43 E-Modul Bioinformatika Gambar 44. Menyimpan Hasil Visualisasi 3D Ligan dan Reseptor Menggunakan Pymol Gambar 41. Tutorial Memvisualisasikan Hasil Moleculer Docking 18 19 20 Visualisasi 2D dan 3D Melalui Aplikasi Biova Discovery Studio Memasukkan ligan dan reseptor protein yang telah didoking (tambatkan), dengan cara: klik ‘File’ ---> klik ‘Open’ ---> pilih reseptor dan ligan yang telah didocking Membuka aplikasi Biova Discovery Untuk mempermudah pengamatan, lakukan pengubahan tampilan dengan cara mengganti latar belakang dari warna hitam menjadi putih: klik ‘Sripts’ ---> pilih ‘Visualization’ ---> klik ‘Publication Quality’ Gambar 45. Mengganti Latar Belakang Tampilan
44 E-Modul Bioinformatika Gambar 46. Melakukan Visualisasi Define Ligan untuk Menampilkan Visualisasi 2D dan Interaksi Ligan 21 klik ‘Ligand Groups’ ---> pilih ‘Tools’ ---> klik ‘Define Ligand’ 22 Klik ‘Ligand Interactions’ ---> klik ‘Show 2D Diagram’ 23 Maka akan muncul interaksi ligan 2D dan 3D (tanpa label) Gambar 47. Hasil Visualisasi Interaksi Ligan dan Residu Interaksi Ligan
45 E-Modul Bioinformatika Gambar 48. Menyimpan Hasil Visualisasi 2D Interaksi Ligan 24 Menyimpan struktur 2D residu hasil doking, dengan cara: Klik ‘File’ ---> Klik ‘Save As’ ---> memberi nama pada kolom ‘File name’ ---> memilih format tipe penyimpanan menjadi ‘Image Files’ pada kolom ‘Save as type’ ---> Klik ‘Save’ Gambar 49. Memvisualisasikan Interaksi Ligan dan Reseptor secara 3D 26 Munculkan kembali reseptor protein dengan cara: Sorot ‘Tools’ ---> klik ‘Receptor’ 25 Apabila ingin menyimpan struktur 3D tanpa label, klik tanda silang pada struktur 2D untuk mengeluarkan. Kemudian lakukan langkah yang sama seperti menyimpan struktur 2D
46 E-Modul Bioinformatika Gambar 50. Hasil Visualisasi Interaksi Ligan dan Residu Interaksi Ligan 28 Memberi label pada interaksi ligan, dengan cara: sorot ‘Structure’ ---> sorot ‘Labels’ ---> klik ‘Add’ 29 Memilih yang akan di ubah dengan cara menyesuaikan sesuai dengan kebutuhan Gambar 51. Menyimpan Hasil Visualisasi Interaksi Ligan dan Residu Interaksi Ligan 30 Menyimpan hasil visualisasi struktur 3D interaksi ligan dan reseptor, dengan cara: klik ‘File’ ---> klik ‘Save as’ 31 Memberi nama hasil visualisasi 3D yang telah diberi labels pada kolom ‘File name’ 32 Pilih ‘Image Files’ pada kolom ‘Save as type’ 33 Klik ‘Save’
47 E-Modul Bioinformatika Gambar 52. Menyimpan Hasil Visualisasi 3D Ligan dan Reseptor Menggunakan Pymol 34 Mengubah struktur ligan menjadi 3D dengan cara: Klik ‘Display Style’ ---> ubah atau sesuaikan, misal: ‘Atom’ pilih Stick and Ball ---> klik ‘Apply’ , ‘Graphic’ pilih ‘Orthographic’ ---> klik ‘Apply’ , ‘Lighting’ pilih ‘Light 1 & 2’ ---> klik ‘Apply’ ‘Materials’ pilih ‘Metallic’ ---> klik ‘Apply’ Not: Moleculer Docking juga dapat dipelajari melalui video berikut ini: