LAPORAN EKSTRAKSI DNA TERHADAP TEKSTUR DAN WAKTU TERBENTUKNYA DNA PADA MANGGA JERUK DAN PEPAYA Disusun Untuk Memenuhi Tugas Mata Pelajaran Biologi GURU PEMBIMBING Ibu Ratnawati, S.Pd Disusun oleh : KELOMPOK 4 KELAS XII MIPA 6 1. Atikana Zahra (03) 2. Hartini (14) 3. Icha Nazhiifah Dwi Fahreza (16) 4. Jihan Stevie Tri Andayani (18) 5. Sahra Raditiya Fadillah (28) 6. Sitti Nur Aisyah (31) SMAN 1 PALIMANAN Jl. K. H. Agus Salim 128 Palimanan. Telp.(0231) 8825140 Cirebon 45161 Email : [email protected] Website : sman1palimanan
KATA PENGANTAR Puji dan syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa yang telah memberikan rahmat dan karunia-Nya, sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini. Berikut ini kami membuat makalah dengan judul “laporan ekstraksi DNA terhadap tekstur dan waktu terbentuknya DNA pada mangga, jeruk, dan pepaya”, yang menurut kami dapat menambah wawasan dalam memahami tentang substansi genetika. Melalui kata pengantar ini kami terlebih dahulu meminta maaf apabila isi makalah ini ada kekurangan dan ada tulisan yang kami buat kurang tepat atau menyinggung perasaan pembaca. Kami menyadari masih banyak kekurangan dari makalah ini baik dari materi maupun teknik penyajiannya, mengingat kurangnya pengetahuan dan pengalaman penyusun. Oleh karena itu, kami butuh kritik dan saran agar laporan ini dapat menjadi lebih baik lagi. Cirebon, 28 Oktober 2023 Penyusun
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Ekstraksi DNA adalah suatu proses pemisahan DNA dari komponen- komponen sel lainnya. Ekstraksi DNA pada organisme eukariot dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis of cell walls), penghilangan protein dan RNA (cell digestion), dan pengendapan DNA (precipitation). DNA larut dalam air, tapi tidak larut dalam air asin. Perbedaan dalam tingkat kelarutan DNA inilah yang akhirnya menjadi dasar dalam proses ekstraksi DNA. Ekstraksi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai organisme tingkat tinggi, misalnya manusia, hewan, dan tumbuhan. DNA terdapat dalam sel dan inti sel. DNA dapat diekstraksi dari segala macam organ yang terdapat pada bagian tubuh makhluk hidup bersel, misalnya tumbuhan dapat diekstraksi dari daun, buah ataupun batangnya (Muladno, 2002). Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah. Presipitasi dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran. Pada praktikum kali ini, kami akan mengisolasi DNA dengan metode sederhana dengan menggunakan mangga, jeruk, dan pepaya. B. Rumusan Masalah Bagaimana pengaruh jenis buah-buahan terhadap waktu dan karakteristik hasil ekstraksi DNA C. Hipotesis Di dalam daging buah mangga, jeruk, dan pepaya terdapat DNA, akan dibuktikan dengan ekstraksi DNA. Ekstraksi menghasilkan benang-benang DNA halus yang terdapat diantara lapisan etanol dan alikot.
D. Tujuan Penelitian 1. Untuk mengetahui pengaruh jenis buah terhadap waktu dan karakteristik hasil ekstraksi DNA E. Variabel Penelitian 1) Variabel bebas : Jenis buah (mangga, jeruk, dan pepaya) 2) Variabel terikat : Waktu dan karakteristik hasil 3) Variabel kontrol : Air 25ml, garam 5 sendok kecil (spatula), sunlight 20ml, dan alkohol 95%
BAB II LANDASAN TEORI Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting pada makhluk hidup yang membawa keterangan genetik dari sel khusunya atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Komponen utama kromosom pada eukariota adalah DNA dan protein histon. Protein histon bersifat basa, sehingga dapat menetralkan asam dari DNA. Pada dasarnya sel mengandung dua asam nukleat, yaitu DNA dan RNA. DNA yang terdapat pada nukleus yaitu DNA kromosomal, sedangkan DNA yang ada di luar nukleus tetapi masih di dalam sel dinamakan DNA cktrakromosomal (DNA mitokondria, DNA kloroplas, dan DNA plasmid). Dikutip dari Yuwono (2008), pembuktian bahwa DNA merupakan bahan genetik pertama kali dilakukan oleh Frederick Griffith pada tahun 1928 yaitu dengan eksperimen transformasi pada bakteri Streptococcus pneumoniae. Bukti bahwa DNA merupakan bahan yang menyebabkan terjadinya proses transformasi pada S. pneumoniae ditunjukkan oleh eksperimen yang dialkukan oleh Oswald Avery, Colin MacLeod, dan Mackyn McCarty pada tahun 1944. Mereka melakukan ekstraksi terhadap sel virulen dan kemudian menghilangkan proteinnya. Ketika ekstrak sel tersebut diperlakukan dengan enzim deoksiribonukleat yang menghancurkan DNA, ternyata kemampuan menyebabkan proses transformasi menjadi hilang. Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair atau dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik. Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel. Proses pengeluaran DNA dari nukleus. mitokondria maupun organel lain dengan dickstrasi/dilisiskan biasanya dilakukan dengan homogenasi yaitu dengan penambahan bufer ekstrasi/bufer lisis untuk mencegah DNA rusak. Senyawa yang biasa digunakan untuk memaksimalkan hasil isolat DNA yang murni ditambahkan fenol, kloroform, dan isoamil alkohol. Fungsi larutan buffer adalah untuk menjaga struktur DNA selama proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan dalam menghilangkan
protein dan RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi DNA dan mencegah perubahan pada molekul DNA. Proses selanjutnya adalah pemisahan DNA dari komponen sel yang lain, kontaminan yang tidak diinginkan, termasuk debris sel dapat dilakukan sentrifugasi. Setelah dilakukan ekstraksi, proses selanjutnya adalah presipitasi DNA dengan menggunakan etanol absolut, isopropanol, atau fenol. DNA akan dipisahkan dari kontaminan komponen penyusun sel lainnya seperti polisakarida dan protein agar DNA yang didapatkan memiliki kemurnian yang tinggi. Fenol seringkali digunakan sebagai pendenaturasi protein, ekstraksi dengan menggunakan fenol menyebabkan protein kehilangan kelarutannya dan mengalami presipitasi yang selanjutnya dapat dipisahkan dari DNA melalui sentrifugasi. Selain DNA, semua bahan yang lain akan larut dalam etanol dingin. Dengan demikian saat dilakukan sentrifugasi, maka DNA akan mengendap dan terpisah dari senyawa-senyawa/bahan lain.
BAB III METODE PENELITIAN A. Alat dan Bahan Alat : Bahan : 1) Tabung reaksi 1) Alkohol 95% yang sudah di dinginkan 2) Gelas kimia 2) Sunlight 3) Penggaris 3) Garam 4) sendok 4) Mangga, jeruk, dan pepaya 5) corong 5) Air 6) Kertas saring B. LANGKAH KERJA 1. Siapkan buah-buahan yang sudah di jus dan masukkan ke dalam gelas kimia sebanyak 40ml, 2. Tambahkan sunlight 20ml (setengah dari jus buah) ke dalam gelas kimia kemudian aduk, 3. Lalu buatlah larutan garam dengan 25ml air dan 5 sendok kecil garam dan masukkan ke dalam gelas kimia lalu aduk, 4. Siapkan kertas saring di atas corong, 5. Tuangkan bahan-bahan yang sudah di buat tadi lalu tunggu sampai cairannya tersaring, 6. Setelah menyaring larutannya tambahkan alkohol 95% dalam keadaan dingin sebanyak tiga kali tinggi dari larutan yang telah di saring, 7. hitung menggunakan timer sampai terdapat benang2 DNA dan catat waktunya, 8. Lalu rasakan bagaimana tekstur dari benang-benang DNA tersebut
BAB IV HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN A. Tabel Hasil Pengamatan 1. Pengamatan Pada Buah Buah Waktu (menit) Tekstur Mangga 5 Tipis, lembut Jeruk 10 Tipis, lembut Pepaya 4 Tipis, seperti kapas diberi air B. Pembahasan Dalam percobaan ini, kami melakukan isolasi DNA yang berasal dari 3 jenis buah yang memiliki kandungan air yang berbeda. Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mengisolasi atau memisahkan DNA yang berasal dari tumbuhan. Metode yang dilakukan dalam percobaan ini adalah penghancuran (lisis) serta ekstraksi. Perlakuan pertama yang diberikan pada buah yaitu mengupas serta memotongnya menjadi ukuran yang lebih kecil, hal ini dilakukan agar pada saat penghancuran buah mudah dihancurkan menjadi partikel – partikel yang lebih kecil. Tahap selanjutnya yaitu menambahkan campuran detergen dengan air, hal ini bertujuan untuk merusak membran sel dari kedua buah tersebut. Perusakan membran sel terjadi akibat adanya ikatan kimia yang terbentuk antara detergen dengan zat-zat yang ada pada buah. Setelah penambahan detergen tahap selanjutnya yaitu penambahan garam dapur sebanyak 5 sendok spatula ke masing-masing tabung yang berisi campuran buah dan detergen, tujuan dari penambahan garam adalah untuk memudahkan pemisahan benang-benang DNA dari campuran sehingga benang-benang tersebut akan mudah diamati. Hal ini terjadi karena Na+ dalam garam dapat membentuk ikatan pada kutub negative dari ikatan fosfat DNA.
Tahap selanjutnya yaitu penambahan etanol 95%, bertujuan untuk mempermudah terjadinya presipitasi pada benang benang DNA. Etanol mampu membawa asam nukleat yang terdapat dalam campuran naik ke permukaan. Dari percobaan isolasi DNA diperoleh hasil yaitu, perbedaan warna pada masing-masing tabung reaksi yang berisi campuran buah, detergen, garam, dan ethanol. Perubahan warna yang terjadi diakibatkan oleh perbedaan susunan DNA yang terdapat pada setiap buah. Selain itu perbedaan yang mencolok dari ketiga larutan tersebut adalah terdapat banyak atau sedikit endapan asam nukleat pada dasar tabung reaksi. Hal ini terjadi akibat adanya perbedaan kandungan zat serta kandungan air dari masing-masing buah tidak sama. Dari percobaan tidak diperoleh DNA murni melainkan hanya DNA kasar atau benang-benang halus (supernatant) dalam jumlah yang sedikit serta endapan putih yang terlihat. Dari ketiga larutan tersebut diurutkan dari yang paling cepat ke lambat lama terbentuknya benang-benang DNA adalah pepaya, mangga, dan yang terakhir jeruk.
BAB V PENUTUP A. Kesimpulan Dari hasil percobaan dengan mengamati proses terbentuknya DNA, maka kami dapat mengambil kesimpulan : 1. DNA dapat diketahui dari pengekstrakan daging buah. 2. DNA tersusun atas kromatid. 3. DNA tidak terlarut dalam etanol. 4. DNA terdapat di dalam membran sel.
DAFTAR PUSTAKA https://www.academia.edu/38180333/Laporan_Praktikum_Ekstraksi_DNA https://id.m.wikipedia.org/wiki/Genetika https://id.m.wikipedia.org/wiki/Isolasi_DNA
LAMPIRAN