Omicron

Ben Krishna

Pourquoi Omicron pourrait être le dernier variant « préoccupant »

Les virus évoluent tous avec le temps. Le SARS-CoV-2, responsable de la Covid-
19, a déjà muté plusieurs fois, créant de nombreux variants dont ceux nommés
Alpha, Bêta ou encore Delta. Avec une capacité de propagation inédite, le
variant Omicron actuellement en circulation sera-t-il le dernier variant dit
«préoccupant » ?

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d'un master en infectiologie, pour un tour d'horizon des dernières actualités
et des mesures adoptées pour contrer la pandémie.

La question de savoir si les virus sont vivants restes controversés mais, comme
tous les êtres vivants toutefois, ils évoluent. Ce fait est apparu très clairement
au cours de la pandémie, avec l'émergence régulière de nouveaux variants
préoccupants venant bousculer l'actualité.
Certains de ces variants se sont révélés plus efficaces que d'autres pour se
propager d'une personne à l'autre, et ont fini par devenir dominants en
supplantant les versions plus lentes du SARS-CoV-2, le virus responsable de la
Covid-19.
Cette meilleure capacité de propagation a été attribuée à des mutations de la
protéine Spike - les projections en forme de champignon à la surface du virus -
qui lui permettent de se lier plus fortement aux récepteurs ACE2. Les ACE2
étant des récepteurs situés à la surface de nos cellules, comme celles qui
tapissent nos voies respiratoires, auxquels le virus s'attache pour entrer et
commencer à se répliquer.

Ces mutations ont permis aux variants Alpha puis Delta de devenir dominants
au niveau mondial. Et les scientifiques s’attendent à ce que la même chose se
produise avec Omicron.
Un virus ne peut cependant pas s'améliorer indéfiniment.

Omicron est le dernier variant en date dit « préoccupant ». © PX Media, Adobe Stock

Omicron, « meill eure » version possible du SARS-CoV-2 ?

Les lois de la biochimie font que le SARS-CoV-2 finira par développer une
protéine Spike se liant à l'ACE2 aussi fortement que possible. À partir de là, la
vitesse de propagation du virus ne sera plus limitée par sa capacité à se fixer à
nos cellules ; d'autres facteurs viendront limiter sa diffusion, comme la vitesse
de réplication de son génome, celle à laquelle il peut pénétrer dans la cellule et
la quantité de nouveaux virus qu'un humain infecté pourra produire et
disséminer.

En principe, tous ces facteurs devraient finir par évoluer vers des performances
maximales.

Omicron a-t-il atteint cet apogée ? Il n'y a pour l'heure aucune raison de penser
que oui... Les études dites de « gain de fonction », qui examinent les
changements dont le SARS-CoV-2 a besoin pour se propager plus efficacement,
ont identifié de nombreuses mutations potentielles qui amélioreraient la
capacité de la protéine Spike à se lier à nos cellules et qu'Omicron ne possède
pas. En outre, des améliorations pourraient être encore apportées à d'autres
aspects du cycle de vie du virus, comme la réplication du génome, ainsi que je
l'ai mentionné plus haut.
Mais supposons un instant qu'Omicron est bien le variant « ultime », celui dont
la capacité de propagation est maximale...
En effet, peut-être les lois de la probabilité génétique font-elles que le SARS-CoV-2
ne pourra guère faire mieux ? De la même manière que les zèbres n'ont pas
développée d'yeux à l'arrière de leur tête pour éviter les prédateurs, il est
plausible que le virus de la Covid ne puisse pas atteindre son maximum théorique
car il devrait pour cela obtenir toutes les mutations potentielles nécessaires en
même temps - ce qui serait trop improbable.

Mais même dans un scénario où Omicron serait le meilleur variant en termes
de propagation entre humains, de nouveaux variants continueront à apparaître
pour tenter de contourner nos défenses immunitaires.

Après une infection virale, le système immunitaire s’adapte en produisant des
anticorps, qui se fixent sur l'intrus pour le neutraliser, et des cellules T tueuses,
qui détruisent les cellules infectées. Les anticorps sont de petites molécules
protéiques qui reconnaissent spécifiquement certaines portions du virus, et les
cellules T tueuses reconnaissent également les cellules infectées par leur forme
altérée. Le SARS-CoV-2 peut tenter d'échapper au système immunitaire en
changeant suffisamment pour que son « apparence » ne soit plus reconnue par
nos cellules de défense.

C'est pourquoi Omicron réussit apparemment si bien à infecter des personnes
déjà immunisées, par la vaccination ou une infection antérieure : les mutations
qui permettent à sa protéine Spike de mieux se lier à notre ACE2 réduisent
également la capacité des anticorps à reconnaître le virus et à le neutraliser.

Par contre, les données de Pfizer suggèrent que les cellules T devraient
répondre de la même manière à Omicron et aux variantes précédentes. Ce qui
correspond à l'observation selon laquelle le nouveau variant a un taux de
mortalité plus faible en Afrique du Sud, où la plupart des gens sont immunisés.

Ce qui est un point important : une exposition passée semble donc encore
protéger contre les formes les plus graves de la maladie et la mort. Nous
sommes donc dans une situation de « compromis », où le virus peut se
répliquer et réinfecter d'anciens malades, mais où nous ne sommes pas aussi
gravement malades que la première fois.

Le variant Omicron peut réinfecter d'anciens malades et les personnes vaccinées. ©
alphaspirit, Adobe Stock

Futur possible

C'est là que réside l'avenir le plus probable de ce virus - et nous. Même s'il se
comporte comme un joueur professionnel et finit par maximiser toutes ses
statistiques, il n'y a aucune raison de penser qu'il ne sera pas contrôlé et
éliminé par le système immunitaire. Les mutations qui améliorent sa capacité
de propagation n'augmentent pas beaucoup le nombre de décès.

Ce virus au mieux de ses capacités pourrait alors juste continuer à muter de
manière aléatoire, en changeant suffisamment au fil du temps pour devenir
méconnaissable pour les défenses adaptées du système immunitaire et
permettant des réinfections.

Nous pourrions avoir une saison de Covid chaque hiver, de la même manière que
nous avons déjà une saison de grippe à la même période. Les virus de la grippe
peuvent également présenter un schéma de mutation similaire au fil du temps,
connu sous le nom de « dérive antigénique », ce qui entraîne des réinfections.
Les nouveaux virus annuels de la grippe ne sont pas nécessairement meilleurs
(plus performants) que ceux de l'année précédente, mais simplement
suffisamment différents.

Le meilleur argument en faveur de cette éventualité pour le SARS-CoV-2 est
peut-être qu'il existe déjà un coronavirus voisin, le HCoV-229E, qui a évolué en
ce sens et est un des responsables de nos rhumes.

Omicron ne sera donc pas le variant final… mais il pourrait être
le dernier variant dit « préoccupant »

Omicron ne sera donc pas le variant final... mais il pourrait être le dernier
variant dit « préoccupant » selon la terminologie de l’OMS. Si nous avons de la
chance, et il faut rappeler que l'évolution de cette pandémie est difficile à
prévoir, le SARS- CoV-2 pourrait devenir un virus endémique qui mute
lentement avec les années.

La maladie résultante pourrait devenir bénigne, car une ou des expositions
antérieures peuvent créer une immunité capable de réduire la probabilité
d'hospitalisation et de décès. La plupart des gens seraient alors infectés une
première fois enfants, ce qui pourrait se produire avant ou après un vaccin, et les
réinfections ultérieures seraient à peine remarquées...

Un groupe de scientifiques continuera néanmoins à suivre les modifications
génétiques du SARS-CoV-2 - tant que les nouveaux variants resteront non
préoccupants. Jusqu'à ce qu'un prochain virus franchisse à son tour la barrière
des espèces.

Pourquoi Omicron pourrait être le dernier variant « préoccupant ».
© Crocothery, Adobe Stock