk
data, penulisan catatan, dan penyimpanan data estimasi keragaman genetik dalam dan antar
dasar informasi genetik molekular. Sampling dari seperangkat populasi tertentu.
analisis molekular mungkin dikombinasikan
dengan surveying dan/atau monitoring, 3.4 Sistem informasi
sebagaimana informasi molekular itu sendiri Sistem informasi data dasar dapat melayani
tidak bisa dipakai untuk keputusan pemanfaatan serangkaian tujuan berbeda, tetapi secara
(utilisasi) dan konservasi. kolektif berisi informasi penting untuk pembuatan
keputusan, penelitian, pelatihan, perencanaan
dan program evaluasi, catatan kemajuan dan
kepedulian publik. Sistem informasi secara
normal meliputi hardware, software (aplikasi-
aplikasi), data (informasi) terorganisir dan
fasilitas-fasilitas komunikasi. Sistem informasi
tersebut dapat dioperasikan baik secara manual
342
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
secara elektronik menggunakan komputer, atau terhadap adaptasi spesifik dari breed tertentu
kombinasi keduanya. Informasi bisa berupa satu pada lingkungan yang sulit.
mesin desktop tunggal, atau suatu jaringan
komputer. Alternatifnya, dapat dalam internet, Data dasar nasional dari keragaman hewan
yang memungkinkan akses eksternal untuk domestik merupakan alat perencana esensial.
melihat, atau, dalam kasus sistem interaksi Data tersebut menghadirkan status saat ini dari
dinamis, memperbaharui informasi. pengetahuan akan ukuran distribusi, status, dan
penggunaan nilai SDGT. Data tersebut juga
Tujuan menyeluruh dari sistem informasi memungkinkan akses terhadap informasi pada
adalah untuk memungkinkan dan mendukung aktivitas manajemen yang direncanakan dan
pembuatan keputusan dalam hubungannya yang berjalan, lebih jauh, memfasilitasi
dengan nilai SDGT saat ini dan potensi identifikasi gap dari informasi yang ada.
penggunaannya di masa mendatang, oleh
berbagai pihak pengguna, melibatkan pembuat Saat ini, sejumlah sistem informasi elektronik
kebijakan, praktisi pengembang, petani dan domain-publik untuk keragaman genetik hewan
peneliti. Dengan demikian, mereka perlu bisa terakses secara mendunia dan berisi data
menyatukan alat pendukung keputusan penting dari lebih satu negara. Dua diantaranya – Sistem
untuk memenuhi kebutuhan pengguna di tingkat Informasi Keragaman Genetik Ternak Domestik
subnasional, nasional, subregional, regional dan (the Domestic Animal Diversity Information
dunia. Bagaimanapun, pengguna yang System/DAD-IS) dan the European Farm Animal
mengoperasikan pada hierarki atau tingkat Biodiversity Information System (EFABIS)
berbeda disini secara individu akan memiliki (sebelumnya EAAP-AGDB) – adalah dikaitkan
tujuan berbeda, dan akan tertarik pada aspek- dengan sistem informasi dunia dari FAO untuk
aspek berbeda dari data yang diisikan pada SDGT. Sistem Informasi Sumberdaya genetik
sistem informasi. Sebagai misal, pengguna yang ternak Domestik (the Domestic Animal Genetic
beroperasi pada taraf regional atau dunia akan Resources Information System/DAGRIS), yang
lebih tertarik sepanjang wilayah distribusi breed, dikelola oleh ILRI merupakan suatu data dasar
sepanjang wilayah pasar ternak, resiko penyakit dari sintesa informasi penelitian dari literatur
antar wilayah, dan pertukaran plasma nutfah terpublikasi atau tidak terpublikasi. Sistem
antara wilayah. Sebaliknya, isu-isu lebih relevan informasi breed-breed ternak dari Universitas
bagi pengguna pada taraf nasional dan Negara Bagian Oklahoma memberi ringkasan
subnasional (lokal) adalah ukuran populasi jelas dari asal usul breed, karakterisik dan
breed, struktur peternakan/flok, tingkat produksi kegunaan. Isi dari sistem informasi ini diuraikan
dan stres dikaitkan dengan lingkungan. dalam Kotak 69.
Keterkaitan dan pertukaran informasi antara
hierarki, sebaik halnya sumber informasi Saat ini, sumber informasi memiliki fasilitas-
eksternal dapat menambah nilai dari sistem fasilitas untuk penelusuran sederhana hanya
informasi. Data dasar pelengkap bisa merubah berdasarkan negara dan breed. Idealnya,
informasi melalui suatu sistem transfer data, atau fasilitas informasi tersebut memiliki banyak
dapat melayani sebagai “pintu gerbang” informasi penelitian sebagai telah tersedia, dan
terhadap lainnya melalui jalur elektronik via memungkinkan pengguna membuat penilaian
internet. Sebagai misal, data dasar SDGT yang akan menginformasikan nilai dari setiap
nasional dan subnasional dapat dihubungkan item informasi. Jika peneliti dan para pembuat
dengan data dasar geografi (iklim, tanah, air dan keputusan dapat memperoleh informasi yang
landskap). Keterkaitan fungsional antara diperlukan, fungsionalitas dari sistem informasi
perangkat data disini dapat membawa pada map yang ada perlu ditingkatkan, sehingga
penekanan resiko penyakit ternak, dan informasi memungkinkan ekstrasi dan ketersediaan
analisis dari berbagai kategori informasi dalam
dan antar sumber data. Jangkauan perolehan
343
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 69 sendiri. Isi informasi dan interface dapat diterjemahkan
Sistem informasi pada tingkat global kedalam beberapa bahasa lokal. Tampilan dari interface
dapat disesuaikan untuk mencerminkan selera lokal.
DAD-IS [http://www.fao.org/dad-is] Diluar struktur data inti, negara dan region lebih jauh
Sistem Informasi Keragaman Hewan Domestik (DAD-IS) mendefinisikan struktur-struktur data yang secara spesifik
yang dikembangkan oleh FAO adalah data dasar mencerminkan kebutuhan mereka. Kekhususan ini
multilingual dinamis pertama yang bisa diakses untuk mungkin tidak disinkronkan dengan sistem-sistem
SDGT. Ini dimulai sebagai suatu komunikasi kunci dan informasi pada taraf lebih tinggi. Polandia menetapkan
alat informasi dalam pelaksanaan Strategi Global untuk sistem informasi nasional pertama dibawah kerangka kerja
Manajemen SDGT, untuk membantu negara-negara dan yang baru ini (http://efabis.izoo.krakow.pl), dan
jaringan kerja negara pada program bersesuain mereka mendefiniskan struktur-struktur tambahan untuk
(FAO, 1999). Pada bagian informasi dan gambaran breed mengakomodir data dari ikan dan lebah yang
di tingkat negara, DAD-IS melibatkan kepustakaan dibudidayakan. Koordinator Nasional dapat memasuki
sebenarnya berisi sejumlah besar dokumen-dokumen informasi breed, gambar-gambar, publikasi-publikasi,
teknis dan kebijakan terpilih, melibatkan cara dan terhubung dengan Website eksternal, alamat kontak dan
tuntunan penelitian berhubungan dengan SDGT. Ini berita-berita dalam sistem.
menawarkan jaringan -Web terkait dengan sumber
informasi elektronik relevan. Ia juga memiliki fasilitas DAGRIS [http://dagris.ilri.cgiar.org/]
pertukaran pandangan dan permintaan informasi khusus, Informasi Sumberdaya genetik ternak Domestik (the
terhubung dengan sejumlah pemakai: petani, ilmuwan, Domestic Animal Genetic Resources Information /
peneliti, praktisi pengembangan dan pembuat kebijakan. DAGRIS) dikembangkan oleh Institut Penelitian Ternak
DAD-IS menampilkan ringkasan informasi di tingkat breed Internasional (Institute Livestock Research
nasional terhadap asal usul, populasi, status resiko, International/ILRI). Dimulai tahun 1999 sebagai cara
karakteristik khusus, morfologi dan performans breed, untuk menyatukan informasi yang tersedia dari
sebagai yang dilibatkan oleh negara-negara anggota sumberdaya genetik ternak dunia. Sebagai tambahan
FAO. Saat ini, data dasar berisi lebih dari 14 000 untuk mengisikan informasi, yang diperoleh dari sintesis
populasi breed nasional dari 35 spesies dan 181 negara. literatur mencakup asal usul, distribusi, karakteristik
Suatu gambaran kunci dari DAD-IS adalah ia melibatkan keragaman, penggunaan-penggunaan saat ini dan status
penyimpanan informasi keamanan negara dan alat dari breed-breed asli. Sistem Informasi Sumberdaya
komunikasi. Setiap negara memutuskan kapan dan data genetik ternak Domestik (DAGRIS) merupakan hal unik
breed apa yang dilepas melalui kontak personal dalam hal ini melibatkan referensi lengkap dan abstrak
negaranya atau Koordinator Nasional (the National dari literatur ilmiah baik yang dipublikasi atau tidak yang
Coordinator/NC) untuk manajemen SDGT. Lihat Tabel 97 menyinggung breed-breed dalam sistem. DAGRIS
dan 98 tentang ringkasan informasi tercatat, disimpan dan dirancang untuk mendukung penelitian, pelatihan,
didiseminasikan dalam data dasar breed-breed dunia kepedulian publik, pengembangan genetik dan konservasi.
yang diisikan dalam DAD-IS. Versi I dari data dasar dilepas di Web pada April 2003,
dan juga tersedia pada CD-ROM. Saat ini, data dasar
DAD-IS:3 dibangun berdasarkan software yang sama berisi lebih dari 19.200 catatan sifat-sifat, pada breed sapi
dan berfungsi sebagai EFABIS (Europen Farm Animal 154, domba 98, dan kambing di afrika 62, ditambah
Biodiversity Information System – http;//efabis- ekotipe/breed ayam 129 dan breed babi 129 dari Afrika
eaap.tzv.fal.de), dan dengan interface yang sama. dan beberapa negara Asia. Halaman informasi breed
Software dikembangkan oleh projek Kesatuan Eropa dalam DAGRIS mencakup satu rangkaian Web terhadap
(European Union) dalam upaya mengatasi masalah halaman dari breed bersesuaian dalam sistem DAD-IS
ketidaksesuaian antara EAAP-AGDB (suatu sistem Eropa FAO dan demikian sebaliknya.
lebih awal) dan DAD-IS. Sistem baru memungkinkan
penciptaan jaringan kerja dari sistem informasi yang (lanjut)
terdistribusi dengan sinkronisasi data secara automatis.
Negara-negara dan region-region dilibatkan dengan cara
menetapkan sistem informasi berdasarkan web mereka
344
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 69 lanjutan diprediksi dari sebaran dan kegunaan breed di
Sistem informasi pada tingkat global masa lalu dan sekarang (Gibson et al., 2007).
Lingkup DAGRIS sudah diperluas, sehingga pada masa Sistem informasi pada SDGT dikembangkan
mendatang, akan meliputi lebih banyak spesies (kalkun, dan diawasi sebagai milik masyarakat dunia, dan
angsa dan bebek) dan negara-negara di Asia (Ayalew et membatasi kemampuan untuk menarik invesmen
al., 2003). Prioritas langkah selanjutnya dari DAGRIS dari sektor swasta ataupun agen pendana besar.
adalah: Ini menjelaskan informasi sangat terbatas dari
yang tersedia pada sistem dibandingkan
1. pengembangan satu modul baru yang terhadap yang mungkin potensial dan
memungkinkan pengguna untuk membuka informasi kemungkinan perlu bagi mereka dalam upaya
penelitian relevan kedalam data dasar, sehingga mencapai tujuan yang dinyatakan. Ini dicapai
administratur data dasar dapat menangkap dan dengan FABISnet (suatu sistem informasi
menyatukan informasi untuk taraf breed yang tidak distribusi untuk SDGT) yang memungkinkan
tersedia; negara-negara membangun sistem informasi
berdasarkan Web nasional yang dapat menukar
2. pengembangan keterkaitan GIS dalam data dasar data inti pada tingkat lebih tinggi dari jaringan
yang memungkinkan georeferensi sebanyak kerja – sistem regional (seperti EFABIS) dan
mungkin informasi di tingkat breed; dan sistem global (DAD-IS).
3. pengembangan suatu template dari DAGRIS
sebagai suatu modul negara untuk membantu
negara-negara yang tertarik untuk lebih jauh
mengembangkan dan menyeragamkan data dasar.
Breed-breed ternak – Universitas Negara Bagian 4 Kesimpulan
Oklahoma [http://www.ansi.okstate.edu/breeds].
Departemen Ilmu Peternakan dari Universitas Negara Karakterisasi mencukupi dari SDGT adalah
Bagian Oklahoma, di AS, menangani sumber informasi
ini yang dikembangkan tahun 1995. Ia melibatkan uraian persyaratan untuk keberhasilan program
jelas dari breed-breed dalam batasan asal-usul,
distribusi, gambaran tipikal, manfaat, dan status populasi, manajemen dan pengambilan keputusan yang
melalui potografi/gambar dan referensi kunci untuk
informasi breed. Ia menghadirkan satu daftar breed- diinformasikan dalam pengembangan ternak
breed dari seluruh dunia, dengan pilihan-pilihan untuk
dipilah berdasarkan region. Sampai Januari 2006, data nasional. Alat-alat yang dikembangkan dalam
dasar menampilkan sejumlah 1.063 breed-breed
melibatkan domba 280, sapi 262, kuda 217, kambing wilayah karakterisasi sepatutnya membuka
100, babi 72, keledai 8, kerbau 8, unta 6, rusa kutub 4,
ilama 1, yak , ayam 64, bebek 10, kalkun 7, angsa 7, kemungkinan pendekatan strategis dan logis
burung unta dan breed angsa hitam 1. Data dasar juga
melibatkan keterkaitan informasi relevan dalam pustaka untuk mengidentifikasi, deskripsi dan
ternak sebenarnya. Tujuannya untuk memperluas
jangkauan sistem, dalam batasan jumlah breed-breed dokumentasi populasi-populasi breed.
serta informasi pendidikan dan ilmiah yang ada, melalui
kolaborasi dengan –orang-orang dan universitas- Ketertarikan pendekatan seperti ini timbul
universitas dari seluruh dunia. Dipersilahkan juga
penyelesaian informasi (ditulis material atau gambar) secara perlahan. Beberapa aspek karakterisasi
pada breed-breed yang tidak dilibatkan dalam daftar,
atau informasi tambahan dari yang sudah dihadirkan. semakin mendapat perhatian. Karakterisasi
molekular mendapatkan perhatian khusus.
Namun, masih diperlukan metoda-metoda dan
cara-cara untuk mengorganisasi aktivitas survei
dan monitor.
Suatu elemen penting yang hilang dalam
diskripsi breed dari beberapa negara/region,
data juga perlu diperluas sehingga informasi adalah definisi jelas dari breed-breed
breed dapat dihubungkan dengan pemetaan
sistem produksi dan lingkungan berdasarkan bersesuaian dalam memberikan identitas unik
sistem informasi geografi (Geographical
Information System / GIS). Ini akan mereka, dan deskripsi dari lingkungan produksi
memungkinkan sifat-sifat adaptasi yang sedikit
terdokumentasi seperti resistensi penyakit pada kondisi mana mereka beradaptasi.
Struktur dasar dari definisi lingkungan produksi
telah diusulkan, tetapi perlu dikaji dan
345
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
diimplementasikan. Sistem informasi terkait FAO. 1992. The management of global animal genetic
dengan keberadaan breed perlu lebih jauh resources. Proceedings of an Expert Consultation,
dikembangkan yang memungkinkan perolehan Rome, Italy, April 1992. Edited by J. Hodges. Animal
informasi, pengolahan, aksesibilitas dan Production and Health Paper No.104. Rome.
interkoneksi dengan mudah.
FAO. 1998. Report: Working group on production
Idealnya, alat dan metoda untuk membuat environment descriptors for farm animal genetic
keputusan pada manajemen SDGT, sebaik resources. Report of a Working Group, held in
halnya cara peringatan dini dan respon, Armidale, Australia, 19 – 21 January 1998. Rome.
sepatutnya berdasarkan pada informasi
menyeluruh yang diperoleh menggunakan FAO. 2005. Genetic characterization of livestock
metode seperti yang diuraikan di atas. populations and its use in conservation decision
Bagaimanapun, dinyatakan bahwa aksi segera making, by O. Hannotte & H. Jianlin. In J. Ruane &
diperlukan, terdapat keperluan bagi cara dan A. Sonnino, eds. The role of biotechnology in
metoda yang membuat penggunaan efektif dari exploring and protecting agricultural genetic
informasi yang lengkap. resources, pp. 89–96. Rome. (also available at
www.fao.org/docrep/009/ a0399e/a0399e00.htm).
Daftar Pustaka
FAO. 2006. A system of integrated agricultural
Ayalew, W., Rege, J.E.O., Getahun, E., Tibbo, M. & censuses and surveys, volume 1, World Programme
Mamo, Y. 2003. Delivering systematic information on for the Census of Agriculture 2010. Statistical
indigenous animal genetic resources – the Development Series No. 11. (also available at
development and prospects of DAGRIS. In www.fao.org/es/ess/census/default.asp).
Proceedings of the Deutscher Tropentag 2003,
Technological and Institutional Innovations for FAO/UNEP. 1998. Primary guidelines for development
Sustainable Rural Development, held 8–10 October of national farm animal genetic resources
2003. Göttingen, Germany. (also available at management plans. Rome.
www.tropentag.de/2003/abstracts/full/28.pdf).
FAO/UNEP. 2000. World watch list for domestic animal
Ayalew, W., van Dorland, A. & Rowlands, J. 2004. diversity, 3rd edition. Edited by B.D. Scherf. Rome.
Design, execution and analysis of the livestock
breed survey in Oromia Regional State, Ethiopia. Gibson, J.P., Ayalew, W. & Hanotte, O. 2007.
Addis Ababa and Nairobi. OADB (Oromia Measures of diversity as inputs for decisions in
Agricultural Development Bureau) and ILRI conservation of livestock genetic resources. In D.I.
(International Livestock Research Institute). Jarvis, C. Padoch & D. Cooper, eds. Managing
biodiversity in agroecosystems. New York, USA.
DAGRIS. 2004. Domestic Animal Genetic Resources Columbia University Press.
Information System (DAGRIS). J.E.O. Rege, W.
Ayalew & E. Getahun, eds. Addis Ababa. Oklahoma State University. 2005. Breeds of livestock.
International Livestock Research Institute. Stillwater, Oklahoma, USA. Department of Animal
Science, Oklahoma State University. (available at
FAO. 1984. Animal genetic resource conservation by http://www.ansi.okstate.edu/breeds/).
management, databanks and training. Animal
Production and Health Paper No. 44/1. Rome. Rege, J.E.O. 1992. Background to ILCA’s animal
genetic resources characterization project,
FAO. 1986a. Animal genetic resources data banks - objectives and agenda for the research planning
1.Computer systems study for regional data banks. workshop. In J.E.O. Rege & M.E. Lipner, eds.
Animal Production and Health Paper No. 59, Volume Animal genetic resources: their characterization,
1. Rome. conservation and utilization. Research planning
workshop, ILCA, Addis Ababa, Ethiopia, 19-21
FAO. 1986b. Animal genetic resources data banks - 2. February, 1992, pp. 55–59. Addis Ababa.
Descriptor lists for cattle, buffalo, pigs, sheep and International Livestock Centre for Africa.
goats. Animal Production and Health Paper No. 59,
Volume 2. Rome. Rowlands, J., Nagda, S., Rege, E., Mhlanga, F.,
Dzama, K., Gandiya, F., Hamudikwanda, H.,
FAO. 1986c. Animal genetic resources data banks - Makuza, S., Moyo, S., Matika, O., Nangomasha, E.
3.Descriptor lists for poultry. Animal Production and & Sikosana, J. 2003. The design, execution and
Health Paper No. 59, Volume 3. Rome. analysis of livestock breed surveys - a case study in
Zimbabwe. A report to FAO. Nairobi. International
Livestock Research Institute.
346
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Bab C
Marka Molekular – Sebagai Alat
Eksplorasi Keragaman Genetik
1 Pendahuluan Variasi genetik merupakan hal mendasar, dan
setiap individu dari suatu spesies, pengecualian
Marka DNA berguna baik untuk penelitian dasar kembar monozigotik, memiliki suatu rangkaian
(misal analisis filogenetik dan mencari gen-gen unik DNA. Variasi pada DNA merupakan mutasi
bermanfaat) dan penelitian terapan (misal marka sebagai hasil substitusi nukleotide tunggal
pembantu seleksi, uji paternitas dan food (single nucleotide polymorphisms – SNPs),
traceability). Bagian ini memfokuskan aplikasi insersi atau dilesi dari berbagai panjang
molekular genetik untuk karakterisasi keragaman potongan DNA (dari satu hingga beribu
SDGT, dan dalam mencari varian fungsional dari nukleotide), atau duplikasi atau inversi dari
gen-gen relevan. Penting untuk dicatat bahwa potongan-potongan DNA. Variasi DNA
RNA dan protein juga mengandung informasi diklasifikasikan sebagai “neutral” jika tidak
kunci, sehingga diperlukan studi secara berakibat pada perubahan sifat metabolis dan
bersamaan; peran RNA dan protein dalam penotifik, sehingga tidak terkena seleksi positif,
mencari varian fungsional juga dieksplorasi negatif atau berimbang; jika terjadi kondisi
dibawah ini.
Keragaman antara organisme adalah hasil dari
pengaruh variasi rantai DNA dan lingkungan.
Kotak 70 rantai dari kompleks protein). Molekul mRNA dibaca dan
DNA, RNA dan protein diterjemahkan menjadi tiga nukleotide (satu kodon) pada
satu waktu. Komplementari antara kodon mRNA dan
DNA (deoxyribonucleic acid) disusun pada kromosom anti-kodon dari molekul RNA transfer (transfer
secara berpasangan, masing-masing diwariskan dari RNA/tRNA) yang membawa asam amino bersesuaian
setiap orangtua. Tiap gen dalam setiap individu, oleh kedalam ribosom menjamin polipeptide baru yang
karenanya, memiliki dua kopi, disebut alel, satu pada terbentuk berisi sekuens spesifik asam amino yang
setiap kromosom pasangannya. Pada mamalia, gen diperlukan.
tersebar sepanjang kromosom, dipisahkan oleh susunan
DNA panjang berulang. Gen-gen dibentuk oleh sekuens Telah ditemukan tidak semua gen diterjemahkan
pengkode (exon-exon) yang dipisahkan oleh intron-intron kedalam protein, beberapa mengekspresikan fungsinya
Bagian intron tidak membawa informasi pengkode sebagai molekul RNA seperti rRNA dan tRNA dalam
protein, tetapi sering berperan pada regulasi dari ekspresi proses editing mRNA dan dalam regulasi ekspresi gen
gen. Instruksi yang dikodekan oleh gen dibawa kepada (Storz et al., 2005; Aravin dan Tuschl, 2005; Wienholds
aksi melalui dua proses. Pertama, transkripsi informasi dan Plasterk 2005). Lebih jauh, RNA wilayah non kode
genetik kepada tipe lain dari asam nukleotide, dan RNA memegang peran kunci pada berbagai proses regulator
(ribonucleic acid). Baik exon dan intron diterjemahkan (Bertone et al., 2004; Clop et al., 2006). Oleh karenanya,
kedalam molekul RNA pembawa pesan pertama (a tersedia tiga tipe molekul untuk pemeriksaan karakteristik
primary messenger RNA/mRNA). Molekul ini kemudian genetik pada tingkat selular, jaringan (tissu) dan
diedit, proses yang melibatkan pemindahan intron, organisme; DNA yang berisi instruksi terkode; RNA yang
penggabungan exon secara bersama, dan penambahan mentransfer instruksi pada sel ”pabrik”; dan protein-
ciri-ciri unik pada setiap ujung mRNA. Satu molekul protein yang dibangun sesuai dengan instruksi, dan
mRNA dewasa, oleh karenanya, diciptakan, dan dikirim membuat berfungsinya sel dan organisma.
pada ribosom berlokasi dalam sitoplasma sel. Ribosom
dibuat dari ribosomal RNA (rRNA) dan protein, dan
melibatkan bagian proses kedua – translasi dari informasi
genetik, sebelumnya dikopi terhadap mRNA, kedalam
polipeptida (keseluruhan protein atau suatu
347
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 71 Kotak 72
Disiplin ilmu baru “-omics” Perkembangan biologi molekuler saat ini
Genomik memetakan gen-gen dan variasi genetik
antara individu atau grup. Genomik melibatkan Saat ini perkembangan revolusioner dari penelitian
wawasan translasi informasi genetik kepada fungsi biologi molekuler yang relevan dengan pemuliaan ternak
metabolik dan sifat-sifat fenotipik. Genomik membuka dan konservasi keanekaragaman genetik melibatkan:
selubung proses biologis dan interaksi-interaksinya
dengan faktor lingkungan. Genomik melibatkan 1. pengembangan keseluruhan rangkaian genome dari
kombinasi seperangkat teknologi tinggi, seperti spesies-spesies ternak terpenting;
proteomik dan metabolomik, denga teknik-teknik 2. pengembangan teknologi untuk mengukur
bioinformatik yang memungkinkan pengolahan, analisis polimorfisme lokus yang disebarkan pada seluruh
dan integrasi data dalam jumlah besar. genome (misal metode untuk mendeteksi SNPs); dan
3. pengembangan teknologi microarray untuk mengukur
sebaliknya, dinyatakan sebagai ”fungsional”. transkripsi gen pada skala besar.
Mutasi pada nukelotida kunci dari rantai Informasi yang diperoleh melalui sekuensing
pengkode dapat merubah komposisi asam keseluruhan genome (diperoleh pada ayam dan hampir
amino suatu protein, dan membawa kepada lengkap pada babi dan sapi), diintegrasikan dengan
varian dengan fungsi baru. Varian tersebut dapat teknologi SNP, akan mempercepat pencarian gen-gen.
meningkatkan atau menurunkan efisiensi Pemetaan lokus sifat kuantitatif (quantitative trait loci
metabolisme dibandingkan “tipe liar” asal, bisa /QTL) untuk identifikasi wilayah kromosom yang
menghilangkan fungsionalitasnya secara mempengaruhi sifat target, kehadiran gen kandidat
sempurna, atau bahkan memperoleh suatu yang dilokasikan dalam region yang sama, dan
fungsi baru. Mutasi dalam wilayah regulasi bisa pemeriksaan pola-pola ekspresi mereka (misal dengan
berpengaruh pada taraf dan pola ekspresi gen; analisis microarray dan proteomik) dan fungsi-fungsinya
sebagai contoh, mengarahkan gen on/off atau pada spesies, akan secara bersama berguna untuk
kurang/lebih mengekspresikan protein pada identifikasi gen-gen kunci dan membuka seluk beluk
jaringan spesifik untuk berbagai tahap kompleksitas regulasi fisiologis dari sifat-sifat target.
pengembangan atau fisiologis berbeda. _______
Meskipun analisis tipe tunggal dari biomolekul Untuk diskusi lebih lanjut perkembangan bagian ini, lihat diskusi di
secara ekstrem teruji berguna dalam memahami bawah
fenomena biologis, pemeriksaan DNA, RNA dan
protein dalam skala besar secara bersamaan taraf kompleksitas lebih tinggi, sistem biologi
membuka perspektif baru dalam interpretasi dan (Hood et al., 2004; Kotak 71).
pemodelan kompleksitas organisme hidup. Telah
menjadi kenyataan munculnya displin ilmu-ilmu Pemeriksaan kompleksitas biologi adalah garis
baru dengan akhiran “–omics”. Dalam lingkup ini, depan baru yang memerlukan teknologi
terdapat perkembangan persiapan, identifikasi molekuler tinggi, kecepatan komputer dan
dan sekuensing DNA, RNA dan protein, dan memori tinggi, pendekatan-pendekatan baru
dalam penyimpanan dan analisis data pada pada analisis data, dan integrasi keahlian secara
skala besar, yang membawa pada suatu revolusi interdisiplin (Kotak 72).
dari pemahaman kita Muncul suatu globalitas,
pandangan terintegrasi dari keseluruhan 2 Peran teknologi molekular pada
perangkat molekul biologis yang dilibatkan dalam karakterisasi
proses biologi yang kompleks. Struktur dari
genomic transcriptomics dan proteomics diikuti Informasi dari keanekaragaman genetik adalah
dengan metabolomics, dan interactomics esensial dalam mengoptimasi baik strategi
diantara yang lainnya, dan masih pada suatu konservasi dan utilisasi dari SDGT.
Sebagaimana sumberdaya konservasi terbatas,
seringkali diperlukan prioritasi. Alat-alat
molekular baru menawarkan janji yang
memungkinkan identifikasi gen-gen yang terlibat
dalam sejumlah sifat, melibatkan sifat-sifat
348
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
adaptif, dan polimorfisme yang menyebabkan Pendekatan-pendekatan tradisional untuk
variasi genetik fungsional (QTN– Quantitative mendapatkan estimati riil dari Ne untuk bibit
Trait Nucleotides). Bagaimanapun, kita tidak didasarkan pada data silsilah atau sensus. Data
memiliki cukup pengetahuan untuk yang perlu pada variabilitas keberhasilan
memprioritaskan pilihan-pilihan konservasi atas reproduksi dan interval generasi seringkali tidak
dasar keragaman molekuler fungsional, dan tersedia secara riil pada populasi-populasi di
pilihan-pilihan alternatif masih diperlukan. negara berkembang. Pendekatan molekular
Karakterisasi fenotipik menghadirkan estimasi bisa, oleh karenanya, memberikan alternatif
kasar dari rataan varian-varian fungsional dari menjanjikan (lihat subbab 3.2. untuk rincian lebih
gen-gen yang dibawa oleh indivdu atau populasi jauh).
tertentu. Bagaimanapun, sebagian besar
fenotipe dari mayoritas spesies ternak tidak Peran ketiga. Suatu prioritas puncak dalam
dicatat. menajemen SDGT adalah konservasi breed-
breed yang memiliki sifat-sifat unik. Diantara hal
Peran pertama. Pada ketiadaan fenotipe riil ini, kemampuan untuk hidup dan berproduksi
dan data QTN, atau untuk melengkapi data yang dalam kondisi yang ada, dan untuk bertahan
ada, ukuran yang paling cepat dan dengan terhadap penyakit infeksius menjadi kepentingan
penggunaan biaya efektip untuk keragaman besar, khususnya untuk negara-negara
genetik diperoleh dari pengujian polimorfisme berkembang. Sifat-sifat kompleks, seperti
menggunakan marka genetik molekular yang adaptasi dan ketahanan penyakit, tidak bisa
tidak diketahui. Marka-marka tidak diketahui dilihat atau mudah diukur. Mereka dapat
nampaknya untuk melibatkan tidak langsung diperiksa dalam percobaan-percobaan dimana
gen-gen fungsional pada sifat-sifat penting, hewan diberi perlakuan dengan kondisi
dengan mengasumsikan bahwa populasi unik lingkungan spesifik atau diinfeksi dengan agen
yang memiliki sejarah evolutioner tertentu pada bersesuaian. Bagaimanapun, percobaan-
marka neutral (misal karena isolasi tetua atau percobaan seperti itu adalah sulit dan mahal
domestikasi bebas) nampaknya membawa untuk dilaksanakan, dan perlu
varian-varian unik dari variasi fungsional. Teknik- mempertimbangkan kesejahteraan hewan. Ini
teknik molekular juga terbukti berguna dalam menjadi alasan mengapa para peneliti menjadi
pemeriksaan asal dan domestikasi spesies sangat tertarik untuk mengidentifikasi gen-gen
ternak, dan selanjutnya berimigrasi, sebaik yang mengkontrol sifat-sifat kompleks. Gen-gen
halnya melibatkan informasi dari hubungan seperti itu dapat dilihat dari sejumlah
evolusi (pohon filogenetik), dan identifikasi area pendekatan-pendekatan berbeda. Alat-alat yang
geografis dari campuran antarpopulasi dari asal dikembangkan untuk variasi fungsional target
genetik berbeda. Subbab 3.1 menghadirkan diuraikan dalam Subbab 3.3.
garis besar teknik-teknik molekular untuk
pengkajian keragaman genetik dalam dan antara 3 Tinjauan teknik-teknik molekular
breed.
Bagian ini menguraikan teknik-teknik molekular
Peran kedua. Ukuran populasi efektip (Ne) yang paling penting saat ini yang digunakan dan
adalah suatu index yang mengestimasi jumlah dikembangkan untuk kajian keragaman genetik,
efektip hewan dalam suatu populasi yang dan untuk mentargetkan variasi fungsional.
bereproduksi dan menyumbang gen-gen untuk Kotak 73 menguraikan bagaimana DNA dan
generasi selanjutnya. Ne terkait erat dengan RNA diekstraksi dari materi biologis dan
tingkat inbreeding dan hanyutan genetik dalam disiapkan untuk analisis. Perlengkapan-
suatu populasi, dan oleh karenanya menjadi perlengkapan dari marka molekular yang umum
suatu indikator kritis untuk pengkajian derajat
keberbahayaan populasi (lihat bab A dan F).
349
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
digunakan diuraikan dalam Kotak 74, dan indeks fiksasi. Beberapa estimator dihitung untuk
sampling (aspek yang sangat penting dari studi nilai FST antara pasangan populasi (Weir dan
molekular) didiskusikan dalam Kotak 75. Cockerham, 1984) untuk menguji hipotesis nol
dari kekurangan diferensiasi genetik antara
Polimorfisme protein adalah marka pertama populasi dan, oleh karenanya, pembagian dari
yang digunakan untuk studi genetik pada ternak. keragaman genetik (misal Mburu et al., 2003).
Bagaimanapun, jumlah lokus polimorfik yang Analisis hirarki dari varian molekular (analisis of
dapat diuji, dan tingkat polimorfisme yang
diamati pada lokus seringkali rendah, yang Kotak 73
sangat membatasi aplikasinya dalam studi Ekstraksi dan multiplikasi DNA dan RNA
keragaman genetik. Dengan pengembangan
teknologi-teknologi baru, polimorfisme DNA Langkah pertama pada analisis DNA, RNA dan protein
mejadi marka pilihan untuk variasi genetik adalah ekstraksi dan purifikasi dari spesimen biologis.
berdasarkan survei-survei molekular (Kotak 74). Beberapa protokol dan kit komersial tersedia. Strategi
yang diterapkan tergantung pada sumber material dan
3.1 Teknik penggunaan marka DNA untuk molekul target. Sebagai contoh, ekstraksi DNA dari
mengkaji keragaman genetik seluruh darah (whole blood) atau darah putih relatif
mudah, sedangkan ekstraksi dari makanan olahan lebih
Marka DNA inti sulit. Ekstaksi RNA dari jaringan pankreas sulit karena
Sejumlah marka saat ini tersedia untuk degradasi post-mortem yang sangat cepat dari organ ini.
mendeteksi polimorfisme dalam DNA inti. Dalam Pemurnian DNA, RNA dan protein merupakan faktor
studi keragaman genetik, marka-marka yang kunci yang terlupakan dalam mendapatkan hasil riil.
paling sering digunakan adalah mikrosatelit.
Setelah isolasi DNA (atau RNA) dari sel, langkah
Mikrosatelit selanjutnya mendapatkan ribuan atau miliaran kopi dari
Saat ini, mikrosatelit (Kotak 74) adalah marka gen tertentu atau potongan DNA. Multiplikasi fragmen
paling populer dalam studi karakterisasi genetik DNA dapat ditugaskan pada mikroorganisme, secara
ternak (Sunnucks, 2001). Mikrosatelit memiliki tipikal E. coli, atau dengan cara in vitro menggunakan
laju mutasi yang tinggi dan kodominan alami reaksi rantai polymere (polymerase chain reaction/PCR).
memungkinkan estimasi keragaman genetik Teknik ini, dimana penemunya memperoleh
dalam dan antara breed, dan campuran genetik Penghargaan Nobel, Cary Mullis, mengamplifikasi secara
antara breed-breed bahkan meskipun mereka eksponensial beberapa segmen DNA dari sekuens yang
berkerabat sangat dekat. diketahui. Komponen kunci dari reaksi PCR adalah
polimerase DNA diisolasi dari Thermus aquaticus, suatu
Terdapat beberapa kontraversi dalam mikro-organisme yang diadaptasikan untuk hidup dan
pemilihan model mutasi – alel tak terbatas atau bermultiplikasi pada temperatur sangat tinggi.
model mutasi stepwise (Goldstein et al, 1995) – Thermostable Taq- polymerase ini (setelah Thermus
untuk analisis data mikrosatelit. Bagaimanapun, aquaticus) memungkinkan realokasi rantai dalam siklus
studi simulasi menunjukan model mutasi alel tak dan memproduksi pertumbuhan geometrik dari jumlah
terbatas umumnya valid untuk pengkajian kopi DNA target. Satu siklus PCR melibatkan tiga step: i)
keragaman dalam spesies (Takezaki and Nei, denaturasi DNA pada suhu 900–950C sehingga memisah
1996). DNA menjadi dua benang untuk berfungsi sebagai suatu
tempelan; ii) annealing satu pasang benang tunggal
Jumlah rataan alel (the mean number of pendek dari komplementari oligonucleotide (primer)
alleles/MNA) per populasi, dan heterozigositas terhadap wilayah target yang membingkai fragmen yang
teramati dan harapan (Ho and He), adalah diinginkan, pada 450–650C; iii) ektensi atau pemanjangan
parameter yang sangat umum pada pengkajian benang-benang DNA sintesis baru yang disebabkan
keragaman dalam breed. Parameter-parameter primer dan difasilitasi oleh Taq-polymerase, pada 720C.
paling sederhana untuk pengkajian keragaman Siklus ini dapat diulang, secara normal 25 sampai 45 kali,
antara breed adalah diferensisasi genetik atau sehingga amplifikasi memungkinkan menghasilkan cukup
amplikon (suatu fragmen dari gen atau DNA disintesis
menggunakan PCR) yang terdeteksi.
350
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 74 memungkinkan perkembangan metode-metode murah
Marka DNA yang umum dipakai untuk assay dari SNP. FAO mempublikasi seperangkat
lokus mikrosatelit yang direkomendasikan untuk
Polimorfisme panjang fragmen terbatas (Restriction digunakan pada studi keragaman bagi spesies ternak
fragment length polymorphisms /RFLPs) diidentifikasi besar sebagai dikembangkan Grup Advisory the ISAG–
mengunakan enzim yang memotong DNA hanya pada FAO untuk Keragaman Genetik Hewan (lihat pustaka
sisi potong yang sesuai (misal EcoRI memotong pada sisi DAD-IS http://www.fao.org/dad-is/).
yang terdefinisi oleh palindrome sequence GAATTC).
Pada saat ini, pemakaian paling sering dari RFLP Minisatelit memiliki karakteristik sama dengan
diturunkan dari pemakaian PCR (PCR–RFLP), untuk mikrosatelit, tetapi perulangannya mulai dari sepuluh
mendeteksi alel berbeda dalam sekuens pada satu sisi sampai beberapa ratus panjang pasang basa. Mikro dan
restriksi tertentu. Satu potongan gen pertama minisatelit diketahui juga sebagai polimorfisme VNTRs
diamplifikasi dengan PCR, kemudian diekspose terhadap (Variable Number of Tandem Repeats).
satu enzim restriksi spesifik yang memotong hanya satu
bentuk alelik. Amplikon yang dipotong umumnya Polimorfisme panjang fragmen teramplifikasi (Amplified
diselesaikan dengan elekthrophoresis. fragment length polymorphisms/AFLPs) adalah teknik
cetak jari DNA yang mendeteksi fragmen restriksi DNA
Mikrosatelit atau Perulangan Sekuen Sederhana dengan cara amplifikasi PCR.
(Simple Sequence Repeats / SSR) terdiri dari satu untai
DNA dengan beberapa panjang nukleotide – 2 sampai 6 STS (Sequence Tagged Site) adalah sekuens DNA
pasang basa (pb) – diulang beberapa kali secara acak yang terjadi hanya dalam satu genom, pada suatu posisi
(misal CACACACACACACACA). Mereka tersebar dalam yang diketahui. Mereka tidak perlu polimorfik dan
suatu genome ukariotik. Mikrosatelit relatif berukuran digunakan untuk membangun map fisik.
kecil dan dapat, oleh karenanya, secara mudah
diamplifikasi menggunakan PCR dari DNA yang SNPs adalah variasi pada nukleotide-nukleotide
diekstraksi dari berbagai variasi sumber seperti darah, tunggal yang tidak merubah panjang keseluruhan dari
rambut, kulit bahkan feses. Polimorfisme dapat sekuens DNA dalam region. Mereka tersedia sangat
divisualiasikan pada suatu gen pensekuens, dan banyak dan dihadirkan pada satu SNP dalam setiap 1000
ketersediaan sekuens DNA automatik memungkinkan pb dalam genome manusia (Sachinandam et al., 2001).
analisis sejumlah besar sampel (Goldstein and Kebanyakan SNPs dilokasikan pada region bukan
SchlÖterer, 1999; Jarne dan Lagoda, 1996). Mikrosatelit pengkode, dan tidak berpengaruh langsung pada fenotipe
sangat variatif, yang sering memperlihatkan sepuluh alel individu. Bagaimanapun, beberapa mengenalkan mutasi
atau lokus berbeda dalam jumlah perulangan dari yang dalam sekuens atau region yang mempengaruhi ekspresi
lainnya. Mikrosatelit masih merupakan marka pilihan gen (promoter, enhancer), dan bisa menyebabkan
untuk studi keragaman sebagai halnya untuk analisis perubahan-perubahan pada struktur atau regulasi protein.
tetua dan pemetaan lokus sifat kuantitatif (Quantitative SNP ini memiliki potensi untuk mendeteksi variasi genetik
Trait Loci / QTL). Meskipun di masa mendatang fungsional.
molecular variance/AMOVA) (Excoffier et al., diferensiasi genetik, sebagaimana sering
1992) dapat dilakukan dalam mengkaji distribusi menjadi kasus dalam breed ternak, khususnya di
keragaman dalam dan antara grup dari breed- negara berkembang, maka direkomendasikan
breed. jarak Cavalli-Sforza termodifikasi (the modified
Cavalli-Sforza distance/DA) (Nei et al., 1983).
Data mikrosatelit secara umum juga dipakai Hubungan genetik antara breed sering
untuk mengkaji hubungan genetik antara divisualisasikan melalui rekonstruksi suatu
populasi dan antara individu melalui estimasi filogeni, sangat sering menggunakan metode
jarak genetik (misal Beja-Pereira et al., 2003; penggabungan tetangga (the neighbourjoining
Ibeagha-Awemu et al., 2004; Joshi et al., 2004; (N-J) method) (Saitou dan Nei, 1987).
Sodhi et al., 2005; Tapio et al., 2005). Ukuran Bagaimanapun, kekurangan besar dari
paling umum dari jarak genetik adalah jarak rekontruksi pohon filogenetik adalah evolusi
genetik standar Nei (genetic distance/DS) (Nei, diasumsikan untuk non-reticular, misal garis
1972). Bagaimanapun untuk populasi yang silsilah bisa berbeda, tetapi tidak pernah menjadi
berkerabat dekat, dimana hanyutan genetik persilangan antara silsilah. Asumsi ini jarang
(genetik drif) adalah faktor utama dari
351
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 75 adalah studi untuk region yang luas dari sapi
Sampel material genetik Afrika (Hanotte et al., 2002), yang membuktikan
tanda-tanda genetik asal usul, perpindahan
Koleksi sampel adalah langkah pertama dan terpenting kedua, dan diferensiasi pasterolism dari sapi
dalam beberapa studi keragaman. Idealnya, sampel Afrika.
sepatutnya tidak saling berhubungan dan mewakili
populasi yang diperiksa. Umumnya, pengambilan Data genetika molekular, dalam hubungannya
sampel yang dipilih dari 30-50 individu per breed dengan, dan dilengkapi oleh, sumber-sumber
dipertimbangkan mencukupi untuk memperoleh kunci lain seperti bukti-bukti arkeologi dan catatan-
pertama bagi perbedaan keragaman breed dan catatan tertulis, memberikan informasi berguna
keragaman dalam breed, jika diuji jumlah mencukupi pada asal usul dan perpindahan selanjutnya dan
marka independen (misal 20-30 mikrosatelit; Nei dan perkembangan dari keragaman genetik dari
Roychoudhury, 1974; Nei, 1978). Bagaimanapun jumlah spesies-spesies ternak. Pemetaan asal usul dari
aktual yang diperlukan bisa bervariasi pada kasus per keragaman genetik saat ini secara potensial
kasus, dan bahkan bisa lebih rendah pada kasus memungkinkan untuk pembuatan tentang
populasi lokal dengan kondisi inbred tinggi, dan lebih dimana variasi genetik fungsional bisa ditemukan
tinggi pada suatu populasi yang menyebar luas yang dalam suatu spesies hanya berdasarkan pada
dibagi kedalam ekotipe berbeda. data terbatas dari variasi fenotipe yang ada.
Pemilihan sampel yang tidak cukup berhubungan Analisis gabungan dari data mikrosatelit yang
secara langsung pada breed yang terdefinisi dengan diperoleh dari studi terpisah sangat diharapkan,
baik, bisa berdasarkan pada buku peternakan atau tetapi kemungkinan jarang terjadi. Hal ini
catatan silsilah. Sebaliknya, akan menjadi lebih sulit dikarenakan kebanyakan studi genetika populasi
pada suatu populasi semi-feral dimana tidak didapatkan menggunakan marka DNA yang dibatasi oleh
catatan tertulis. Dalam kasus ini, penggunaan kriteria jumlah kecil dari breed, bahkan berasal dari
geografi sangat direkomendasikan, misal untuk hanya satu negara (Baumung et al., 2004).
mengkoleksi satu atau beberapa hewan (yang tidak Sering, digunakan sub perangkat marka berbeda
berhubungan) hewan per flok dari sejumlah flok yang dengan yang direkomendasikan FAO, dan tidak
menyebar pada suatu area geografi yang luas. Catatan ada contoh standar yang digenotipe sepanjang
koordinat geografi, dokumentasi foto sisi sampel, hewan projek yang dikerjakan. Aplikasi sistem
dan flok sangatlah bernilai – untuk mengecek pekawinan genoptyping mikrosatelit berbeda antara studi
silang (cross-breeding) dalam hal pencilan yang tidak bisa menghasilkan perbedaan variasi pada
diharapkan, atau untuk identifikasi pola geografi menarik ukuran estimasi alel dari lokus sama. Untuk
dari keragaman genetik. Seperangkat sampel yang mempromosikan penggunaan marka-marka
dipilih dengan baik adalah sumber bernilai dalam periode umum, FAO saat ini mengusulkan suatu daftar
lama, yang bisa dipakai untuk memberikan hasil terperingkat dan terbarukan dari lokus
bermakna sekalipun menggunakan teknologi rendah. mikrosatelit pada spesies ternak besar³.
Sebaliknya, sampel berbias akan menghasilkan hasil Rekomendasi-rekomendasi FAO menggunakan
yang distorsi atau sulit dipahami bahkan dalam aplikasi marka dalam urutan peringkat, untuk
alat molekular yang paling canggih. memaksimasi jumlah marka tumpang tindih
antara pemeriksa-pemeriksa bebas. Untuk
dipakai untuk ternak, dimana breed-breed baru beberapa spesies, DNA standar dari hewan-
sering berasal dari perkawinan silang antara dua hewan tersedia. Sebagai misal, aliquots dari
atau lebih breed tetua. Visualisasi dari evolusi standar DNA domba dan kambing yang
breed-breed yang dilibatkan dalam rekonstruksi
filogenetik, oleh karenanya, perlu 3 Daftar dan pedoman dapat ditemukan di perpustakaan DAD-IS di
diintepretasikan berhati-hati. http://www.fao.org/dad-is.
Analisis multivariat, dan lebih dari itu
belakangan ini pendekatan kluster Bayesian,
telah diusulkan untuk analisis campuran dari
data mikrosatelit dari populasi-populasi berbeda
(Pritchard et al., 2000). Mungkin studi paling
komprehensif dari tipe ini dalam peternakan
352
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
digunakan oleh the European Union (EU) yang diperoleh dari satu panel standar dari lokus
Econogene project telah disebarkan pada projek 30 mikrosatelit. Bagaimanapun, perubahan
berskala besar lain di Asia dan Afrika, dan dapat menerus pada teknologi molekular meningkatkan
dipesan melalui the Econogene Website automasi dan penurunan biaya dari pentipean
(http://www.econogene.eu). SNP. Hal ini agaknya, dalam waktu dekat ini,
memungkinkan analisis paralel dalam jumlah
Terdapat hanya beberapa contoh dari analisis besar marka-marka dengan biaya murah.
berskala besar pada keragaman genetik Dengan perspektif ini, sedang berjalan projek-
spesies-spesies ternak. Hillel et al., (2003) dan projek dalam skala besar pada beberapa spesies
SanCristobal et al., (2006a) memeriksa, masing- ternak untuk mengidentifikasi jutaan (misal Wong
masing, keragaman ayam dan babi sepanjang et al., 2004) dan validasi beberapa ribu SNP,
Eropa; Hanotte et al., (2002) memperoleh data dan identifikasi blok haplotipe dalam genome.
sapi pada skala hampir seluruh wilayah Afrika; Seperti halnya informasi sekuens, SNP
Tapio et al., (2005) mengkaji keragaman domba memungkinkan pembandingan langsung dan
pada suatu skala regional yang besar di negara- penggabungan analisis dari eksperimen-
negara Eropa Utara; dan Cañon et al., (2006) eskperimen berbeda.
mempelajari keragaman kambing di Eropa dan
Timur jauh dan Timur Tengah. Bagaimanapun, SNP nampaknya menjadi marka yang muncul
pada banyak spesies, kajian komprehensif masih untuk mengaplikasikan studi keragaman genetik
kurang. Koordinasi erat yang sedang berjalan ke depan karena mudah digunakan dalam
antara projek dengan skala besar menjanjikan mengkaji baik variasi fungsional atau neutral.
penyampaian estimasi keragaman genetik dunia Bagaimanapun, tahap awal dari penemuan SNP
dalam waktu dekat di masa mendatang untuk atau seleksi SNP dari data dasar menjadi hal
beberapa spesies seperti domba dan kambing. kritis. SNP dapat diturunkan melalui berbagai
Dimasa mendatang, metode-metode baru untuk protokol percobaan, seperti sekuensing,
analisis data terus dikembangkan yang polimorfisme konformasional benang tunggal
memungkinkan meta-analisis dari perangkat (single-stranded conformational polymorphism /
data yang hanya mempunyai beberapa breed SSCP) atau denaturasi high-performance liquid
dan tidak, atau hanya beberapa, marka bersama chromatography (DHPLC), atau in silico,
(Freeman et al., 2006). Perspektif global pada penandaan dan pembandingan sekuens ganda
keragaman ternak ini akan secara ekstrim dari region yang sama dari genome publik dan
bernilai untuk merekonstruksi asal usul dan data dasar sekeuns terekspresi (expressed
sejarah populasi hewan domestik dan, secara sequence/EST). Ketika data tidak bisa
tidak langsung, dari populasi manusia. Ia juga didapatkan secara acak, estimator standar dari
memungkinkan untuk menandai hotspot lokal parameter genetik populasi tidak bisa
dan regional dari keragaman genetik yang bisa diaplikasikan. Satu contoh sering adalah ketika
ditargetkan dengan upaya-upaya konservasi. SNP awalnya diidentifikasi dari satu sampel kecil
(panel) dari individu-ndividu kemudian dityping
SNPs dalam satu sampel besar dari kromosom.
SNPs (Kotak 74) digunakan sebagai satu Dengan pengambilan sampling secara disukai
alternatif mikrosatelit dalam studi keragaman dari SNP pada frekuensi intermediate, protokol
genetik. Beberapa teknologi tersedia untuk seperti ini akan membiaskan distribusi frekuensi
mendeteksi dan mentipe marka SNP (lihat alelik jika dibandingkan terhadap harapan pada
Syvänen, 2001, untuk kajian lebih jauh). Untuk satu sampel acak. SNP untuk analisis genetik
menjadi marka bialelik, SNP memiliki isi populasi dalam masa mendatang memang
informasi rendah, dan jumlah besar perlu menjanjikan, bagaimanapun, metode-metode
dipergunakan untuk memperoleh taraf informasi statistik yang dapat secara eksplisit
353
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
memperhitungkan setiap metode penemuan Sebagai misal, asal usul Timur Tengah dari sapi
SNP perlu dikembangkan (Nielsen dan Eropa modern saat ini diperlihatkan Troy et al.
Signorovitch, 2003; Clark et al., 2005). (2001). Studi identifikasi empat turunan maternal
dari Bos taurus dan juga menunjukkan
AFLPs kehilangan variabilitas genetik bovine selama
AFLP adalah marka bialelik dominan (Vos et al., migrasi Neolithic manusia diluar bulan sabit
1995). Variasi-variasi pada banyak lokus dapat subur (the fertile crescent). Dalam cara yang
disusun secara simultan untuk mendeteksi sama, pada kambing asal usul maternal ganda
variasi nukleotide tunggal dari region genomik dengan tiga turunan mtDNA sangat ditandai
yang tidak diketahui, yang mana satu mutasi (Luikart et al., 2001), dengan bulan sabit subur
tertentu mungkin dihadirkan secara sering dalam Asia sebagai kemungkinan pusat asal usul.
gen-gen fungsional bukan penentu. Belakangan ini, sepertiga turunan mtDNA
Bagaimanapun, satu kerugian adalah mereka ditemukan pada domba China asal Guo et al.,
menunjukkan suatu model dominan dari 2005), seperemapat pada kambing asal China
pewarisan; ini menurunkan kekuatannya pada (Chen et al., 2005), dan seperlima pada sapi
analisis genetik populasi dari keragaman dan Cina (Lai et al., 2006). Pada ayam Asia,
inbreeding dalam breed. Meskipun demikian, sembilan perbedaan mtDNA clade sudah
profil AFLP memiliki informatif tinggi dalam ditemukan (Liu et al., 2006), mengingatkan asal
pengkajian hubungan antara breed-breed usul ganda di Selatan dan Tenggara Asia.
(Ajmone-Marsan et al., 2002; Negrini et al., Semua hasil ini menunjukkan bahwa
2006; De Marchi et al., 2006; SanCristobal et al., pengetahuan saat ini tentang domestikasi dan
2006b) dan spesies terkait (Buntjer et al., 2002). keragaman genetik ternak masih jauh dari
lengkap. Untuk diskusi lebih lanjut pada asal usul
Marka DNA Mitokondria spesies ternak domestik lihat Bagian 1 – Bab A.
Polimorfisme mitokondria DNA (mtDNA) secara
ekstensif digunakan dalam analisis filogenetik 3.2 Penggunaan marka untuk mengestimasi
dan keragaman genetik. mtDNA halotipe yang ukuran populasi efektif
dibawa mitokondria dalam sitoplasma sel,
memiliki suatu model pewarisan maternal Hill (1981) mengingatkan penggunaan
(individu-individu mendapat warisan mtDNA dari keseimbangan fase gametik dari polimorfisme
induk mereka dan tidak dari pihak bapak) dan DNA untuk mengestimasi ukuran populasi
suatu laju mutasi yang tinggi; mtDNA tidak efektip (Ne). Estimasi ini berdasarkan pada
berekombinan. Karakteristik ini memungkinkan genotipe atau marka terkait (mikrosatelite atau
para biologis merekonstruksi hubungan evolusi SNP). Korelasi harapan dari frekuensi alel pada
antara dan dalam spesies dengan mengkaji pola lokus terkait adalah suatu fungsi dari Ne dan laju
mutasi dalam mtDNA. Marka mtDNA dapat pula rekombinasi. Ne dapat, oleh karenanya,
menghadirkan suatu cara cepat untuk diestimasi dari ketidak seimbangan teramati.
mendeteksi hybridsasi antara spesies atau Hayes et al., (2003) mengingatkan suatu
subspesies ternak (misal Nijman et al., 2003). pendekatan sama berdasarkan pada
homozigositas segmen kromosom, yang,
Polimorfisme dalam sekeuns region sangat tambahan, memiliki potensi mengestimasi Ne
variabel dari D-loop atau region kontrol dari untuk generasi-generasi lebih awal, dan oleh
mtDNA berkontribusi sangat besar pada karenanya memungkinkan penilaian apakah
identifikasi silsilah dari spesies domestik, suatu keberadaan populasi meningkat atau
pengembangan pola geografis dari keragaman menurun ukurannya di masa lalu. Studi
genetik, dan pemahaman domestikasi ternak menunjukkan, dengan seperangkat data contoh,
(lihat Bruford et al., 2003, pada satu kajian). bahwa breed sapi Friesian-Holstein mengalami
354
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
penurunan substansial dari NE dimasa lampau, Kotak 76
ketika ukuran populasi efektip dari populasi Pemetaan QTL
manusia meningkat, yang bersesuaian dengan
baik studi konsensus dan silsilah. Jika terdapat satu QTL sebagai suatu sifat target, plus
dan minus varian alel dari gen yang bertanggungjawab
3.3 Alat molekuler untuk mentargetkan tidak diketahui (Q dan q) akan c0-segregasi dengan alel
variasi fungsional yang berdekatan M1 marka M1 dan m1) yang memberi
kemampuan bagi kita untuk menggenotyping di
Pendekatan-pendekatan berdasarkan pada laboratirium. Marilah kita hipotesiskan bahwa M1
posisi map: pemetaan lokus sifat kuantitatif cosegregate dengan Q dan m1 dengan q, ini M1 dan Q
(quantitative trait loci/QTL) berdekatan pada kromosom yang sama dan m1 dan q
Marka genetik bertindak sebagai sifat Mendelian, pada kromosom homologous (M1Q dan m1q).
dalam kata lain, mereka mengikuti hukum-hukum
segregasi dan penyatuan bebas sebagai Marilah kita juga mengasumsikan bahwa populasi F2
pertama kali diuraikan Mendel. Dua gen yang diturunkan dari perkawinan heterozygous individu F1
terletak dalam kromosom yang sama secara fisik digenotype. Mengikuti genotyping, keturunan F2
terikat dan cenderung untuk diwariskan secara digrupkan atas dasar genotipe marka mereka (M1M1 dan
bersama. Selama proses meiosis, rekombinasi m1m1; M2M2 dan m2m2; . MnMn dan mnmn), dan
antara kromosom homolog bisa memutuskan setelah itu rataan fenotipe antar grup dibandingkan. Jika
ikatan ini. Frekuensi rekombiansi antara dua gen tidak terdapat QTL terkait dengan suatu marka tertentu
yang terletak dalam kromosom sama tergantung (misal M2), kemudian perbedaan tidak signifikan akan
pada jarak antara mereka. Laju rekombinasi dideteksi antra rataan rataan nilai fenotipik dari
antara marka, oleh karenanya, suatu indikasi keturunan M2M2 dan m2m2 untuk sifat target.
dari derajat keterkaitan mereka: semakin rendah Sebaliknya, ketika progeni digrupkan berdasarkan
laju rekombinasi, semakin dekat jaraknya. genotipe mereka pada marka M1, kemudian group M1M1
Konstruksi map genetik mengekploitasi akan sangat mungkin QQ pada QTL, dan grup m1m1
karakteristik ini untuk menduga urutan marka akan sangat mungkin menjadi qq. Dalam kasus ini, suatu
dan jarak antara mereka. perbedaan signifikan diamati antara rataan progeni, dan
oleh karenanya kehadiran dari suatu QTL dideteksi.
Pelatihan pemetaan umumnya diselesaikan Dalam spesies, seperti unggas dan babi, dimana line
mengikuti co-segregasi dari marka polimorfik dan breed umumnya kawin interbred secara komersial,
dalam populasi percobaan yang terstruktur latihan ini dapat diselesaikan dalam populasi eksperimen
(misal F2 atau backcross) atau keberadaan (F2, BC) ketika dalam ruminan dua (daughter design /
populasi dibawah program seleksi (famili atau DD) atau tiga (grand-daughter design – GDD) dari silsilah
hubungan penuh atau halfsib). Map genetik generasi umumnya digunakan. Dalam DD segregasi dari
dengan kepadatan sedang sampai tinggi dari marka heterozygous pada satu jantan (generasi) diikuti
beberapa ratus atau beberapa ribu marka pada anak-anak betina (generasi II) padahal mana data
tersedia untuk kebanyakan ternak. fenotipik dikumpulkan. Dalam GDD, segregasi dari marka
heterozygous dalam suatu grand-sire (generasi I) diikuti
Untuk mengidentifikasi QTL pada sifat hubungan halb-sib anak jantan mereka (generasi II),
tertentu, famili yang bersegregasi untuk sifat dimana fenotipe dilihat dari grand-daughter mereka
tersebut digenotyping dengan seperangkat (generasi III).
marka molekular terpetakan bahkan yang
menyebar pada genome (Kotak 76). Ada terkait yang tinggi, misalnya potongan besar dari
sejumlah metode statistik untuk menduga kromosom ditransmisi tanpa rekombinasi dari
keberadaan QTL signifikan pada interval marka tetua kepada keturunan.
tertentu, tetapi semuanya tergantung pada fakta
bahwa famili memiliki derajat ketidakseimbangan Hasil dari percobaan pemetaan QTL adalah
identifikasi suatu region di kromosom, sering
merentang setengah dari region kromosom,
dimana pengaruh signifikan dideteksi untuk sifat
target. Penelitian modern secara aktif
menggunakan pemetaan untuk identifikasi QTL
yang mempengaruhi sifat adaptasi. Contoh sifat
tersebut pada ayam misalnya, meningkatkan
355
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
ketahanan terhadap kolonisasi dan eksresi kita masih mengabaikan tentang kemungkinan
Salmonella (Tilquin et al., 2005), dan kepekaan fungsi dari majoritas gen-gen yang teridentifikasi
terhadap berkembangnya syndrom hypertensi oleh genom dan sekuensing cDNA
pulmonary (Rabie et al., 2005); dan pada sapi (complementary DNA). Hal ini yang
trypanotoleransi (Hanotte et al., 2002). menyebabkan mengapa pemeriksaan pola
ekspresi gen dapat melibatkan informasi
Fase pemetaan QTL umum diikuti dengan berguna, dalam kombinasi dengan pendekatan
perbaikan posisi map dari QTL (QTL fine posisional sebagai diuraikan sebelumnya, untuk
mapping). Untuk menyelesaikan tugas ini, mengidentifikasi gen-gen kandidat pada sifat-
marka-marka tambahan, dan diatas semua sifat kompleks. Kombinasi pendekatan ini
kejadian-kejadian rekombiansi tambahan dalam dinyatakan sebagai genomik genetika (genetical
area target, dianalisis. Suatu pendekatan cerdik genomics) (Haley and de Koning, 2006).
belakangan ini dirancang dan diaplikasikan untuk Perkembangan baru dalam pemeriksaan pola
pemetaan halus dari satu region kromosom pada ekspresi gen diuraikan pada seksi berikutnya.
BTA14 yang membawa QTL signifikan untuk
sifat persentase lemak susu dan sifat lainnya Pendekatan-pendekatan alternatif saat ini
(Farnir et al., 2002). Pendekatan ini diperiksa untuk mendeteksi gen-gen adaptif
mengeksploitasi rekombinasi historis dari menggunakan marka genetik (Kotak 77). Mereka
generasi sebelumnya untuk membatasi posisi sekarang pada tahap percobaan, dan hanya
map sampai satu region relatif kecil 3.8 cM penelitian lanjutan bisa memungkinkan evaluasi
(centimorgan), satu ukuran yang memungkinkan dari kemanjurannya.
pengklonan posisional dari gene (DGAT1)
(Grisart et al., 2002). Target pilihan dari pemetaan QTL adalah
untuk mengidentifikasi QTG, dan bahkan QTN.
Mengikuti pemetaan halus, gen-gen yang Meskipun hanya sejumlah kecil contoh sampai
menentukan sifat performans dapat ditemukan saat ini pada untuk ternak, hal ini merupakan
antara gen yang dilokasikan dalam region bentuk mutasi yang dapat memberi pengaruh
teridentifikasi. Gen-gen kandidat ditemukan langsung pada perkawinan terbantukan marka
dalam spesies yang sama (misal ketika map (marker assisted breeding) dan pada pembuatan
ESP kaya tersedia atau ketika genome secara keputusan konservasi. Model konservasi
penuh disekuens) atau dalam region orthologous mempertimbangkan sifat-sifat fungsional dan
dari suatu organisme model yang mana mutasi perlu dikembangkan, sebagaimana
informasi lengkap genom tersedia. peningkatan jumlah dari QTG dan QTN tidak
tercakup dalam waktu dekat.
Kadang-kadang, informasi kunci pada gen
fungsi datang dari sumber yang tidak Pemeriksaan pola-pola ekspresi gen
diharapkan. Hal ini menjadi kasus pada gen Pada masa lalu, ekspresi dari sifat-sifat spesifik,
myostatin, yang fungsinya pertama ditemukan seperti adaptasi dan resistensi, hanya dapat
pada tikus dan ditemukan dilokasikan pada sapi diukur pada tingkat fenotipik. Sekarang ini,
dalam region kromosomal dimana gen otot transcriptome (perangkat semua transkrip dalam
ganda (double-muscling gene) sebelumnya sel atau jaringan), dan proteome (perangkat
dipetakan (McPherron and Lee, 1997). semua protein) dapat secara langsung diperiksa
dengan teknik tingkat tinggi, seperti tampilan
Jelaslah bahwa identifikasi gen bersesuaian differensial (differential display/DD) (Liang and
(quantitative trait genes – QTG) dan mutasi Pardee, 1992), cDNAAFLP (Bachem et al.,
fungsional (QTN) dari sifat kompleks adalah 1996), analisis serial dari ekspresi gen (serial
tugas mendasar, dan beberapa pendekatan analysis or gene expression /SAGE) (Velculescu
diperlukan untuk menurunkan jumlah gen et al., 1995; 2000), mass spectrometry, protein
kandidat posisional. Informasi dari fungsi gen
dalam hal ini menjadi mendasar. Bagaimanapun,
356
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 77 lingkungan ekstrim, resistensi penyakit, dll. Beberapa
Pendekatan genomik populasi dari sifat ini, yang sangat penting untuk keberlanjutan dari
pemuliaan hewan, sulit atau tidak mungkin untuk
Suatu pendekatan alternatif untuk mengidentifikasi region pemeriksaan dengan pemetaan QTL klasik atau
genome pembawa gen-gen bersesuaian belakangan ini pendekatan studi asosiasi. Potensi genomik populasi
sudah diusulkan. Hal ini terdiri dari deteksi “tanda-tanda belakangan ini diperiksa dari suatu titik pandang teori
seleksi” melalui suatu pendekatan “genomik populasi” (Beaumont dan Balding, 2004; Bamshad dan Wooding,
(Black et al., 2001; Luikart et al., 2003). Tiga prinsip 2003), dan melalui kerja eksperimen dengan tipe-tipe
utama dari pendekatan genomik populasi terhadap marka berbeda dalam populasi neutral (AFLPs: Campbell
pemetaan QTL adalah: dan Bernatchez, 2004; mikrosatelit: Kayser et al., 2003;
SNPs: Akey et al., 2002). Pendekatan belakangan ini
1. lokus neutral sepanjang genome akan secara sama diterapkan dalam projek Econogene
dipengaruhi oleh hanyutan genetik, demografi, dan (http://lasig.epfl.ch/projets/econogene). Pasa analisis
sejarah evolusionari dari populasi; pendahuluan, tiga SNP dalam gen MYH1 (myosin 1),
MEG3 (callypige), dan CTSB (cathepsin B) pada domba
2. lokus dibawah seleksi akan sering bertindak menunjukkan signifikansi perilaku pencilan (Pariset et al.,
berbeda dan, oleh karenanya, menunjukkan pola- 2006).
pola “pencilan” dari variasi, kehilangan keragaman
(meningkat keragaman jika lokus berada pada suatu Dalam projek yang sama, suatu pendekatan novel
seleksi berimbang) keterkaitan tidak berimbang, dan berdasarkan pada Metode Analisis Permukaan (Spatial
ditingkatkan/diturunkan indeks Gst/Fst; dan Analysis Method / SAM) telah dirancang untuk
mendeteksi tanda-tanda seleksi alam dalam genom
3. melalui pengaruh ikutan, seleksi juga mempengaruhi hewan domestik dan liar (Joost, 2006). Hasil
marka terkait, yang memungkinkan deteksi dari pendahuluan yang diperoleh denga metode ini
suatu “tanda seleksi” (pengaruh pencilan), yang bersesuaian dengan yang diperoleh dalam aplikasi model
sering dapat dideteksi melalui genotyping sejumlah teoritikal dari genetika populasi, seperti yang
besar marka sepanjang satu kromosom dan dikembangkan oleh Beaumont dan Balding (2004). SAM
identikasi kluster pencilan. Pendekatan ini lebih maju jika dibandingkan terhadap pendekatan-
menggunakan data fenotipik pada taraf breed (atau pendekatan klasik, sebagaimana ia dirancang untuk
subpopulasi dalam breed) daripada pada taraf identifikasi parameter-parameter lingkungan yang
individu, dan oleh karenanya kelengkapan baik dihubungkan dengan marka terseleksi.
pedekatan pemetaan QTL klasik untuk silsilah.
Pendekatan genomik populasi dapat juga
mengidentifikasi gen-gen yang dikenakan pada tekanan
seleksi tinggi dan bahkan ditetapkan dalam breed dan
sebagian, gen-gen dilibatkan dalam adaptasi terhadap
dan DNA microarrays. Teknik-teknik ini teknik-teknik ini diparalelkan saat ini dengan
menghadirkan suatu pemecahan analisis RNA kesukaran dan biaya yang dilibatkan dalam
dan protein, yang memungkinkan analisis paralel penerapan mereka dan penganalisaan data yang
dari semua gen virtual diekspresikan pada suatu dihasilkan. Isolasi sampel sel homogen adalah
jaringan dalam suatu waktu tertentu. Oleh lebih sulit, dan suatu persyaratan penting pada
karenanya, teknik-teknik menyumbang pada banyak studi tampilan ekspresi gen. Jumlah
pengkodean jaringan kerja yang mengatur sifat- besar dari hasil-hasil assay paralel dengan biaya
sifat kompleks. rendah per assay, tetapi dengan biaya tinggi per
eksperimen. Peralatan mahal, dan keahlian
Teknologi - Omics sering dibandingkan untuk teknis tinggi diperlukan dalam semua fase
menghidupkan cahaya didepan Michelangelo eksperimen Ini menjadi tambahan terhadap
fresco daripada sekedar hanya menggunakan kesulitan umum dalam analisis RNA
obor yang memungkinkan suatu pandangan dari dibandingkan DNA. RNA sangat sensitif
bagian-bagian dari keseluruhan. Pandangan terhadap degradasi, dan perhatian khusus perlu
keseluruhan memungkinkan pengartian dari dilakukan ketika mengekstraksinya dari jaringan
representasi untuk dimengerti dan menjadi indah yang memiliki aktivitabilitas metabolisme sangat
untuk dihargai. Dalam realita, kekuatan dari
357
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
aktif. Tambahan, sampel konservasi dan dalam lingkungan berubah. Teknologi microarray
manipulasi adalah faktor kunci sukses dalam dapat juga melibatkan suatu pemahaman dari
eksperimen analisis RNA. Aplikasi nanoteknologi pola temporer dan bagian dari ekspresi gen
pada analisis molekul biologi terbuka sampai dalam merespon sejumlah kisaran faktor pada
pada perspektif sangat menjanjikan untuk kondisi organisme diekspose.
menyelesaikan masalah ini (Sauer et al., 2005).
Jumlah volume sangat kecil dari cairan DNA
Penanganan data selanjutnya menjadi dicetak dalam suatu slide yang dibuat dari materi
masalah. Perangkat data molekuler seperti tidak berlubang seperti glas, poros yang
riwayat ekspresi gen dapat diproduksi dalam menghasilkan noda dengan kisaran diameter
waktu relatif singkat. Bagaimanapun, dari 100 sampai 150 µm in diameter. Saat ini
standarisasi data antara laboratorium diperlukan sekitar 50.000 komplementari DNA
untuk konsistensi analisis dari perangkat data (complementary DNAs/cDNAs) bisa secara
biologis berbeda. Kesepakatan terhadap robotik diberi noda pada slide mikroskop. DNA
standarisasi, sebaik kreasi dari data dasar yang microarrays berisi beberapa ratus gene yang
terinterkoneksi, adalah esensial untuk analisis diketahui, dan beberapa ribu gen tidak diketahui.
efisien dari jaringan kerja molekular. Microarray dinodai dengan fragmen cDNA atau
oligonukleotide prefabrikasi. Pilihan belakangan
Transcript profiling memiliki keuntungan dengan spesifisitas dan
Seksi ini secara jelas menguraikan teknik SAGE reproduksibilitas lebih tinggi, tetapi dapat
dan microarray. Uraian dari teknik-teknik lain dirancang hanya ketika sekuens diketahui.
dapat ditemukan dalam sejumlah kajian Penggunaan microarray berdasarkan pada
belakangan ini (misal Donson et al., 2002). prinsip “hybridization”, misal eksposure dua
SAGE menurunkan riwayat ekspresi lengkap dari benang tunggal DNA, atau hanya satu DNA dan
jaringan atau line sel. Ia melibatkan konstruksi satu RNA, bersekuen satu sama lain, diikuti
dari pustaka mRNA total yang memungkinkan dengan pengukuran jumlah molekul berbenang
suatu analisis kuantitaif dari keseluruhan ganda yang terbentuk. Ekspresi dari mRNA
trasnksrip dieskpresikan atau tidak diaktifkan dapat diukur secara kuantitatif. Ia menunjukkan
pada langkah-langkah tertentu dari suatu aktivitas gen-gen dalam suatu jaringan, dan
aktiviasi selular. Ia didasarkan pada tiga prinsip: biasanya secara langsung berhubungan dengan
(i) tag sekuens pendek (9–14 bp) didapatkan dari produksi protein yang diinduksi oleh mRNA.
region terdefinisi dalam setiap transkrip mRNA
berisi informasi memadai untuk identifikasi Profiling ekspresi gen menyumbang pada
secara unik satu transkrip spesifik; (ii) tag-tag pemahaman mekanisme biologi, dan oleh
skuense yang dikaitkan bersama untuk karenanya memfasilitasi identifikasi dari gen-gen
membentuk molekul DNA panjang kandidat. Gen pool sebagai dilibatkan dalam
(concatemers) yang dapat diklon dan disekuens ekspresi trypanotolerance pada sapi, misalnya,
– sekuensing klon concatemer yang sudah dikarakterisasi menggunakan SAGE
menghasilkan identifikasi cepat dari sejumlah tag (Berthier et al., 2003), dan dengan analisis
individual; dan (iii) taraf ekspresi dari transkrip microarray cDNA (Hill et al., 2005). Pemeriksaan
dikuantifikasi oleh jumlah waktu dari satu tag bersamaan ekspresi dari beberapa gen
tertentu diamati. memungkinkan identifikasi dari gen masre yang
bertanggung jawab untuk sifat-sifat fenotipik
Microarrays dapat digunakan untuk yang tidak terdeteksi dengan analisis ekspresi
membandingkan, dalam satu eksperimen diferensial. Gen-gen master ini bisa, misalnya,
tunggal, taraf ekpresi mRNA dari beberapa ribu memiliki alel-alel berbeda semuanya
gen antara dua sistem biologis, sebagai contoh, diekspresikan pada tingkat yang sama, yang
antara hewan dalam satu lingkungan normal dan mempromosikan ekspresi gen hilir dengan
358
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
efisiensi berbeda. Dalam masalah ini, gen dalam sel, mengkarakterisasi modifikasi-
master dapat dilihat baik dengan eksploitasi modifikasi post-translational dan menentukan
pengetahuan sekarang dari jalur metabolik, atau limpahan protein (Zhu et al., 2003). Gel
via ekspresi pendekatan QTL (eQTL) (Lan et al., elektrophoresis dua dimensi menjadi unik
2006). Dalam pendekatan ini, taraf ekspresi dari sehubungan dengan jumlah besar protein
gen hilir diukur dalam suatu populasi yang (>10.000) yang dapat dipisah atau divisualisasi
bersegregasi. Jumlah transkrip dari setiap gen pada suatu percobaan tunggal. Spot protein
diperlakukan sebagai suatu sifat fenotipik, dan dipotong dari gel, diikuti dengan pemotongan
QTL yang mempengaruhi ekspresi gen dapat proteolitik, dan protein-protein kemudian
dilihat dengan menggunakan metodologi- diidentifikasi menggunakan spektophometri
metodologi sebagai diuraikan diatas. Disini massa (Aebersold and Mann, 2003).
berharga untuk mencatat bahwa analisis data Bagaimanapun, standarisasi dan automasi dari
untuk deteksi QTL masih cukup sulit untuk gel elektrophoretik dua dimensi terbukti sulit, dan
dikuasai. Disini juga benar bahwa traksrip teknik- penggunaan pola protein yang dihasilkan
teknik profiling disebabkan terjadi beberapa sebagai map referensi proteomil hanya akan
kesalahan signal. sukses dalam beberapa kasus. Suatu teknik
komplementari, kromotografi cair, lebih mudah
Protein profiling untuk mengotomatiskan, dan dapat secara
Studi sistematik dari struktur protein, modifikasi- langsung digandakan terhadap spektrometri.
modifikasi post translasional, profile protein, Metode proteomik berdasarkan afinitas yang
protein–protein, asam nukleotida protein, dan mendasarkan pada microarrays adalah suatu
ekspresi permukaan dan temporer protein dalam pendekatan alternatif untuk profiling protein
sel-sel eukaryotik, adalah penting dalam (Lueking et al., 2003), dan dapat juga digunakan
memahami fenomena kompleks biologi. Protein untuk mendetaksi interaksi-protein-protein.
esensial untuk struktur dan fungsi dari sel Informasi ini esensial untuk modeling algoritmik
organisme hidup. dari jalur biologi. Bagaimanapun, spesifitas
ikatan menghasilkan masalah dalam aplikasi
Struktur dari suatu protein dapat ditampakkan microarray protein, karena reaktivitas silang tidak
dengan difraksi sinar X atau dengan dapat diprediksi secara akurat. Terdapat
spektroskopi resonansi magnetik inti. IB yang pendekatan-pendekatan alternatif untuk
pertama memerlukan sejumlah besar protein mendeteksi interaksi protein–protein seperti dua
ktristal, dan hal ini sering terbatas. Dalam upaya sistem hybrid (Fields and Song, 1989).
memahami fungsi protein dan interaksi dari Bagaimanapun, tidak satupun dari metode yang
protein-protein pada taraf molekul, disini akan dipergunakan saat ini memungkinkan deteksi
berguna untuk menentukan struktur dari semua kuantitatif dari ikatan protein, dan ini
protein dalam suatu sel atau organisme. Pada menghasilkan ketidakjelasan pada tingkat mana
saat ini, bagaimanapun, hal ini belum interaksi teramati nampaknya menghadirkan
didapatkan. Secara menarik, jumlah dari varian interaksi protein-protein secara fiisiologis.
protein berbeda muncul dari sintesis protein
(pemotongan alternatif dan /atau modifikasi post- Metode berdasarkan array telah pula
translational) secara signifikan lebih besar dikembangkan untuk mendeteksi interaksi DNA–
daripada jumlah gen-gen dalam suatu genom. protein dan interaksi in vitro dan in vivo (kajian
misal pada Sauer et al., 2005), dan
Mass spectrometry (suatu teknik analisis untuk mengidentifikasi ikatan protein yang tidak
determiansi massa molekuler) dikombinasikan diketahui pada sekuen regulatori gen.
dengan teknik-teknik pemisahan kromatografik Microarray DNA dikerjakan secara efektip untuk
atau elekthroporetik) saat ini menjadi metode skrening ekstrak inti dari kompleks ikatan-DNA,
pilihan untuk identifikasi protein endogenous
359
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
padahal mana microarray protein terutama Kotak 78
Database molekul biologi
digunakan untuk mengidentifikasi ikatan-DNA
Sejumlah database tersedia yang mengumpulkan
protein yang tidak diketahui pada taraf informasi pada molekul biologi:
proteomewide. Pada masa mendatang, kedua Database sekuen DNA:
• European Molecular Biology Lab (EMBL):
teknik ini akan memberikan pandangan dalam http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html
• GenBank: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
secara rinci pada jaringan kerja regulatori • DNA Data Bank of Japan (DDBJ):
http://www.ddbj.nig.ac.jp
transkripsional.
Database Protein :
Banyak metode untuk memprediksi fungsi dari • SWISS-PROT:
http://www.expasy.ch/sprot/sprottop.html
suatu protein didasarkan pada • Protein Information Resource (PIR):
http://pir.georgetown.edu/pirwww/
kemohomologannya terhadap protein lain dan • Protein Data Bank (PDB):
http://www.rcsb.org/pdb/
lokasinya didalam sel. Prediksi dari fungsi
Gene identification utility sites Bio-Portal
protein cukup komplikatif, dan juga memerlukan • GenomeWeb: http://www.hgmp.mrc.ac.uk/
GenomeWeb/nuc-geneid.html
teknik-teknik untuk mendeteksi interaksi protein- • BCM Search Launcher:
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/
protein, dan untuk mendeteksi ikatan protein • MOLBIOL: http://www.molbiol.net/
• Pedro’s BioMolecular Research tools:
terhadap molekul-molekul lain karena protein http://www.biophys.uni-duesseldorf.de/BioNet/
Pedro/research_tools.html
mengisi fungsinya dalam proses pengikatan. • ExPASy Molecular Biology Server:
http://www.expasy.ch/
4 Peran bioinformatika
Database bagi keterkaitan tertentu dari hewan
Pengembangan teknologi tingkat tinggi mungkin domestik:
akan tidak bermanfaat tanpa kapasitas untuk
menganalisa jumlah pertumbuhan eksponensial http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
dari data biologis. Data-data tersebut perlu http://www.cgd.csiro.au/cgd.html
disimpan pada data dasar (Kotak 78) dikaitkan http://www.ri.bbsrc.ac.uk/cgi-bin/arkdb/browsers/
dengan software spesifik yang dirancang untuk http://www.marc.usda.gov/genome/genome.html
memungkinkan update data, pemeriksaan dan http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/pig/
penelusuran kembali. Informasi harus mudah http://www.ensembl.org/index.html
diakses dan fleksibel dalam pemeriksaan, untuk http://www.tigr.org/
memungkinkan penelusuran kembali informasi, http://omia.angis.org.au/
yang dapat dianalisis untuk membuka seluk http://www.livestockgenomics.csiro.au/ibiss/
beluk jalur metabolik dan peran protein dan gen http://www.thearkdb.org/
yang terlibat. http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/bovine/
Bioinformatik adalah krusial untuk sebagai suatu alat dalam memanajemen genetik
mengkombinasikan informasi dari sumber- dari populasi kecil, untuk menghindarkan
sumber berbeda dan menurunkan pengetahuan inbreeding berlebihan. Sejumlah pemeriksaan
baru dari data yang ada. Ia juga potensial untuk menguraikan keragaman dalam dan antar-
menstimulasi struktur, fungsi dan dinamika dari populasi – beberapa pada skala yang cukup
sistem molekular, dan oleh karenanya luas. Bagaimanapun, studi-studi ini terpisah dan
membantu dalam memformulasi hipotesa dan sulit untuk membandingkan dan menyatukan.
menjalankan kerja percobaan. Lebih jauh, suatu survey skala dunia yang
5 Kesimpulan
Karakterisasi molekular dapat memegang suatu
peran dari yang belum ditemukan dalam sejarah,
dan mengestimasi keragaman, perbedaan dan
struktur populasi dari SDGT. Ia juga berperan
360
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
menyeluruh dari spesies-spesies relevan belum adalah bebarapa diantara sifat yang memiliki
dilakukan. Dengan demikian, menjadi prioritas tinggi. Sejumlah strategi dan teknologi-
kepentingan srategis untuk mengembangkan telnologi tinggi –omik dipakai untuk
metoda-metoda untuk mengkombinasikan apa mengakhirinya. Identifikasi QTL menawarkan
yang sudah ada, perangkat data yang sebagian kesempatan dan peluang baru untuk manajemen
tumpang tindih, dan untuk menjamin SDGT. Informasi terhadap komplemen
pengawasan sampel-sampel dan marka-marka keragaman adaptif pada keragaman fenotipik
standar untuk penggunaan masa mendatang dan genetik neutral, dan dapat diintegrasikan
sebagai referensi dunia. Suatu jaringan kerja kedalam manajemen SDGT dan alat pengambil
yang memfasilitas pengkoleksian sampel dari keputusan konservasi. Identifikasi alel-alel unik
plasma benih autochthonous, akan menjadi atau kombinasi-kombiansi alel untuk sifat adaptif
tersedia untuk komunitas ilmiah dibawah regulasi dalam populasi spesifik bisa memberi tekanan
bersesuaian, akan memfasilitasi implemantasi justifikasi konservasi mereka dan penggunaan
dari suatu survey global. target. Seleksi terbantukan gen (gene assisted
selection) juga potensial untuk menurunkan gap
Teknologi-teknologi marka berevolusi, dan efisiensi seleksi yang ada antara populasi besar
nampaknya mikrosattelit akan secara meningkat yang dipelihara dalam sistem produksi industrial,
dilengkapi dengan SNPs. Marka-marka ini dan populasi lokal yang kecil, dimana sistem
sangat menjanjikan karena jumlahnya yang evaluasi genetik dan skema perkawinan tidak
besar dalam genome, dan kesesuainnya untuk bisa secara efektip diterapkan. Seleksi
automasi dalam produksi dan skoring. terbantukan marka dan gen, bisa, bagaimana,
Bagaimanapun, efisensi dari SNPs untuk tidak slealu menghadirkan solusi terbaik. Opsi-
pemeriksaan keragaman spesies hewan opsi ini perlu dievaluasi dan dioptimasi pada
memerlukan eskplorasi menyeluruh. Subjek dasarnya secara kasus per kasus,
seyogyanya didekati dengan detasemen kritikal memperhitungkan pengaruh jangka pendek dan
yang mencukupi untuk menghindarkan hasil panjang pada struktur populasi dan laju
berbias. inbreeding, dan biaya dan keuntungan dalam
batasan lingkungan dan sosio-ekonomik-
Metoda-metoda dari analisis data juga khususnya dampak terhadap kesejahteraan
berevolusi. Metoda-metoda baru memungkinkan masyarakat.
studi keragaman tanpa suatu asumsi
pendahuluan mempertimbangkan struktur dari Sebagai dalam kasus adanya teknologi-
populasi yang diperiksa; eksplorasi diveristas teknologi lebih berkembang lainnya. Sangatlah
untuk identifikasi gen-gen adaptif (misal diharapkan bahwa keuntungan dari
menggunakan genomik populasi, lihat Kotak 77); perkembangan ilmiah dalam bidang karakterisasi
dan integrasi informasi dari sumber-sumber molekular dimanfaatkan bersama secara global,
berbeda, melibatkan sosio-ekonomik dan sehingga memberi sumbangan pada suatu
parameter lingkungan, untuk menetapkan pemahan berkembang, utilisai dan konservasi
prioritas konservasi (lihat Bab F). Adopsi dari dari SDGT dunia untuk kebutuhan generasi saat
suatu strategi sampling yang benar dan koleksi ini dan mendatang.
sistematik dari data fenotipik dan lingkungan,
memerlukan persyaratan-persyaratan kunci
untuk eksploitasi potensi penuh dari teknologi-
teknologi dan pendekatan-pendekatan baru.
Dalam tambahan terhadap variasi neutral,
penelitian secara aktif mencari gen yang
mempengaruhi sifat-sifat kunci. Resistansi
penyakit, efisiensi produksi, dan kualitas produk
361
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Kotak 79 mengidentifikasi semua sisi polimorfik dari lainnya pada
Kosa kata: marka molekular wilayah ini. Informasi tersebut sangat bernilai untuk
pemeriksaan genetik pada sifat-sifat kompleks.
Untuk tujuan seksi ini digunakan definisi berikut:
Linkage: Hubungan gen-gen dan/atau marka-marka yang
Gen kandidat: sejumlah gen yang memungkinkan terletak dekat satu sama lain pada suatu kromosom. Gen
penyebab perbedaan pada karakteristik observasi dari dan marka terangkai cenderung untuk diwariskan
suatu hewan (misal pada resistensi penyakit, produksi bersama.
protein susu atau pertumbuhan). Gen tersebut bisa
menjadi kandidat karena dilokasikan pada suatu Linkage disequilibrium (LD): adalah suatu batasan yang
kromosom tertentu yang diduga dilibatkan dalam digunakan dalam studi genetika populasi untuk hubungan
mengontrol sifat, atau produk proteinnya bisa tidak acak dari alel pada dua atau lebih lokus. Ia tidak
mengingatkan bahwa ia terlibat mengkontrol sifat (misal sama dengan terkait, yang meggambarkan asosisasi dua
gen-gen protein susu dalam produksi protein susu). atau lebih lokus pada satu kromosom dengan rekombinasi
terbatas antara mereka. LD menguraikan suatu situasi
DNA: informasi genetik dalam suatu genom dikodekan dimana beberapa kombinasi dari alel atau marka genetik
dalam deoxyribonucleic acid (DNA), yang disimpan dalam terjadi lebih atau kurang sering dalam suatu populasi yang
inti sel. DNA memiliki dua benang disusun dalam helix dapat diharapkan dari suatu formasi acak haplotipe dari
ganda, yang dibuat dari suatu gula (deoxiribose), alel-alel berdasarkan frekuensi mereka. Keterkaitan tidak
phosphate, dan empat basa kimia - nukleotid: adenine seimbang (LD) disebabkan oleh interaksi ketegaran antara
(A), guanine (G), cytosine (C) dan thymine (T). Satu A gen-gen atau seperti halnya proses non-adaptif sebagai
dalam satu benang selalu berpasangan dengan satu T struktur populasi, inbreeding, dan pengaruh stochastik.
pada benang lainnya melalui dua ikatan hidrogen, ketika Dalam genetika populasi, linkage disequilibrium
satu C selalu berpasangan dengan G melalui tiga ikatan dinyatakan untuk mengkarakterisasi distribusi haplotipe
hidrogen. Dua benang, oleh karenanya, melengkapi satu pada dua atau lebih lokus.
sama lain.
Microarray technology: satu cara baru untuk
Complementary DNA (cDNA): sekuens DNA diturunkan mempelajari bagaimana sejumlah besar gen berinteraksi
dari transkripsi terbalik dari sekuens mRNA. Tipe DNA ini satu dengan lainnya dan bagaimana cara keja jaringan sel
melibatkan exon dan region tidak diterjemahkan pada mengkontrol dengan cepat energi (baterai) dari gen-gen
ujung 5’ dan 3’ dari gen-gen, tetapi tidak melibatkan DNA secara bersamaa. Metode menggunakan suatu robot
intron. untuk secara tepat menjatuhkan titik kecil DNA berisi DNA
fungsional kedalam slide glas. Peneliti kemudian
Marka genetik: suatu polimorfisme DNA yang secara menyentuh label fluorescen pada mRNA atau cDNA dari
mudah dapat dideteksi dengan analisis molekuler atau sel yang mereka pelajari. Probe berlabel dimungkinkan
fenotipik. Marka tersebut dapat dalam suatu gen atau mengikat benang cDNA pada slide. Slide diletakkan
dalam DNA yang tidak mempunyai fungsi. Disebabkan dalam mikroskop skanning yang bisa mengukur kekuatan
segmen DNA yang terletak dekat satu sama lainnya pada cahaya setiap titik fluoresen, kekuatan cahaya
suatu kromosom cenderung untuk diwariskan secara menunjukkan berapa banyak mRNA spesifik berada,
bersama, marka sering digunakan sebagai cara tidak suatu indikator barapa tingkat keaktifannya.
langsung dalam memecah pola pewarisan dari suatu gen
yang belum teridentifikasi, tetapi perkiraan lokasinya Primer: suatu sekuen nukleotide pendek (benang
diketahui. pendek) yang dipakai dalam reaksi rantai polymerase
(polymerase chain reaction /PCR)
Haplotipe: singkatan dari ungkapan “haploid genotype”,
adalah susunan genetik dari individual kromosom. Dalam RNA: asam ribonuklide (ribonucleic acid) adalah benang
hal organisme diploid, haplotipe berisi satu anggota dari tungal asam nukleid yang terdiri dari tiga dari empat basa
pasangan alel untuk setiap sisi. Ia bisa menunjukkan yang pada DNA (A, C dan G). T adalah, bagaimanapun,
suatu perangkat (misal single nucleotide polymorphisms – digantikan oleh uracil (U).
SNPs) yang ditemukan secara statistik diasosiasikan
terhadap satu kromosom tunggal. Dengan pengetahuan
ini, disini difikirkan bahwa identifikasi beberapa alel dari
satu blok haplotipe secara tidak disangsikan dapat
362
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Daftar Pustaka Black, W.C., Baer, C.F., Antolin, M.F. & DuTeau, N.M.
2001. Population genomics: genome-wide sampling
Aebersold, R. & Mann, M. 2003. Mass of insect populations. Annual Review of Entomology,
spectrometrybased proteomics. Nature, 422 (6928): 46: 441–469.
198–207. Review.
Bruford, M.W., Bradley, D.G. & Luikart, G. 2003. DNA
Ajmone-Marsan, P., Negrini, R., Milanesi, E., Bozzi, R., markers reveal the complexity of livestock
Nijman, I.J., Buntjer, J.B., Valentini, A. & Lenstra, domestication. Nature Reviews Genetics, 4: 900–
J.A. 2002. Genetic distances within and across 910.
cattle breeds as indicated by biallelic AFLP markers.
Animal Genetics, 33: 280–286. Buntjer, J.B., Otsen, M., Nijman, I.J., Kuiper, M.T. &
Lenstra, J.A. 2002. Phylogeny of bovine species
Akey, J.M., Zhang, G., Zhang, K., Jin, L. & Shriver, based on AFLP fingerprinting. Heredity, 88: 46–51.
M.D. 2002. Interrogating a high-density SNP map for
signatures of natural selection. Genome Research, Campbell, D. & Bernatchez, L. 2004. Generic scan
12(12): 1805–14. using AFLP markers as a means to assess the role
of directional selection in the divergence of
Aravin, A. & Tuschl, T. 2005. Identification and sympatric whitefish ecotypes. Molecular Biology and
characterization of small RNAs involved in RNA Evolution, 21(5): 945–56.
silencing. Febs Letters, 579(26): 5830–40.
Cañon, J., Garcıa, D., Garcıa-Atance, M.A., Obexer-
Bachem, C.W.B., Van der Hoeven, R.S., De Bruijn, Ruff, G., Lenstra, J.A., Ajmone-Marsan, P., Dunner,
S.M., Vreugdenhil, D., Zabeau, M. & Visser, R.G.F. S. & The ECONOGENE Consortium. 2006.
1996. Visualization of differential gene expression Geographical partitioning of goat diversity in Europe
using a novel method of RNA fingerprinting based and the Middle East. Animal Genetics, 37: 327–334.
on AFLP: analyses of gene expression during potato
tuber development. The Plant Journal, 9: 745–753. Chen, S.Y., Su, Y.H., Wu, S.F., Sha, T. & Zhang, Y.P.
2005. Mitochondrial diversity and phylogeographic
Bamshad, M. & Wooding, S.P. 2003. Signatures of structure of Chinese domestic goats. Molecular
natural selection in the human genome. Nature Phylogenetics and Evolution, 37: 804–814.
Reviews Genetics, 4(2): 99–111. Review.
Clark, A.G., Hubisz, M.J., Bustamante, C.D.,
Baumung, R., Simianer, H. & Hoffmann, I. 2004. Williamson, S.H. & Nielsen, R. 2005. Ascertainment
Genetic diversity studies in farm animals – a survey, bias in studies of human genomewide
Journal of Animal Breeding and Genetics 121: 361– polymorphism. Genome Research, 15: 1496–1502.
373.
Clop, A., Marcq, F., Takeda, H., Pirottin, D., Tordoir, X.,
Beaumont, M.A. & Balding, D.J. 2004. Identifying Bibe, B., Bouix, J., Caiment, F., Elsen, J.M.,
adaptive genetic divergence among populations Eychenne, F., Larzul, C., Laville, E., Meish, F.,
from genome scans. Molecular Ecology, 13(4): 969– Milenkovic, D., Tobin, J., Charlier, C. & Georges, M.
80. 2006. A mutation creating a potential illegitimate
microRNA target site in the myostatin gene affects
Beja-Pereira, A., Alexandrino, P., Bessa, I., Carretero, muscularity in sheep. Nature Genetics, 38: 813–818.
Y., Dunner, S., Ferrand, N., Jordana, J., Laloe, D.,
Moazami-Goudarzi, K., Sanchez, A. & Cañon, J. De Marchi, M., Dalvit, C., Targhetta, C. & Cassandro,
2003. Genetic characterization of southwestern M. 2006. Assessing genetic diversity in indigenous
European bovine breeds: a historical and Veneto chicken breeds using AFLP markers. Animal
biogeographical reassessment with a set of 16 Genetics, 37: 101–105.
microsatellites. Journal of Heredity, 94: 243–50.
Donson, J., Fang, Y., Espiritu-Santo, G., Xing, W.,
Berthier, D., Quere, R., Thevenon, S., Belemsaga, D., Salazar, A., Miyamoto, S., Armendarez, V. &
Piquemal, D., Marti, J. & Maillard, J.C. 2003. Serial Volkmuth, W. 2002. Comprehensive gene
analysis of gene expression (SAGE) in bovine expression analysis by transcript profiling. Plant
trypanotolerance: preliminary results. Genetics Molecular Biology, 48: 75–97.
Selection Evolution, 35 (Suppl. 1): S35–47.
Excoffier, L., Smouse, P.E. & Quattro, J.M. 1992
Bertone, P, Stolc, V., Royce, T.E., Rozowsky, J.S., Analysis of molecular variance inferred from metric
Urban, A.E., Zhu, X., Rinn, J.L., Tongprasit, W., distances among DNA haplotypes: application to
Samanta, M., Weissman, S., Gerstein, M. & Snyder, human mitochondrial DNA restriction data. Genetics,
M. 2004. Global identification of human transcribed 131: 479–491.
sequences with genome tiling arrays. Science, 306:
2242–2246.
363
STATUS MANAJEMEN SUMBERDAYA GENETIK TERNAK
Farnir, F., Grisart, B., Coppieters, W., Riquet, J., Berzi, Hill, W.G. 1981. Estimation of effective population size
P., Cambisano, N., Karim, L., Mni, M., Moisio, S., from data on linkage disequilibrium. Genetics
Simon, P., Wagenaar, D., Vilkki, J. & Georges, M. Research, 38: 209–216.
2002. Simultaneous mining of linkage and linkage
disequilibrium to fine map quantitative trait loci in Hillel, J., Groenen, M.A., Tixier-Boichard, M., Korol,
outbred half-sib pedigrees: revisiting the location of A.B., David, L., Kirzhner, V.M., Burke, T., Barre-
a quantitative trait locus with major effect on milk Dirie, A., Crooijmans, R.P., Elo, K., Feldman, M.W.,
production on bovine chromosome 14. Genetics, Freidlin, P.J., Maki-Tanila, A., Oortwijn, M.,
161: 275–287. Thomson, P., Vignal, A., Wimmers, K. & Weigend,
S. 2003. Biodiversity of 52 chicken populations
Fields, S. & Song, O. 1989. A novel genetic system to assessed by microsatellite typing of DNA pools.
detect protein–protein interactions. Nature, 340: Genetics Selection Evolution, 35: 533–557.
245–246.
Hood, L., Heath, J.R., Phelps, M.E. & Lin, B. 2004.
Freeman, A.R., Bradley, D.G., Nagda, S., Gibson, J.P. Systems biology and new technologies enable
& Hanotte, O. 2006. Combination of multiple pre¬dictive and preventative medicine. Science,
microsatellite data sets to investigate genetic 306: 640–643.
diversity and admixture of domestic cattle. Animal
Genetics, 37: 1–9. Ibeagha-Awemu, E.M., Jann, O.C., Weimann, C. &
Erhardt, G. 2004. Genetic diversity, introgression
Goldstein, D.B., Linares, A.R., Cavalli-Sforza, L.L. & and relationships among West/Central African cattle
Feldman, M.W. 1995. An evaluation of genetic breeds. Genetics Selection Evolution, 36: 673–690.
distances for use with microsatellite loci. Genetics,
139: 463–471. Jarne, P. & Lagoda, P.J.L. 1996. Microsatellites, from
molecules to populations and back. Tree, 11: 424–
Goldstein, D.B. & Schlötterer, C. 1999. Microsatellites: 429.
evolution and applications. New York. Oxford
University Press. Joshi, M.B., Rout, P.K., Mandal, A.K., Tyler-Smith, C.,
Singh, L. & Thangaraj, K. 2004. Phylogeography
Grisart, B., Coppieters, W., Farnir, F., Karim, L., Ford, and origin of Indian domestic goats. Molecular
C., Berzi, P., Cambisano, N., Mni, M., Reid, S., Biology and Evolution, 21: 454–462.
Simon, P., Spelman, R., Georges, M. & Snell, R.
2002. Positional candidate cloning of a QTL in dairy Joost, S. 2006. The geographical dimension of
cattle: identification of a missense mutation in the ge¬netic diversity. A GIScience contribution for the
bovine DGAT1 gene with major effect on milk yield conservation of animal genetic resources. École
and composition. Genome Research, 12: 222–231. Polytechnique Fédérale de Lausanne, Switzerland.
(PhD thesis)
Guo, J., Du, L.X., Ma, Y.H., Guan, W.J., Li, H.B., Zhao,
Q.J., Li, X. & Rao, S.Q. 2005. A novel maternal Kayser, M., Brauer, S. & Stoneking, M. 2003. A
lineage revealed in sheep (Ovis aries). Animal genome scan to detect candidate regions influenced
Genetics, 36: 331–336. by local natural selection in human populations.
Molecular Biology and Evolution, 20: 893–900.
Haley, C. & de Koning, D.J. 2006. Genetical genomics
in livestock: potentials and pitfalls. Animal Genetics, Lai, S.J., Liu, Y.P., Liu, Y.X., Li, X.W. & Yao, Y.G.
37(Suppl 1): 10–12. 2006. Genetic diversity and origin of Chinese cattle
revealed by mtDNA D-loop sequence variation.
Hanotte, O., Bradley, D.G., Ochieng, J.W., Verjee, Y. & Molecular Phylogenetics and Evolution, 38: 146–54.
Hill, E.W. 2002. African pastoralism: genetic imprints
of origins and migrations. Science, 296: 336–339. Lan, L., Chen, M., Flowers, J.B., Yandell, B.S.,
Stapleton, D.S., Mata, C.M., Ton-Keen Mui, E.,
Hayes, B.J., Visscher, P.M., McPartlan, H.C. & Flowers, M.T., Schueler, K.L., Manly, K.F., Williams,
Goddard, M.E. 2003. A novel multilocus measure of R.W., Kendziorski, C. & Attie, A.D. 2006. Combined
linkage disequilibrium to estimate past effective expression trait correlations and expression
population size. Genome Research, 13: 635–643 quantitative trait locus mapping. PLoS Genetics, 2:
51–61.
Hill, E.W., O’Gorman, G.M., Agaba, M., Gibson, J.P.,
Hanotte, O., Kemp, S.J., Naessens, J., Coussens, Liang, P. & Pardee, A.B. 1992. Differential display of
P.M. & MacHugh, D.E. 2005. Understanding bovine eu¬karyotic messenger RNA by means of the
trypanosomiasis and trypanotolerance: the promise polymer¬ase chain reaction. Science, 257: 967–997.
of functional genomics. Veterinary Immunology and
Immunopathology, 105: 247–258.
364
The words you are searching are inside this book. To get more targeted content, please make full-text search by clicking here.
009_STATUS TERKINI SD GENETIK TERNAK_536
Discover the best professional documents and content resources in AnyFlip Document Base.
Search
009_STATUS TERKINI SD GENETIK TERNAK_536
- 1 - 50
- 51 - 100
- 101 - 150
- 151 - 200
- 201 - 250
- 251 - 300
- 301 - 350
- 351 - 400
- 401 - 450
- 451 - 500
- 501 - 536
Pages: