2021-Toplantı-19-Konuşma-02

Mikrobiyom Analizi

Dr. Semra Tamer Levent

Klinik Biyokimya Uzmanı
Biruni Sağlıklı Yaşam Laboratuvarı

Mikrobiyota

100 trilyon mikrop hücresi ile birlikteyiz.

•

Bedenimizde yalnız değiliz
Devasa bir mikrobiyal toplulukla birlikte yaşadığımızı öğrendik.
Yüzyıllardır birlikte evrimleştik
Bu topluluk birbirleriyle ve bizim hücrelerimiz ile. etkileşime girerek dinamik bir ekosistemi

oluşturuyor.

Bizim hastalık ve sağlık durumumuz ile çok yakından ilgili.

Mikrobiyota Fonksiyonları

• Zararlı Zararlı Duygu Metabolik Etkileri
Davranış
Kavrama • Besinlerin sindirimi
Stres Enerji • Vitaminlerin üretimi
Balansı • Kısa zincirli yağ asitleri

üretimi

İmmün Sistem
Modülasyonu

Endokrin Sistem Bariyer

30’un üzerinde Patojenlerin
hormon üretimi konakçıya
tutunmasını önler

Bağırsak-Beyin İlişkisi

The Human Gut Microbiome – A Potential Controller of Wellness and
Disease. Frontiers in Microbiology 14 August 2018

Disbiyoz-Kronik düşük dereceli bir inflamasyon

Pestisit
Herbisit
Organofosfat
Glifozat
Gıda katkıları
Gıda koruyucu,boya
İlaç
Antibiotik
NSAI
PPI

Sitokin üretimi ve
sistemik inflamasyon

Intestinal Barrier in Human Health and Disease.
Int. J. Environ. Res. Public Health 2021, 18, 12836

Mikrobiyota ve Kronik İnflamatuvar Hastalıklar

Disbiyoz
İnflamasyon

Mikrobiyota parmak izi gibi kişiye özgü bir yapı

Dışkı mikrobiyom analizleri

• Kişiye özgü mikrobiyal çeşitlilik ve dağılıma odaklanarak ,
kişisel mikrobiyota düzenlenmesini amaçlar.

• Böylece disbiyoz, geçirgen barsak, kronik inflamatuvar
koşulların ortadan kaldırılması, potansiyel hastalıkların
önlenmesi ve tedavisi için zemin hazırlar.

Hastalıklarla ilişkili bağırsak flora değişiklikleri
Hastalığın önlenmesi ve tedavisi için potansiyel bir hedef sağlar

RA Prevotella/Bacteroides

Prevotella copri

IBD Çeşitlilik Azalmış

Obezite Firmucutes/Bacteriodetes
Kanser
Fusobacterium
Clostridium Küme l

MS Metanobirevibacter
Depresyon
Butyricimonas↓
Intestinal Barrier in Human Health and Disease. Bifidobacterium İnfantis ↓
Int. J. Environ. Res. Public Health 2021, 18, 12836

Mikrobiyota ve Nörodejeneratif Hastalık İlişkisi

Parkinson hastalığı

‘’Barsak-Beyin Ekseni"

Parkinson hastalarının birçoğunun, tanıdan yıllar önce gastrointestinal
semptomlardan şikayet ettikleri ve nöronlarda α-sinüklein birikimi gözlenmiştir.
Son bulgular, a-sinükleinin bağırsakta oluştuğu ve ardından vagus siniri yoluyla
merkezi sinir sistemine aktarıldığı yolundadır.

Stres Sızdıran Bağırsak

a-sinükleinin

Parkinson Intestinal Barrier in Human Health and Disease.
Int. J. Environ. Res. Public Health 2021, 18, 12836

Mikrobiyota ve Obezite İlişkisi Mikrobiyotada diyete bağlı

Firmicutes/Bacteroidetes Oranında Artış değişiklikler,
Akkermansia Muciniphila Azalma • SCFA artışı yağ

depolamasını arttırır

Mikrobiyotada diyete • Açlıkla İndüklenen Adipoz
bağlı değişiklikler
Faktörü (FIAF)
ekspresyonunu baskılar ve

yağ depolamasını arttırır
• LPS artışı,

endokannabinoidi
aktive eder ve adipogenez
artar.

• AMPK (Aktive Edici Protein
Kinaz ), enerji

Normal homeostazını koruyan bir
enerji sensörüdür -
Mikrobiyota azaltılmış AMPK,

adipogenezi artırır.

Gut microbiota and obesity: Concepts relevant to clinical care
European Journal of Internal Medicine 2017

Akkermansia muciniphila

• Obezite ;Kilo ve yağlanmayı kontrol eder
• Metabolik Hastalıklar; Diyabet ile ilişkili
• Bağışıklık; İnflamasyonu kontrol eder
• Barsak bariyeri

Mikrobiyom Analiz Yöntemleri

Yeni Nesil Dizileme (NGS) + Biyoinformatik

Dışkı
Vajinal Sürüntü

Mikrobiyal Mikrobiyal
kimlik, miktar ve çeşitlilik kimlik, miktar ve
çeşitlilik
Gen varyantları ve
fonksiyonel öngörü

Mikrobiyal Toplulukların Sınıflaması Firmicutes/Bacteroidetes oranı barsak
mikrobiyota bozukluğunu yansıtan önemli
Cins-Tür-Suş bir parametredir (Turnbaugh ve diğerleri, 2006; Turnbaugh ve

diğerleri, 2009; Thaiss ve diğerleri, 2016)

Mikrobiyota Çeşitliliği
bağırsak florasının bileşimini, stabilitesini,
direncini yansıtmak için önemli bir gösterge.

Mikrobiyota Disbiyozu
Hastalıkların ortaya çıkmasına veya
gelişmesine neden olacaktır.

Mikrobiyota Metabolitleri
Metabolik hastalıkların gelişiminde anahtar
rol oynar.
Kısa zincirli yağ asitleri, safra asitleri, TMAO
ve diğerleri (Metabolomik)

Mikrobiyota Analizlerinde yeni gelişmeler
moleküler biyoloji, genomik, biyoinformatik,

metabolomik

SCFAs

• Konakçı doku ve mikroplar için enerji kaynağı
• Sinyal molekülleri

Firmicutes

Faecalibacterium prousnitzi
Roseburia
Ruminococcus,
Coprococcus
Eubacterium halli
Eubacterium rectale

««
TJ NF-Bê

Anti-inflamatuvar
Anti-neoplastik

VAKA BB

Kadın, 58 yaş

Şikayetler

• Reflü, gastrit (Endoskopi sonucu: Gastrit)

• Gaz
• İshal atakları (ayda 1-2 kez ve 1 hafta sürüyor ) (Kolonoskopi sonucu: inflamasyon)
• Kronik yorgunluk (6 aydan uzun)
• Sık infeksiyon hastalığı (ayda 1- 2 kez) (son 2 yıl)
• Ekzama
• Haşimato-otoimmunite Ailede ateroskleroz

Önerilen Testler

• Mikrobiyom Analizi

www.biruni.com.tr

Çeşitlilik

• Stabilite
• Tek tek bakteri tür ya da tiplerinden daha

önemli olan, mikrobiyomda bulunan
•E•b••Byo•PKaadnapraaeğratktcbevi,tptA5EbbhhiyEAgmeeloroytaeinn0aaaaznorbaretnağarktt0ssğoitetğilhleettliltiı-ecilbmafpşraae1idrrlaaiydsaenioonlllr5esykıeıaıerikşmttğğsi0tlotankdriiieleııöçlpp0tte,,aidfrslyei,rasrikiakseb12lannpşieerırrnaitş,tkroıanrtben,ieoktlldndçiiıdiditstlrpkçaeierimetabekkeuopişriv2nninriilemriititllnigaieltadtelryevüieluafnlilerlşiysrkebaığiiüim,aaaomşziiebnlmmleıibinanşeskteakitefktaneusi,nairlollokeakleevAısprrtakrneiil.itys,dbzvmyiiohmkiiaatrtenae.ğekiarlirıvuamlragreslrşicöl,taeeaisasğkrknitbegieıllamrdrreeıanna
• Enterotip 3
Ruminococcus

Firmicutes /Bacteroidetes artışı Aktinobakter/ Proteobakter Prevotella ve Bacteroides,
• Obezite, diyabet, koroner kalp Proteobakteriler • Bağırsaktaki en yaygın iki bakteri
• Fakültatif patojenik özellikte
hastalığı,kanser • Hücrelere toksik metabolitler cinsidir.
• Yaşam süresini ve yaşam kalitesi • Mikrobiyomdaki oranı, enterotipi
• Komplex KH ları fermente eder üretir
• Kısa zincirli yağ asitleri histamin, indoller, fenoller, TMA belirler.
• %10-12 daha fazla kalori sağlar ve hidrojen sülfit gibi Ayrıca Prevotella-Bacteroides oranı,
metabolik hastalık gelişimi ve kilo
Firmicutes-bacteroidetes oranının değişimleri ile ilişkilidir.
artmasıyla kilo alımı tetiklenir

Proaterojenik etkili bir metabolit (Hazen et al.)

Equol (4 ', 7-izoflavandiol)

nonsteroidal bir östrojendir.
İntestinal bakteriler tarafından
fitoöstrojenler, daidzein ve genisteinden
metabolize edilebilir.
Soya, hayıt otu, Asyada Pueraria lobata
baklagili (daitzein)



Histidin è Histamin

Poliphenoller
• Yeşil çay
• Üzüm çekirdeği extresi,
• Böğürtlen, ahududu, yaban

mersini
• Trabzon hurması
• Kakao





TEDAVİ ÖNERİLERİ

Öneriler

• Eliminasyon diyeti : inflamasyon yapan gıdalar (ALCAT ) ve histamin yükü elimine
edildi + hayvansal yağ+ rafine şeker kesildi

• Pakreas enzim ilavesi (Vital zymes) 3x1
• Diyetisyen kontrolünde liften zengin prebiyotik beslenme
• Probiyotik (Bifidobacterium infantis 35624 ) 1x1 (alflorex) (IBS)
• Prebiotik + polifenol; Beta glukan+Resveratrol
• Mineral ve vitamin desteği; Se+çinko+D vit+B12+Omega 3 takviyesi (Mineral, metal

ve vitamin düzeyleri ölçüldü)

TEDAVİ SONRASI
Biyomarker değişimi

Bulgular Ted. Öncesi Ted. Sonrası (3. ay) Referans

Disbiyoz İndex 17 İndex 14 < 10

Biyoçeşitlilik 4.91 5.91 > 5.0

Pankreatik Elastaz 130 178 > 200 ug/g

İnflamasyon/ Geçirgen bağırsak

• Alfa 1 Antitripsin 114 48 < 27.5 mg/dL
80 < 50 mg/L
• Kalprotektin 112 34 < 55 ng/mL
200 < 959 ng/mL
• Zonulin 115 193 510-2040 ug/mL
6.5 < 3.5 g/100g
• Histamin 7232 0.8 < 1.0 g/100 g
73 75-85 g/100 g
Salgısal IgA 6569

Yağ 11

Nitrojen 1.1

Su 67

www.biruni.com.tr

TEDAVİ SONRASI Tedavi öncesi skorlama Tedavi sonrası skorlama
Klinik Sonuçlar (3. ay)
+++
Bulgular +++ +
Ayda 1-2 kez +
Reflü, gastrit +++ yok
Gaz Ayda 1-2 kez +
İshal ++
Kronik yorgunluk (6 ay) 820 yok á
Sık İnfeksiyon hastalığı
Ekzama -
*Yaşam kalitesi 2300
skorlaması

*Yaşam kalite skorlaması; SF-36 form yapıldı
Sağlık ve günlük aktiviteler sorgulandı- Max Yaşam Kalite Skoru 3500

www.biruni.com.tr

TEŞEKKÜRLER